Весьма странно, конечно, читать у С.С. Илизарова, что Миллер никогда не выступал зачинщиком ссор, т. к. такая посылка очень серьезно искажает многие страницы истории Академии наук и характер противостояния Миллера с Ломоносовым. В 1758-1759 гг. Ломоносов вспоминал, что «по приезде Миллеровом из Сибири, где он разбогател и приобрел великую гордость, какие ссоры, споры, тяжбы с Шумахером были, описать невозможно: все профессорские собрания происходили в ссорах». В 1764 г. он же, ведя речь о событиях 1744 г., констатировал: «Какие были тогда распри или лучше позорище между Шумахером, Делилем и Миллером! Целый год почти прошел, что в Конференции кроме шумов ничего не происходило». В 1762 г. усугубился давний конфликт между Миллером и профессором юриспруденции Г.Ф.Федоровичем, и 2 декабря Миллер, подчеркивал Ломоносов, «не токмо ругал Федоровича бесчестными словами, но и взашей выбил из Конференции. Федорович просил о сатисфакции и оправдан профессорскими свидетельствами...». Профессор И.А.Браун, очевидец ссоры, показывал, что ее «зачинщиком» и «обидящим» был именно Миллер и что имело место «бесчестное и наглое выведение» Федоровича из Академического собрания. Сам Миллер затем «сознался, что дал волю рукам», не помня при этом, «выпроваживал ли он Федоровича "взашей", "за плечо" или "за рукав"».
Миллер отличался, указывал Шлецер, «необыкновенной вспыльчивостью», которую не научился укрощать, по причине чего часто бывал инициатором громких скандалов в Академии и «нажил себе множество врагов между товарищами от властолюбия, между подчиненными от жестокости в обращении». П.П. Пекарский также сообщал, что Миллер «по современным отзывам не обладал сдержанностью и уступчивостью», что он «был человеком нрава крутого и самолюбивый, не терпел противоречий и никогда не спускал тем, кто, по его мнению, так или иначе унижал его звание академика», и полагал, что многие возражения против Миллера во время обсуждения его диссертации «можно объяснить отчасти его не совсем уживчивым нравом и язвительностью, доходившею в спорах до грубости». И Г.А. Князев говорил о его «резком», «вспыльчивом и неуживчивом характере» и что «своей запальчивостью он нажил себе много врагов и среди академиков и среди подчиненных, к которым Миллер был весьма взыскателен, требователен, суров и, вероятно, груб»[137]. Свой характер историограф проявил и при обсуждении диссертации. «Каких же не было шумов, браней и почти драк! - с усмешкой писал в 1764 г. о тех событиях Ломоносов. - Миллер заелся со всеми профессорами, многих ругал и бесчестил словесно и письменно, на иных замахивался в собрании палкою и бил ею по столу конференцскому. И наконец у президента в доме поступил весьма грубо, а пуще всего асессора Теплова в глаза бесчестил. После сего вскоре следственные профессорские собрания кончились, и Миллер штрафован понижением чина в адъюнкты»[138].
Глубоко заблуждается, вводя других в такое же заблуждение, А.В. Головнев, говоря, что «едва ли российская наука помнит иной пример столь тягостной защиты диссертации». Но не было, как это может воспринять читатель, защиты диссертации в современном понимании, а было, согласно академическим правилам, равным для всех - и для студентов, и для адъюнктов, и для академиков, ее обсуждение. Диссертацией в то время называлась как научная работа, так и посвященная какому-то важному событию или лицу торжественная речь. Так, будучи в Германии, студент Ломоносов в 1739 и 1741 гг. представил в Академию три диссертации («Физическая диссертация о различии смешанных тел, состоящем в сцеплении корпускул», «Рассуждение о катоптрико-диоптрическом зажигательном инструменте» и «Физико- химические размышления о соответствии серебра и ртути...»), т. е. статьи по физике и химии, которые были обсуждены на нескольких заседаниях Академического собрания (11 ноября 1741 г. Ломоносов от своего имени и «имени своих товарищей просил академиков подвергнуть их сочинения критике и дать об них отзыв, чтобы авторы "тем основательнее могли сделать улучшения в их содержании"»). Многочисленные диссертации и другие труды Ломоносова рассматривались на последнем и тогда, когда он был адъюнктом и профессором Академии (так только в декабре 1744 г. три диссертации - «О вольном движении воздуха, в рудниках примеченном», «Размышления о причине теплоты и холода» и «О действии растворителей на растворяемые тела» - были представлены им в Академическое собрание), причем некоторые из них отклонялись высоким собранием и отправлялись на доработку с последующим и таким же опять детальным обсуждением.