Поистине звездной стала для Покрышкина весна 1943 года — воздушное сражение на Кубани. По концентрации самолетов и плотности воздушных боев Кубанское сражение было самым напряженным во Второй мировой войне: за два месяца здесь уничтожили более 800 немецких самолетов. Официально Покрышкин сбил над «голубой линией» 16 самолетов противника, а фактически около 30 (12–15 Ме-109, 4–6 Ю-88, 9-13 Ю-87, 2 ФВ-190). Здесь же летчик проводит несколько выдающихся по результативности боев. В памятный день, 12 апреля, в р-не Крымской он сбил 4 Ме-109. К счастью, свидетелем этого боя был генерал К. Вершинин, и Покрышкину не только засчитали сбитые машины, но и наградили вторым орденом Красного Знамени. Позднее он уничтожил еще три вражеских самолета и довел число сбитых за день машин до семи. За исключением полулегендарного боя А. Горовца, история советской авиации не знает таких примеров. Через несколько дней Покрышкин сбил 3 Ю-87 в одном бою, а в конце апреля в составе восьмерки, разогнав 3 девятки «лаптежников», сбил 5 (!) из них. Атаковал он излюбленным «соколиным ударом» — сверху, на высокой скорости, с крутым переменным профилем пикирования, чтобы затруднить прицеливание стрелкам противника.
5 мая 1943 года Покрышкин совершил первый вылет на новой «Аэрокобре» с бортовым номером 100, сменив свою старую машину с «несчастливым» (по словам самого Покрышкина) номером 13.
В результате напряженнейших боев на Кубани значительная часть авиации обеих сторон оказалась выбитой, на этом участке фронта наступило временное затишье. На совещании, собранном генералом Вершининым, где присутствовали наиболее отличившиеся летчики, командный состав и работники штабов ВВС, Покрышкин обнародовал свои тактические находки: «этажерку» из самолетов в порядке пар, сдвинутую в сторону солнца (этот порядок обеспечивал преимущество в боях на вертикалях), обосновал необходимость патрулирования на высоких скоростях, что шло вразрез с существовавшими требованиями. Здесь же он выступил с критикой старого приказа об обязательном подтверждении сбитых наземными войсками. К счастью, его выступление нашло отклик не только среди присутствовавших летчиков, но и у командования. Вскоре в 4-й ВА, а через некоторое время и во всех ВВС официальным подтверждением факта победы согласились считать также донесения летчиков и стрелков — свидетелей воздушного боя.
Трудно переоценить влияние Покрышкина на молодых летчиков, с пополнением прибывших в полк в июне 1943 года. Большинство из них не были новичками, но чаще имели печальный боевой опыт. Отобрав наиболее подготовленных и хорошенько их «облетав», он повел вновь прибывших на боевое задание и, в первом же бою, в одной атаке лично сбив пару Ме-109, создал условия еще для нескольких побед вдохновленных им летчиков.
С августа 1943 года 16-й гвардейский иап участвовал в боях на Миус-фронте, на реке Молочной, над Черным морем, над Днепром. 24 августа Покрышкину было присвоено звание дважды Героя Советского Союза. В боях на юге Украины Покрышкин сбил 18 «Юнкерсов» (7 Ю-88, 6 Ю-87, 5 Ю-52) и Ме-109. Среди сбитых — два высотных разведчика Ю-88. Среди особенно победоносных и яростных — бой в районе Большого Токмака 23 сентября 1943 года.
Утром Покрышкин в паре с Г. Голубевым вылетел на «охоту». Обнаружив над линией фронта изготовившихся к бомбометанию «лаптей», стремительно атаковал их; одного сбил, еще двух повредил и вынужден был принять бой с истребителями прикрытия. В следующем боевом вылете во главе четверки, заметив группу Ю-88, он пропустил ее в тыл, набрал высоту и, зайдя со стороны солнца, стремительно атаковал. Смущенный желтыми бликами на крыльях бомбардировщиков (так рефлектируют иногда красные звезды), он, подав команду «не стрелять», прошел вперед, но, заметив кресты на крыльях, мгновенно выполнил резкую петлю и, оказавшись позади лидера вражеской группы, прошил его пушечной очередью. Тот взорвался, а самолет Покрышкина проскочил через эпицентр мощного взрыва, чудом оставшись невредимым. Соседнему «Юнкерсу» повезло меньше: от попадания обломков он загорелся. Самообладание — важнейшее качество аса, и, едва выскочив из огненного облака, Покрышкин вновь совершает предельно короткий разворот и вновь атакует. Бомбардировщик, огрызаясь длинными очередями, пытается уйти крутым пикированием, но после повторной атаки покрышкинской «кобры» из пике уже не выходит. Этот бой проходил на глазах сотен людей, о нем оставлены десятки воспоминаний и написаны картины, и все же четвертого «Юнкерса», сбитого им в тот день, Александру Ивановичу не засчитали; командир полка счел его «самозагоревшимся».