Интеллигентным, в отличие от старшего брата, Василий никогда не выглядел. Он не был склонен к отвлеченным рассуждениям. Стихия Василия — техника и спорт, практическое дело, а не фантазии и мечтания.
Исчезновение Якова вызвало настоящий переполох в Москве. Светлана Аллилуева, уверенная, что начальники не позаботились оставить старшего лейтенанта Джугашвили при штабе только потому, что знали о его плохих отношениях с отцом, так пишет о последующих событиях в книге «Двадцать писем к другу»: «Яша ушел на фронт на следующий же день после начала войны, и мы с ним простились по телефону, — уже невозможно было встретиться. Их часть отправляли прямо туда, где царила тогда полнейшая неразбериха, — на запад Белоруссии, под Барановичи. Вскоре перестали поступать какие бы то ни было известия.
Юля с Галочкой оставались у нас. Неведомо почему (в первые месяцы войны никто не знал толком, что делать, даже отец) нас отослали всех в Сочи: дедушку с бабушкой, Анну Сергеевну с двумя ее сыновьями, Юлю с Галочкой и меня с няней. В конце августа я говорила из Сочи с отцом по телефону. Юля стояла рядом, не сводя глаз с моего лица. Я спросила его, почему нет известий от Яши, и он медленно и ясно произнес: «Яша попал в плен». И, прежде чем я успела открыть рот, добавил: «Не говори ничего его жене пока что…» Юля поняла по моему лицу, что что-то стряслось, и бросилась ко мне с вопросами, как только я положила трубку, но я лишь твердила: «Он ничего сам не знает»… Новость казалась мне столь страшной, что я была не в силах сказать ее Юле — пусть уж ей скажет кто-нибудь другой (а может, просто побоялась нарушить отцовский запрет? —
Но отцом руководили совсем не гуманные соображения по отношению к Юле: у него зародилась мысль, что этот плен неспроста, что Яшу кто-то умышленно «выдал» и «подвел», и не причастна ли к этому Юля… Когда мы вернулись к сентябрю в Москву, он сказал мне: «Яшина дочка пусть останется пока у тебя… А жена его, по-видимому, нечестный человек, надо будет в этом разобраться…» (Иосиф Виссарионович готов был подозревать в измене всех, даже собственную невестку, к тому же подкачавшую по «пятому пункту»; ему даже в голову не пришло, что несколько странно для еврейки шпионить в пользу тех, кто собирался весьма радикально и жестоко раз и навсегда решить «еврейский вопрос». —
И Юля была арестована в Москве, осенью 1941 года, и пробыла в тюрьме до весны 1943 года, когда «выяснилось», что она не имела никакого отношения к этому несчастью, и когда поведение самого Яши в плену наконец-то убедило отца, что он тоже не собирался сам сдаваться в плен…
На Москву осенью 1941 года сбрасывали листовки с Яшиными фотографиями — в гимнастерке, без ремня, без петлиц, худой и черный… Василий принес их домой, мы долго разглядывали, надеялись, что это фальшивка, — но нет, не узнать Яшу было невозможно (наверное, в эти минуты младший брат пожалел, что когда-то дрался со старшим, что так и не нашел с ним общий язык. —
Спустя много лет возвращались домой люди, которые тоже побывали в плену, а освободившись из плена, попадали к нам в лагеря, в тайгу, на север… Многие слышали о том, что Яша был в плену, — немцы использовали этот факт в пропагандных целях. Но было известно, что он вел себя достойно, не поддаваясь ни на какие провокации, и, соответственно, испытывал жестокое обращение…»
По утверждению Светланы, отец получил предложение об обмене Якова на кого-то из немцев, находившихся в советском плену, но не стал его даже обсуждать: «Зимою 1943—44 года, уже после Сталинграда, отец вдруг сказал мне в одну из редких тогда наших встреч: «Немцы предлагали обменять Яшу на кого-нибудь из своих… Стану я с ними торговаться! Нет, на войне — как на войне». Он волновался, — это видно было по его раздраженному тону, — и больше не стал говорить об этом ни слова…» Из этого сообщения родилась легенда, что Гитлер хотел обменять Якова Джугашвили на Фридриха Паулюса, на что Сталин будто бы ответил исторической фразой: «Я солдат на маршалов не меняю!» Немецкие источники по поводу планов такого обмена ничего не сообщают, так что свидетельство дочери Сталина остается пока единственным. Если оно соответствует действительности, то подобное обращение с немецкой стороны могло последовать только до гибели Якова Джугашвили в апреле 43-го. Не исключено, что Иосиф Виссарионович только год спустя решился рассказать Светлане об этом предложении. Возможно, то обстоятельство, что немцы больше не зондировали почву для обмена, навело Сталина на мысль, что Якова уже нет в живых.
Судьба старшего лейтенанта Джугашвили действительно сложилась трагически. Об этом отец и младший брат с сестрой узнали только после войны. 14 сентября 1946 года заместитель министра внутренних дел СССР И. А. Серов сообщал министру С. Н. Круглову: «Оперативным Сектором МВД гор. Берлина 10-го июля с. г. был арестован работник отдела «1-Ц» Гтавного штаба Центральной группы немецких войск — ГЕНСГЕР Пауль.