В эмиграции он провёл шесть лет. За это время Генрих продавил-таки Кларендонские конституции. Бекет убеждал папу пригрозить английскому королю анафемой, но тот отказывался: Александр III в это время воевал с Фридрихом Барбароссой и терять возможного британского союзника не хотел. Но в 1170 году Генрих перегнул палку – по его приказу в Йорке Генриха Молодого короновали как соправителя отца, причём обряд провели епископы Йоркский, Лондонский и Солсберский. Это было уже чересчур – по традиции и законам такую церемонию мог провести только архиепископ Кентерберийский. Папа поставил под сомнение законность коронации. 22 июля 1170 года Генрих II и Томас Бекет встретились в Нормандии. Свидетелям казалось, что произошло примирение: архиепископ-изгнанник преклонил перед королём колени, а тот, прощаясь, лично поддерживал стремя Бекета. Бывшие друзья-враги договорились, что архиепископ заново коронует Генриха Молодого, а король накажет епископов, поносивших Бекета. Казалось, что конфликт улажен…
Ещё до возвращения на родину Бекет направил в Англию своих гонцов, которые публично во время церковной службы вручили трём прелатам – участникам незаконной коронации архиепископские письма об отлучении их от церкви. Все формальности были соблюдены. Анафема произошла при свидетелях и в стенах церкви. Отлучённые епископы были в шоке.
Сведения о прибытии самого Бекета в Англию разнятся. По одним источникам, ликующая толпа несла на руках лодку с сидящим в ней народным заступником до Кентербери, по другим – Бекет высадился на берег тайно, опасаясь врагов, не желавших его возвращения. Добравшись до Кентербери, Бекет объявил ещё несколько анафем, адресованных его противникам. В декабре он отправился в Лондон, чтобы короновать Генриха Молодого. Архиепископа сопровождала огромная толпа, состоявшая не только из крестьян и монахов, но и из отряда вооружённых рыцарей. Это вызвало подозрение у лондонских чиновников, и они не пустили Бекета в столицу, хотя Генрих Молодой очень хотел увидеться со своим воспитателем.
В Нормандию к королю неслись панические донесения от отлучённых Бекетом епископов и дворян. Неудавшийся визит в Лондон был раздут чуть ли не до народного восстания. Прочитав эти доносы, Генрих II воскликнул за обедом: «Неужели никто не избавит меня от этого мятежного попа?» По другой версии, вопль короля был ещё более театрален: «Каких же ничтожных трусов и предателей я кормил и призрел в моём доме, что они позволяют подлому попу оскорблять их господина?» Позже король уверял, что он всего лишь вслух пожаловался Богу на судьбу. Как бы то ни было, нашлись люди, которые восприняли эту жалобу как приказ.
Четверо рыцарей: Реджинальд Фитц-Урс, Хьюг де Моревиль, Уильям де Траси и Ричард ле Бретон – срочно отправились в Англию. Пока они достигли Кентербери, Бекет успел прочитать рождественскую проповедь на тему «Смерть епископа Альфреда от рук датчан». В конце он пророчески заметил: «И скоро будет ещё одна смерть». После этого он предал анафеме маршала Кента Реджинальда де Брока, прославившегося притеснением крестьян и захватом монастырских земель.
29 декабря четыре рыцаря, оставившие во дворе мечи и шлемы, ворвались в покои архиепископа. Они предъявили Бекету список его «преступлений», от неповиновения королю до подстрекательства к бунту, и потребовали покинуть пределы Англии. Бекет гордо отказался, заявив, что действовал с ведома папы и Генриха. Взбешённые рыцари бросились за оружием, а архиепископ, несмотря на уговоры священников спрятаться, отправился в собор, служить вечерню.
Слухи о незваных и опасных визитёрах просочились в город, и толпы бросились к стенам собора. Во двор народ не пускали солдаты отлучённого маршала де Брока. Однако справиться с людской массой им не удалось, и сотни людей, вбежавших в собор, стали свидетелями убийства у алтаря. Первый удар принял на себя монах из Кембриджа Эдвард Гримм, позже оставивший воспоминания об этом преступлении. Томас Бекет получил четыре удара мечами. Два первых он принял стоя, после третьего упал со словами: «Я принимаю смерть во имя Господа и отдаю свою душу на суд Божией Церкви». Четвёртый удар меча раскроил архиепископу голову. Рыцари бежали из храма сквозь поражённую святотатством толпу.
Узнавший об убийстве король тут же заявил, что его неверно поняли, и он вовсе не мечтал о смерти своего друга архиепископа. Однако убийцы не понесли сурового наказания – их для покаяния и искуплениях греха отправили сражаться за Святую землю. Один из них не подчинился приказу и сбежал в Ирландию, следы другого затерялись по дороге в Италии, а двое оставшихся, повоевав на Ближнем Востоке, благополучно вернулись домой.