28 мая Ломоносов по постановлению Следственной комиссии был арестован и взят под караул «при комиссии» (в августе, в связи с болезнью, был переведен под домашний арест). В июле Следственная комиссия передала материалы по его делу в Сенат, а императрице всеподданнейше обо всем было доложено, причем была приведена справка из Академии (как серьезно взялись за него!), что обвиняемый и в Германии «чинил непорядочные и неспокойные поступки и оттуда тайным почти образом уехал, да и по приезде сюда в Санкт-Петербург явился в драке и прислан из полиции в Академию...». Поэтому, заключала комиссия, Ломоносова надлежит наказать за «неоднократные неучтивые и бесчестные и противные поступки как комиссии, так и в Академии в конференции... также и в немецкой земле...». И лишь только 12 января 1744 г., т.е. спустя семь с половиной месяцев его нахождения под арестом, Сенат решил: «Оного адъюнкта Ломоносова для его довольного обучения от наказания освободить, а во объявленных учиненных им предерзостях у профессоров просить прощения» и жалованье ему в течение года выдавать «половинное» (по Пекарскому, этот приговор поражает «своею снисходительностью...»). 18 января Сенат издал соответствующий указ, а 27 января Ломоносов в Академическом собрании прочел «предписанную ему формулу извинения на латинском языке перед профессорами и скрепил ее своей подписью» (в июле того же года по высочайшему указу ему начали выдавать «прежнее по окладу его, полное жалованье»).
Спустя много лет история повторилась вновь: 10 марта 1755 г. президент Академии наук К.Г.Разумовский объявил выговор академику Ломоносову и отстранил его от участия в работе Академического собрания. Основанием чему явилась записка Миллера, являвшегося с февраля 1754 г. конференц-секретарем Академии, о ссоре Ломоносова и Теплова при обсуждении в собрании предложений Тауберта по поводу пересмотра регламента Академии наук (а его пересмотр был определен указом императрицы Елизаветы): «Сего февраля 23 дня учинился спор от г. советника Ломоносова против советника г. Теплова с такими словами, для которых г. советник Теплов объявил к протоколу, что за учиненным ему от г. советника Ломоносова бесчестием присутствовать с ним в академических собраниях не может; тако жиг. советник Шумахер говорил, что свое присутствие впредь за излишнее признавает». И я, добавлял Миллер, «такожде прошу, чтоб меня от академических собраний уволить, потому что я не меньше г. советника Ломоносова опасаюсь, имея уже толь много примеров его ко мне досады, что впредь с ним ни о каком деле говорить не осмеливаюсь...».
Сам Ломоносов отмечал, что Теплов «жестко» отстаивал, как его автор, прежний регламент и «с презрением» не хотел слушать его замечания, «что в оном стате есть много неисправностей, прекословных и вредных установлений... Отчего дошло с обеих сторон до грубых слов и до шуму.... По наговоркам Теплова отрешен был Ломоносов от присутствия в Профессорском собрании, однако при дворе законно оправдан и отрешение его письменно объявлено недействительным и ничтожным» (29 марта «Разумовский велел уничтожить письменное определение о взыскании с Ломоносова и допустить, "чтоб в собраниях академических по-прежнему ему присутствовать"»). А 2 мая 1763 г. Ломоносов указом Екатерины II вообще был уволен из Академии «в вечную от службы отставку» (13 мая императрица отменила свое решение). И как с огромной радостью писал в связи с этим Миллер в Германию И.Х.Гебенштрейту, некогда бывшему профессором ботаники Академии, «Академия освобождена от г. Ломоносова» (в черновом наброске это предложение начинается со слова «наконец»)[142].