Джеймс не воспользовался этим советом. Он чувствовал, что, когда ему исполнилось пятьдесят два года, у него оставалось не так много времени, чтобы осуществить дорогие его сердцу религиозные изменения. Он почти не надеялся на сына; дочь-протестантка сукцессировала бы его и перечеркнула бы все его труды, если бы они не были прочно закреплены до его смерти. Отец Петре и королева отменили все советы. Король не только отправился в королевском штате на мессу, но и попросил своих советников присутствовать при ней. Священники во все большем количестве перемещались по двору. Он назначал католиков на военные должности и убеждал судей (которые назначались и смещались им самим) подтвердить его право освобождать таких назначенцев от наказаний, наложенных на них Актом об испытаниях. Он создал, в основном под руководством таких офицеров-католиков, армию в тринадцать тысяч человек, подчинявшуюся только его приказам и явно угрожавшую независимости парламента. Он отменил наказания, предусмотренные законом за публичное посещение католических богослужений. Он издал указ (июнь 1686 года), запрещающий священнослужителям произносить проповеди, содержащие доктринальные споры; а когда доктор Джон Шарп прочел проповедь о мотивах новообращенных, Джеймс, как законный глава английской церкви, приказал Генри Комптону, епископу Лондона, отстранить его от англиканского служения. Комптон отказался. Яков, отменив закон 1673 года, назначил новый Суд церковной комиссии, в котором доминировали Сандерленд и Джеффрис; он судил Комптона за неповиновение короне и отстранил его от должности. Англиканская церковь, проповедовавшая абсолютное послушание, начала выступать против короля.
Он надеялся склонить англиканскую церковь к примирению с Римом, но его поспешные действия теперь исключали такую политику; вместо этого он взялся за план объединения католиков и диссентеров против истеблишмента. Уильям Пенн, вошедший в доверие к королю, посоветовал ему, что он сможет привлечь к своей горячей поддержке всех английских протестантов, кроме англикан, если несколькими росчерками пера отменит все законы, запрещающие публичное богослужение инакомыслящих сект. 4 августа 1687 года Джеймс издал свою первую Декларацию о снисхождении. Какими бы ни были его мотивы, этот документ занял достойное место в истории веротерпимости. Он приостанавливал действие всех уголовных законов, затрагивающих религию, отменял все религиозные испытания, предоставлял всем свободу вероисповедания и запрещал вмешиваться в мирные религиозные собрания. Он освободил всех людей, которые были заключены в тюрьму за религиозное несоответствие. Это выходило за рамки аналогичных деклараций Карла II, который сохранил религиозные испытания для получения должности и разрешил католическое богослужение только в частных домах. Она заверяла Учрежденную церковь, что король будет и впредь защищать ее во всех законных правах. Жаль, что эта мера должна была стать негласным объявлением войны парламенту, который постановил все те ограничения, которые теперь были отменены. Если бы парламент признал право короля отменять парламентское законодательство, Гражданская война разгорелась бы с новой силой.
Галифакс, который в это время был самым блестящим умом в Англии, вступил в борьбу с анонимным «Письмом к диссентеру» (август 1687 года) — «самым успешным памфлетом эпохи». 13 Он призывал протестантов осознать, что предлагаемая им веротерпимость исходит от принца, лояльного к Церкви, которая претендует на непогрешимость и откровенно отвергает веротерпимость. Может ли существовать прочная гармония между свободой совести и непогрешимой Церковью? Как могли диссентеры доверять своим новым друзьям, которые еще вчера клеймили их как еретиков? «На днях вы были сынами Белиала, теперь вы — ангелы света». 14 К сожалению, англиканская церковь согласилась с Римом в вопросе о сынах Белиала и за последние двадцать семь лет подвергла диссентеров таким гонениям, которые вполне могли бы оправдать их согласие на свободу даже от рук католиков. Англиканская иерархия поспешила искать мира с пресвитерианами, пуританами и квакерами. Она умоляла их отказаться от нынешней индульгенции и обещала им в скором времени веротерпимость, которая будет иметь санкцию как Парламента, так и Установленной церкви. Некоторые диссентеры отправили королю благодарственные письма; большинство же держалось в стороне, и когда настал день принятия решения, они отвергли короля.