Приказом командующего Приморской армией от 18 января в секторах были назначены инженеры секторов: I сектора – подполковник Я.С. Молоткин, II сектора – майор В.И. Барсуковский, III сектора – майор М.П. Бочаров, IV сектора – майор Я.К. Чураков. В январе-мае 1942 г. по заданию командования СОРа был произведен капитальный ремонт автодорог, было построено несколько новых дорог, имевших большое значение для войск во всех секторах обороны. Приводились в порядок железнодорожные ветки, которые были важны для снабжения войск, а также маневрирования бронепоезда «Железняков«. Для обслуживания железнодорожных путей армией выделялся 2-й отдельный железнодорожный восстановительный батальон.
По всему фронту СОР были опять воссозданы три оборонительных рубежа, но структура обороны и тип используемых оборонительных сооружений по замыслам ее создателей должны были резко измениться. Все рубежи должны были состоять из батальонных опорных пунктов, те в свою очередь должны были состоять из ротных и т.д. Каждый опорный пункт должен был иметь артиллерийский ДОТ или ДЗОТ, окруженный пулеметными огневыми точками, проволочными заграждениями и т.д. Такова была идея, но не везде ее удалось реализовать. В конце января 1942 г. под руководством генералов Хренова и Галицкого прошла научно-практическая конференция, на которой обсуждались принципы построения обороны. Но если сравнить реализацию решений этой конференции по секторам, то можно ясно увидеть, что у каждого начальника сектора понимание ее идеи было свое. Во всяком случае батальонные опорные пункты по линиям окопов не везде просматриваются. Траншеи, как и раньше, имеют линейную структуру.
Общим для всех трех секторов оставался только тыловой рубеж, построенный ранее. Передовой и Главный рубежи на границах между секторами часто не стыковались между собой. Новый тыловой рубеж использовал укрепления ранее построенного Тылового рубежа Береговой обороны Главной базы ЧФ, который к январю 1942 года был готов на 97%. Не хватало только нескольких пулеметных огневых точек. Остальные два рубежа фактически создавались заново с использованием сохранившихся после первого и второго штурмов укреплений. В их строительстве четко просматриваются два периода, отличающиеся подходом к строительству. В январе-марте 1942 г. строят в основном ДОТы и СЖБОТы традиционных типов, располагая их, как и раньше, в линию. Правда, блоки для СЖБОТов делают мельче, чтобы их удобнее было монтировать вручную, толщина стен дотов и СЖБОТов становится меньше, а качество бетона заметно ухудшается. Для того, чтобы сэкономить цемент в бетон начинают добавлять пыль инкерманского камня. Главный рубеж усиливают в центральной части строительством трех артиллерийских дотов у подножья Сапун-горы и еще двух в районе Сахарной головки. С марта 1942 г. в целях экономии начинают строить по-другому. СЖБОТы становятся меньше в размерах, их строится совсем мало. Появляется большое количество «оголовков» – тонких бетонных колпаков (толщина бетона 10 см) с амбразурами.
На тот период в Севастополе исчерпаны все резервы для строительства, не хватало даже арматуры. С марта 1942 г. появляется арматура характерной формы с американской маркировкой. Эта арматура в сечении имеет форму «бубны». Каждый стержень арматуры имел на концах приваренные гайки для удобства последующего монтажа блоков. Появляется большое количество укреплений просто вырубленных в скале без использования бетона. В настоящее время большая часть этих сооружений засыпано и заплыло землей, но в действительности было построено огромное количество минометных позиций, КП, НП и убежищ без использования строительных материалов. Меняется и организация работ. Из-за нехватки инженерных частей строительство ведется силами войск с инструкторами из офицеров и сержантов инженерных батальонов. Это позволяет одновременно решить вопрос занятости личного состава войск вторых эшелонов. Еще в январе в каждый сектор обороны был назначен начальник инженерной службы, ведающий вопросами инженерного обеспечения и строительством оборонительных сооружений. Изменилась и структура управления ДОТами и ДЗОТами. 5 февраля 1942 г. командующий Приморской армией издал соответствующий приказ, который содержал следующие пункты:
«1. В связи с изменением оперативной обстановки и выявленными в ходе боевых действий требованиями боевого использования средств противотанковой обороны, артиллерийские доты и пулеметные дзоты числить в составе Береговой обороны Главной военно-морской базы Черноморского флота:
а) первый батальон дотов (командир – майор Ведьмедь, военком – старший политрук Антонов) в составе 14 артиллерийских дотов и роты в составе 18 пулеметных дзотов (вместе с 7-й отдельной батареей дотов);
б) второй батальон дотов (командир – воентехник I ранга А. П. Губичев, военком – политрук А. И. Ткач) в составе 8 артиллерийских дотов, роты в составе 21 пулеметного дзота и батареи 82-мм минометов;