Миллер был лишен звания профессора на собрании академиков 8 октября 1750 г. на один год, но спустя четыре с половиной месяца, 21 февраля 1751 г., после «просительного своеручного письма» ему вернули «чин и достоинство профессорское», а также жалованье 1000 рублей в год, вместе с тем «было велено жалованье ему профессорское произвести за то время, которое он и адъюнктом был». И обвинялся Миллер, в порядке очередности, в следующем: во-первых, «остался в подозрении по переписке» с покинувшим в мае 1747 г. Россию французским ученым Ж.Н.Делилем, «которая "касается до ругательства академического общества"», т. е. престижа Петербургской Академии наук, названной Делилем corps phantastique - «корпусом фантастическим», что было расценено особенно оскорбительным для чести Академии.
Во-вторых, говорится далее в определении президента, Миллер, сказавшись больным, не поехал на Камчатку, отправив туда студента С.П. Крашенинникова, и девять лет собирал в Сибири копии с документов, которые «самым малым иждивением можно было получить чрез указы правительствующего сената, не посылая его, Мюллера, на толь великом жалованье содержащегося... Чтоб привести все дело сибирской экспедиции в замешательство», уговорил И.Г. Гмелина «уехать заграницу вступить в службу герцога вюртембергского»; в-третьих, что «сочинил диссертацию, разбор которой много отнял времени у академиков, и "совсем тем он, Мюллер, ни в чем не оправдался и оказал себя больше охотником упражняться в процессах"... О Крашенинникове говорил Теплову и некоторым профессорам, что "он, Крашенинников, был у него под батожьем"»; в-четвертых, «называл в лицо графу Разумовскому Теплова клеветником и лжецом...»; в-пятых, «членов академической канцелярии обвинял в пристрастии и несправедливости, "и тем он, Мюллер, гг. членов канцелярии Академии наук клевещет напрасно, да и меня самого за нечувствительного и неосмотрительного признает"... Сверх того, на Мюллера объявили неудовольствие Шумахер, Ломоносов и Попов, считавшие себя оскорбленными от него. "И в рассуждение сих его, мюллеровых многих продерзостей и крайнего беспокойства, и ссор и нанесенных обид своим командирам и товарищам, чем он не точию канцелярию, но и мне самому чинит недельными своими вымышлениями предосудительство и затруднения, и тем отводит каждого от настоящего дела, чрез что пропадает академическая честь и тратится напрасно время и интерес"».
И инициатором появления определения президента Академии наук явился не Ломоносов, а советник Академической Канцелярии Г.Н.Теплов, управляющий, по словам П.П. Пекарского, «всеми действиями тогдашнего президента Академии графа Разумовского» (вместе с тем ученый уточнил, что последний именно по наущению Теплова запретил читать речь Миллера в публичном собрании и велел отдать на рецензию академикам, и что в этом деле его затем поддержал Шумахер). Как напоминал Теплову в январе 1761 г. Ломоносов, обращая внимание на тот факт, что он непостоянен и что следует «стремлению своей страсти, нежели общей академической пользе»: «Из многих примеров нет Миллерова чуднее. Для него положили вы в регламенте быть всегда ректором в Университете историографу, сиречь Миллеру; после, осердясь на него, сделали ректором Крашенинникова; после примирения опять произвели над ним комиссию за слово Akadémie phanatique [Академия фанатичная] (Ломоносов по памяти неправильно воспроизвел выражение астронома Делиля. - В.Ф.), потом не столько за дурную диссертацию, как за свою обиду, низвергнули вы его в адъюнкты и тотчас возвели опять в секретари Конференции с прибавкою вдруг великого жалованья, представили его в коллежские советники, в канцелярские члены; и опять мнение отменили».
В свете приведенного материала «беспрецедентное разжалование историографа из академиков в адъюнкты» если и связано с диссертацией Миллера, то только в самой маленькой толике (обращает на себя внимание тот факт, что С.М.Соловьев при перечислении «преступлений» Миллера, из-за которых он был разжалован, даже не назвал его диссертацию) и не является результатом происков Ломоносова (по заключению Пекарского, из «обвинений» Миллера «видно только невежество канцелярского начальства и личная его вражда к Мюллеру»). Да и нет среди обвинений Миллера, на чем почему-то настаивают в «Словаре русских писателей XVIII века» Н.Ю.Алексеева и Г.Н.Моисеева, обвинения в «якобы антирусской направленности» его трудов. Прозвучи оно, то Миллера, подданного российского государства, ждало бы, естественно, не академическое разбирательство, а неминуемая встреча с Тайной розыскных дел канцелярией (ее знаменитый начальник А.И.Ушаков, имя которого на многих современников наводило ужас, умер в 1747 г.). И эта встреча наверняка бы закончилась для историографа Миллера не временным лишением профессорского звания, а повторной «поездкой» в Сибирь, из которой он мог уже никогда не вернуться, а то и лишением головы.