«Восстание угасало постепенно, и трудно установить точный момент его окончания», — пишет историк Б.Марк. Время от времени немцы обнаруживали не замеченные до того бункеры. Штроопу, которому уже несколько раз казалось, что борьба окончена, пришлось 13 мая снова отметить: «Ныне стало ясно, что попадающие теперь в наши руки евреи и бандиты являются членами так называемых боевых групп. Это все молодые парни и женщины от 18 до 25 лет. При захвате одного бункера произошла схватка, во время которой евреи не только стреляли из пистолетов калибра 0,8 и польских пистолетов «Вис", но и бросали в эсэсовцев польские гранаты «апельсины». После того, как часть из находившихся в бункере была схвачена и начался обыск, одна из женщин — что случалось уже часто — молниеносно сунула руку за пазуху и, вытащив ручную гранату — «апельсин», сдернула предохранитель, бросила гранату в обыскивавших ее людей и быстро спрыгнула в укрытие. Только благодаря присутствию духа удалось избежать жертв". Это была Сара Розенблюм, член ЖОБ. После этого, добавляет Штрооп, саперы уничтожили бункер с остававшимися там евреями, подложив более крупный, чем обычно, заряд взрывчатки. На следующий день немцы пустили газ сразу в 183 люка. Прятавшиеся в канализационных трубах, чтобы спастись от отравления, вынуждены были выйти в центре гетто, где их уже поджидали гитлеровцы.
13 мая губернатор Варшавы Людвиг Фишер оповестил горожан о разрушении гетто — «гнезда большевизма и бандитизма». Он призвал население выполнить свой «долг» и выдавать властям находящихся еще на свободе «евреев и коммунистических агентов». 15 мая немцы разрушили на территории гетто последние дома, за исключением восьми зданий — немецких казарм, госпиталя и тюрьмы «Павяк». 16 мая Штрооп официально объявил об окончании «большой акции» и начал отвод своих сил. «Еврейского гетто в Варшаве больше не существует», — рапортовал он. 18 июня 1943 г. Штрооп за свои подвиги в гетто был награжден железным крестом первого класса, а 29 июня Гиммлер утвердил его в должности начальника СС и полиции Варшавы. Ежедневные рапорты Штроопа, запечатлевшие деяния гиммлеровского воинства в Варшавском гетто с 19 апреля по 16 мая 1943 г., были собраны вместе и в роскошных переплетах вручены самому рейхсфюреру СС и начальнику СС и полиции «Ост» Крюгеру. Один экземпляр на память о свершениях на поле брани Штрооп оставил себе.
На догоравших развалинах Варшавского гетто был оставлен батальон немецкой полиции. Немцы прочесывали местность, перерезали последние водопроводные трубы, отравляли все обнаруженные резервуары и источники воды, забрасывали колодцы полусгнившими трупами, обливали керосином найденные остатки пищи, взрывали и заваливали дороги. Ежедневно они засыпали все люки, но евреи, намеревавшиеся бежать из гетто по канализационным трубам, по ночам раскапывали их. В течение мая были обнаружены и ликвидированы почти все остававшиеся подземные укрытия. 16 мая, в день официального окончания «большой акции», гитлеровцы обнаружили большой бункер в доме 38 на Свентоерской улице и, пустив газ, заставили выйти 60 укрывавшихся там евреев. Восемнадцатилетнему Киршенбауму, полумертвому, с гангреной ног, отказавшемуся выдать другие известные ему бункеры, немцы прострелили руку. Он продолжал упорствовать, и ему выстрелили в ногу.
Столкновения с разрозненными кучками повстанцев происходили еще в июне и июле. Полковник охранной полиции Харинг отмечал впоследствии, что «ввиду ставшего известным противнику уменьшения сил отдельные банды пытались возобновить свою деятельность. Во время все новых и новых схваток с бандами, имевшими хорошее вооружение и руководство, приходилось в жестоких подчас боях подавлять отдельные гнезда сопротивления, оборудованные в развалинах, подвалах, канализационных колодцах». В этих боях в начале июня погибли последний командир группы ЖЗВ в гетто Янек Пика и член штаба ЖОБ Захариа Артштейн, которому удалось было сколотить из обломков боевых групп значительный отряд. К этому времени евреи настолько ослабели от голода и перенапряжения, что не могли даже добросить до врага ручную гранату.
18 июня 1943 г. губернатор Фишер, принимая у себя во дворце Ганса Франка, с гордостью показал ему на развалины гетто. От Гиммлера пришло предписание сровнять территорию бывшего гетто с землей, засыпать все подвалы и канализацию, покрыть весь район слоем чернозема и разбить там большой парк. В середине июля немцы принялись систематически взрывать развалины в гетто, однако кучки вооруженных евреев снова прокрадывались в уже, казалось, очищенную зону. Поэтому осенью немцы, прочесывая бывшее гетто, снова (еще раз) стали взрывать развалины. Но и в конце 1943 г. они натыкались на вооруженные группки евреев, оказывавших сопротивление. Подобные случаи имели место даже летом 1944 г., спустя год после подавления восстания в гетто!