Судьба по-прежнему благоволила вологодскому поповичу: в противоположность иным врачам, чьи достаточно серьезные заслуги так и не были оценены по достоинству, Мудров, вернувшись в Москву, был вознагражден достаточно щедро: квартира в университетском доме на Никитской улице, единовременное вознаграждение от Кабинета императора в две тысячи рублей, чин надворного советника (соответствовавший армейскому подполковнику и в те времена дававший право на потомственное дворянство). Кроме того, в августе 1808 года Мудрова назначили руководителем кафедры, профессором академического курса по преподаванию гигиены и «военных болезней». Последующие двадцать лет Мудров будет преподавать, сплошь и рядом выступая первопроходцем во многих областях медицины. Курс военной гигиены он стал читать первым в России. Автор первого в России руководства по военной гигиене, или, как это тогда называлось, «науки сохранения здоровья военнослужащих», опубликованного в 1809 году и переиздававшегося в 1813 и 1826 годах. Мудров также был одним из основоположников русской военно-полевой хирургии и терапии. В числе других его лекции слушал юный Николай Пирогов, будущий великий хирург.
Судьба благоволила. Весной 1809 года подал в отставку учитель Мудрова, профессор Политковский, руководитель кафедры патологии и терапии, и на его место был назначен Мудров. В 1811 году он был награжден орденом Владимира 4-й степени, а весной 1812 года назначен деканом медицинского факультета.
Открылась новая глава в жизни. С именем Мудрова связана реорганизация преподавания медицинских наук, по его инициативе введены практические занятия для студентов и преподавание патологической и сравнительной анатомии, усилено оборудование кафедр учебно-вспомогательными пособиями.
В 1812 году во время знаменитого московского пожара сгорел и Московский университет, и его пришлось восстанавливать с фундамента. Несмотря на протесты жены (что было, то было), Мудров выделяет на восстановление изрядную сумму из собственных денег, а взамен сгоревших книг передает университету свою и тестя библиотеки.
Откуда деньги? До самой смерти Мудров долгие годы параллельно с преподаванием и научной работой занимался частной врачебной практикой, был семейным врачом Голицыных, Муравьевых, Чернышевых, Трубецких, Лопухиных, Оболенских, Тургеневых и других именитых семейств. Так что деньги имелись, и немалые.
В январе 1817 года был назначен новый попечитель университета – А. П. Оболенский, старый знакомый Мудрова и его пациент. Через него Мудров и добился у императора Александра ассигнований на строительство Медицинского института при университете. В это же время министром народного просвещения стал А. И. Голицын, еще один многолетний добрый знакомый и пациент Мудрова. Мудров и это знакомство использовал, вульгарно выражаясь, на всю катушку – но не в личных целях (чего он никогда не делал). Совместно с московским генерал-губернатором Голицын добился у императора выделения денег на строительство «университетской учебной больницы», будущей знаменитой клиники. Она вообще-то существовала с 1805 года и до московского пожара, но насчитывала всего 12 коек, а теперь ее предполагалось значительно расширить.
В 1819 году закончили строительство нового анатомического театра (курировавшееся Мудровым), а в следующем году было построено новое здание Московского университета и здание клиники. Вскоре был открыт и Медицинский институт при университете – давняя мечта Мудрова. Он стал его первым директором по единодушному ходатайству ученого совета, утвержденному высшими инстанциями.
В лекции, прочитанной при открытии института, поименованной «Слово о способе учить и учиться медицине практической при постелях больных», Мудров первым из русских медиков высказал идею о болезни как процессе, поражающем не отдельный орган, а весь организм. И первым заговорил о профилактической медицине.
В 1828 году судьба не то чтобы отвернулась, но нахмурилась. Мудров ушел в отставку, говоря современным языком, не сработавшись с иными персонами из нового руководства университета.
Что ничуть не означало жизненного краха. Отставка – и не более того. Потомственный дворянин, надворный советник, кавалер ордена, состоятельный человек, остававшийся семейным врачом многих знатных семейств.
О частной практике Мудрова нужно рассказать особо. Занимаясь ею двадцать лет, Мудров с первых дней стал скрупулезно записывать в тетради истории болезней – диагноз, особенности течения болезни, применявшиеся для лечения методики и лекарства, результаты. Случалось, через много лет после посещения Мудровым пациентов они вновь обращались к нему, чтобы найти в его записях рецепт лекарства, которое им в свое время помогло. Ни один московский врач, самый опытный и знаменитый, подобным собранием, бесценным для любого практика, не обладал.