Секретная комиссия имела широчайшие полномочия. Галахов получил собственноручное письмо императрицы об оказании ему любой помощи всеми военными и штатскими чинами. Кроме того, имелся и запечатанный пакет от графа Орлова, который требовалось вскрыть в случае необходимости. В сопровождении двух гренадеров Преображенского полка комиссия отправилась в Москву.
Чтобы поймать Пугачёва, требовались немалые деньги. Вознаграждение заговорщиков составляло 36 000 рублей, да ещё путевые и накладные расходы. В Петербурге Галахову выдали лишь 25 тысяч, остальное он должен был сыскать в Москве. Трифонов божился, что ассигнации казаки не уважают, и требовал, чтобы сумма была в звонкой монете. Во всей Москве необходимого количества наличности не отыскалось. Наскребли лишь 15 тысяч золотом и серебром. 5 августа комиссия, взявшая ещё 10 солдат для охраны денег, двинулась из Москвы в сторону Волги.
Достигнув мест, по которым уже прошлась пугачёвщина, комиссия укрепилась ещё несколькими конниками под командованием поручика Дидриха. В конце августа члены комиссии имели счастье лицезреть, пускай и в отдалении, того, за кем они гонялись. На другом берегу реки они увидели остатки войска бунтовщиков, изрядно потрёпанного генералом Михельсоном в сражении у Чёрного Яра. Казалось бы, Трифонову достаточно громко свистнуть, привлечь внимание своих сообщников, вместе с ними схватить окружённого деморализованным отрядом самозванца и получить положенную награду. Но Трифонов при виде Пугачёва страшно перепугался и заявил, что его сообщники ждут в условленном месте, куда комиссии и следует направляться.
Когда добрались до Саратова, Трифонов наконец-то изъявил желание взяться за дело. Он потребовал двенадцать тысяч аванса, обещая, что через несколько дней со своими людьми привезёт самозванца. Галахов выдать такую сумму Астафию отказался: хитроватый мужик давно не вызывал у него доверия. Тогда Трифонов потребовал вскрыть письмо от князя Орлова. «Государыня Императрица соизволила послать с Оставием Трифоновым всем его 360-ти сотоварищам, яицким казакам, на ковш вина 12 т. рублей золотою монетою, а впредь будут Ея высокомонаршею милостию и больше вознаграждены», – прочитал Галахов. Но даже этот документ не заставил капитана расстаться с казёнными деньгами. Он вручил Трифонову лишь три тысячи рублей и расписку, что выдаст остальную сумму по акту сдачи-приемки Пугачёва.
Трифонов двинулся вглубь заволжских степей. Через несколько дней его ожидания члены комиссии узнали, что Пугачёв схвачен и уже находится в руках генерала Суворова. Трифоновская миссия потеряла всякий смысл. По следам Астафия помчался поручик Дидрих с солдатами. Когда они нагнали заговорщика и сообщили ему новость, Трифонов упал на колени, прочитал благодарственную молитву и с готовностью согласился вернуться к ожидавшим его Галахову и Руничу. Однако на первом же ночлеге он бесследно исчез. Опешивший Дидрих предпринял тщательные розыски по окрестным деревням, но беглец как в Волгу канул. Поручик до того расстроился, что через несколько дней умер от разрыва сердца.
Галахов, спасший от мошенника большую часть казённых денег, отправился с ними в Петербург, а Руничу было поручено командование конвоем схваченного самозванца. Ещё на первых допросах Пугачёва и его генералов выяснилось, что Иван Иванов и Астафий Трифонов – одно лицо, и что на самом деле этот мошенник – ржевский купец Астафий Трифонович Долгополов, ещё в 1760-х разорившийся на винных откупах и объявленный банкротом.
В октябре Долгополов оказался в руках московских следователей. Как это произошло – до конца не ясно. Рунич пишет, что мошенник был задержан в Казани как беспаспортный казак и опознан в тамошней тюрьме одним из пугачёвцев. Другие источники утверждают, что сбежавший с деньгами Долгополов вернулся во Ржев, начал раздавать долги, но был схвачен после поступившей из Москвы ориентировки. Как бы то ни было, но следователи взялись за купчишку тщательно. Их очень интересовало, были ли хоть какие-то реальные основания у Долгополова представляться посланцем цесаревича Павла. Под пыткой Астафий готов был показать всё что угодно, но скоро стало ясно, что он никакой не эмиссар, а просто плут и пройдоха.
Как позже выяснилось, жулик Долгополов был известен многим в Петербурге. Когда Рунич рассказывал эту историю графу Петру Румянцеву-Задунайскому, тот очень смеялся. Оказалось, что он давно знал и купчишку Астафия, и тех многих, кого этот аферист обманул. Больше всего прославленный полководец веселился над своим добрым знакомым и соперником Григорием Орловым, которого так здорово обманул известный всей столице пройдоха.