Став еще одним заложником фортуны, он попробовал свои силы в опере; 20 ноября 1805 года он дирижировал премьерой «Леоноры». Но 13 ноября наполеоновские войска заняли Вену; император Франциск и ведущие вельможи бежали; горожане не были настроены на оперу; спектакль был оглушительно провален, несмотря на аплодисменты французских офицеров в скудной аудитории. Бетховену сказали, что его опера слишком длинная и неуклюже аранжирована. Он сократил и пересмотрел ее, и 29 марта 1806 года предложил ее во второй раз; она снова провалилась. Восемь лет спустя, когда город бурлил по случаю Венского конгресса, опера, переименованная в «Фиделио», прошла третью пробу и добилась умеренного успеха. Композиторская манера Бетховена была ориентирована на инструменты с большим диапазоном и гибкостью, чем человеческий голос; певцы, как бы ни стремились преодолеть новые барьеры, просто не могли спеть некоторые парящие пассажи, и в конце концов они взбунтовались. Опера периодически ставится и сегодня, несясь на крыльях славы композитора и с правками, которые он уже не может пересматривать.
От этого трудного и не приносящего удовлетворения опыта он переходил к одному шедевру за другим. В 1805 году он представил Концерт для фортепиано с оркестром соль минор, № 4, опус 58, уступающий лишь пятому по популярности среди виртуозов. 1806 год он отметил сонатой фа минор, опус 57, которую позже окрестили «Аппассионатой», и добавил три квартета, опус 59, посвященные графу Андреасу Разумовскому, русскому послу в Вене. В марте 1807 года друзья Бетховена, вероятно, чтобы утешить его за провал оперы, организовали для него благотворительный концерт; на нем он исполнил первую, вторую, и третью симфонии («Эроика»), а также новую симфонию № 4 си-бемоль, опус 60. Нам не сообщают, как публика перенесла такое изобилие.
В 1806 году князь Миклош Николаус Эстерхази поручил Бетховену сочинить мессу ко дню именин его жены. Бетховен отправился в замок Эстерхази в Айзенштадте (Венгрия) и 13 сентября 1807 года представил там свою Мессу in C, опус 86. После выступления князь спросил его: «Но, мой дорогой Бетховен, что это вы опять сделали?». Бетховен расценил этот вопрос как выражение недовольства и покинул замок до истечения срока действия приглашения.
В 1808 году он создал две симфонии, известные сегодня во всем мире: Пятая симфония до минор и Шестая, или Пасторальная, симфония фа. Похоже, что они сочинялись одновременно в течение нескольких лет, чередуя настроения между задумчивостью Пятой и весельем Шестой; вполне уместно, что их премьера состоялась 22 декабря 1808 года. Частые повторения ослабили их очарование даже для старых любителей музыки; нас больше не трогает «Судьба, стучащаяся в дверь» или пение птиц на деревьях; но, возможно, угасание нашего очарования связано с отсутствием музыкального образования, которое могло бы научить нас с благодарностью и удовольствием следить за логикой тематических контрастов и развития, сотрудничеством контрапунктов, игривым соперничеством различных инструментов, диалогом духовых и струнных, настроением каждой части, структурой и направлением целого. Умы по-разному приспособлены — одни к чувствам, другие к идеям; Гегелю, наверное, было так же трудно понять Бетховена, как и Бетховену — или кому бы то ни было — понять Гегеля.
В 1808–09 годах он написал Концерт для фортепиано с оркестром № 5 ми-бемоль, опус 73, известный как «Император». Из всех его произведений это самое любимое, самое непреходяще прекрасное, то, от которого мы никогда не устаем; как бы часто мы его ни слышали, мы бываем тронуты до глубины души его искрящейся живостью, его задорной изобретательностью, его неиссякаемыми фонтанами чувств и восторга. В этом концерте человек, триумфально восставший из очевидной катастрофы, написал оду радости, гораздо более убедительную, чем стенторный хор Девятой симфонии.