В первые дни боев бункер заняла группа носильщиков Давида Малованьчика и Мойзеша Чомпеля. Они еще в 30-е гг. участвовали в отрядах самообороны, а в гетто сражались против немцев и в январе, и теперь, в дни апрельского восстания. Чомпель и Малованьчик впустили в бункер группу ЖОБ, а те, в свою очередь, передали его штабу ЖОБ. Прежние владельцы не возражали. По мере разгрома по всему гетто опорных пунктов ЖОБ в бункер на улице Милой устремлялись остатки боевых групп, а также население из сожженных или разрушенных домов. Здесь оказалось около 300 человек, в том числе 80 боевиков и почти все члены подпольного руководства Хашомер-Хацаир и ППР в гетто.
Штрооп узнал, где расположен штаб ЖОБ, от пленных. 6 мая в очередном донесении он писал, что «идет по следам бандитов» и что есть надежда «добиться завтра успеха в выслеживании партийного правления». На следующий день он доложил, что ему теперь известно месторасположение «партийного правления».
Между тем штаб ЖОБ, понимая, что продолжать борьбу уже невозможно, отдал приказ остаткам боевых групп пробиваться на «арийскую сторону». Однако почти все, кто пытался покинуть гетто, погибали. 7 мая немцы уничтожили две группы ЖОБ, одна из которых вышла по канализационным трубам к саду Красиньских, а другая перебралась из дома 74 на улице Лешно в дом 71, расположенный на противоположной стороне улицы, за стеной гетто. Необходима была помощь польских антифашистов. Несколько групп связных отправились на «арийскую сторону». Почти все они погибли, но Симхе Ратгаузеру удалось добраться до Цукермана — «Антека» и связаться через него с руководством Варшавской организации ППР и Гвардии Людовой. Стали готовить спасательную экспедицию.
В это время штаб ЖОБ послал Цивию Любеткин на Францишканскую улицу, где еще действовал отряд боевиков щеточной фабрики под руководством Марека Эдельмана и Герша Берлиньского, после ухода немцев вновь обосновавшийся в своем бункере. С Францишканской улицы можно было выйти подземным ходом в канализационную сеть. Однако очередная группа связных, направленная в этот день штабом ЖОБ на «арийскую сторону», наткнулась на эсэсовцев и была перебита, а спасательная экспедиция с проводниками из рабочих городской канализации, направленная Гвардией Людовой подземным путем в гетто, несколько дней добиралась до ставшего совершенно неузнаваемым района боев. Участь штаба ЖОБ была решена.
8 мая нацисты окружили дом 18. Они обнаружили все пять выходов из бункера и атаковали их одновременно, используя газовые бомбы. Штрооп пригласил к окруженному штабу корреспондентов немецких, итальянских, венгерских, финских и шведских газет. Им сказали, что задержана группа еврейских коммунистов и советских парашютистов.
Гражданское население покинуло бункер, но боевики ЖОБ решили держаться до конца. Гитлеровцы пускали газ малыми дозами, то и дело повторяя предложение сдаться. Они рассчитывали, что защитники бункера не выдержат и их можно будет взять живыми. Арье Вильнер крикнул: «Лучше покончить с собой! Мы не должны попасть в их руки живыми!» (Работая представителем ЖОБ на «арийской стороне», он уже побывал в лапах гестапо. Выдержав ужасающие пытки, он никого не выдал и бежал из застенка. Лучше других он знал, как поступают гитлеровцы с пленными.) Газ уже заполнял помещения, многие, чтобы прекратить мучения, решили покончить жизнь самоубийством. Лейб Ротблат перед тем, как застрелиться, дал яд своей старой матери. Когда были уже мертвы Фондаминьский, Анелевич, его подруга Кира Фухрер и многие их товарищи, кто-то вдруг обнаружил, что один из выходов остался незамеченным гитлеровцами и не охраняется. Четверо оставшихся в живых, полуотравленные газом, бросились по нескончаемой веренице подземных переходов на воздух.
Заваленный трупами бункер штаба ЖОБ был разрушен, и добравшиеся наконец до этой части гетто Симха Ратгаузер и польские проводники решили попытаться спасти боевиков на Францишканской улице. Около 60 человек, включая Берлиньского и Эдельмана, двинулись под землей к люку на улице Простой (Прямой. —
Добравшись до люка на улице Простой, отряд должен был дожидаться темноты. Люди промокли в грязной жиже, продрогли до костей. Наступила ночь, но сигнала покидать люк не последовало: оказалось, что не нашли грузовика для выезда из города. К утру сидевшие под землей повстанцы совершенно обессилели, некоторые уже не подавали признаков жизни, кто-то решил возвращаться в гетто. Особенно страдали Михал Розенфельд, Тося Альтман и Иегуда Венгровер, отравленные в бункере газом. Венгровер, мучимый жаждой, напился прямо из канализационной трубы. На следующий день он умер.