Необходимо сказать, что в академической жизни Ломоносова были не менее и даже куда более серьезные испытания, чем понижение Миллера в должности в 1750 г. или следствие 1748 года. Так, в октябре 1742 г., когда работала учрежденная Сенатом особая Следственная комиссия под председательством адмирала Н.Ф. Головина по расследованию обвинений, выдвинутых против правителя Академической Канцелярии И.Д.Шумахера, у Ломоносова произошел конфликт с конференц-секретарем Академического собрания профессором астрономии Х.Н. Винсгеймом (следствие было назначено по жалобе астронома Ж.Н. Делиля, поданной в январе 1742 г. в Сенат, в котором Шумахеру в вину вменялось то, что, как передает Пекарский, «при Академии, в ущерб ее процветанию как ученого сообщества, заведены разные учреждения по части художеств и ремесел, отчего с самых первых годов учреждения не доставало определенных на ее содержание денег и все представления для споспешествования наук оставались без исполнения. "Российский народ, - прибавлял Делиль, - также от того не мало претерпел для того, что профессора власти не имеют Академиею по намерению Петра Великого управлять; притом же не старались русских обучать и произвесть в науках, а употреблено и произведено токмо почти немцев, которые государству не много пользы учинили"». Шпион, а гляди, какой «русский патриот»).
Винсгейм, будучи активнейшим сторонником и защитником Шумахера, обвинил Ломоносова, комиссара М. Камера и студента И.Л. Пухорта, которым было поручено опечатать в Географическом департаменте «палаты и шкафы», а документы из опечатанного Следственной комиссией архива Академического собрания выдавать только под расписку, в «своевольстве» при выдаче документов из архива Собрания и в том, что лично адъюнкт Ломоносов говорил с ним «о разных делах ругательно и с насмешками» (по Пекарскому, Ломоносов «без всякой причины разругал» этого академика). В декабре члены Академического собрания подали в Следственную комиссию две жалобы на действия названных Винсгеймом лиц («чего ради они под видом осматривания печати с непозволенным бесстыдством обыкновенного профессорского собрания в палату входили, да еще неоднократно, и им во отправлении их дел мешали и такие учинили своевольства, которые чести всея императорской Академии наук предосудительны?»).
Но очень скоро гнев академиков сосредоточился почему-то только на одном Ломоносове. И в феврале 1743 г. постановлением Собрания ему было запрещено участвовать в его работе до окончательного решения Следственной комиссии по поданным на него жалобам (а они подавались и императрице. Как отмечает Пекарский, только что вернувшийся из Сибири Миллер «во всем этом деле принимал деятельное участие...»). И это постановление Ломоносову прочитал лично Винсгейм 11 апреля. Ломоносов тут же ставит о том в известность А.К.Нартова, назначенного Следственной комиссией на место Шумахера. На письмо Нартова Винсгейму сообщить причину исключения Ломоносова из Академического собрания, зачитанного Винсгеймом 15 апреля академикам, последние рекомендовали ему ответить, что тот «лишен права участвовать в собрании за свои "своевольные" поступки».
26 апреля произошло новое столкновение Ломоносова с конференц-секретарем Академического собрания. В мае последнее подало в Следственную комиссию доношение о «недостойных поступках» Ломоносова («напившись пьян, приходил с крайней наглостью и бесчинством в ту палату, где профессоры для конференцей заседают...», «весьма неприличным образом бесчестный и крайне поносной знак самым подлым и бесстыдным образом руками» сделал присутствовавшим там профессору Винсгейму и канцеляристам, грозил Винсгейму, «ругая его всякою скверною бранью, что де он ему зубы поправит, а советника Шумахера притом называл вором», «профессоров бранил скверными и ругательными словами и ворами называл, за то что ему от профессорского собрания отказали...», «и притом побоями угрожая; то нещастие наше стало уже крайнее, обесчещены пред всем светом...»), с просьбой его «аррестовать, и рассмотря показанное нам от него несносное бесчестие и неслыханное ругательство повелеть учинить надлежащую праведную сатисфакцию, без чего Академия более состоять не может...».