Чувствуя сильное недомогание уже с самого начала кампании, Прончищев, посоветовавшись со своими помощниками, "за невозможностью продолжать плавание далее" решил возвратиться. Изнуренные холодом, полубольные люди все время находились под страхом замерзнуть. Они несколько раз высаживались на берег в поисках подходящего места для зимовки или селения, но "жила никакого" нигде не оказывалось, "также и лесу мало". 25 августа подошли к устью Оленека, но войти в реку не смогли; мешал упорный противный ветер, вдруг задувший с юга. Семь суток, подбрасываемые высоким взводнем и поминутно заливаемые, держались моряки против устья.
Прончищеву становилось все хуже. Напрасно подлекарь и жена больного, сама еле державшаяся от слабости на ногах, ухаживали за больным моряком. 29 августа его не стало. Когда же ветер немного ослабел, "Якутск" с приспущенным флагом, весь запорошенный снегом и обледенелый, входил в устье Оленека и остановился у прошлогоднего зимовья. По реке уже несло лед, чувствовалось дыхание скорой и суровой зимы. 6 сентября при ружейном залпе, так непривычно оборвавшемся на этой отдаленной дикой окраине, опустили в неглубокую яму тело славного командира. Пять дней спустя за ним последовала в ту же могилу и его супруга. Могила Прончищевых сохранилась до сих пор. В 1893 году здесь был известный полярный исследователь Эдуард Толль, приведший в порядок разрушенную временем могилу.
Зимовка в устье Оленека для наших путешественников выпала очень тяжелая. Еще в половине декабря, принявший на себя командование после покойного Прончищева штурман Челюскин в сопровождении геодезиста Чекина выехал в Якутск с докладом к Берингу, но не доехал. Помешала ссора Челюскина с одним из якутских заправил. Последний отказал моряку в передвижных средствах, в результате чего Челюскин с полгода проболтался в Сиктахе (на Лене) и прибыл в Якутск в июне, т.-е. тогда, когда там уже не было Беринга. Два года, определенные инструкцией для похода на запад вокруг Таймыра, окончились. Челюскину необходимо было теперь знать, последует ли разрешение Беринга на продолжение экспедиции, или ее следует считать законченной.
Беринг, хотя и был в курсе всех дел экспедиции (своевременно через нарочного он получил донесение о походе Прончищева и его смерти), сам тем не менее не знал, что предпринять. Избегал он также и обращений в Петербург и оставил даже Челюскину записку с предложением не ездить в столицу, добавив: "понеже Государственная Адмиралтейская коллегия и без тебя может рассмотреть о пути вашем". Гадая, быть или не быть экспедиции, он писал: "А как пойдут те дубельшлюпка и бот - и не пройдут, и ото льдов получат себе повреждение, тогда взыщется на нас: чего ради без указа отправили и потеряли напрасно".
Беринг обратился за советом к академикам, но те решительно высказались против продолжения экспедиции, причем Миллер ссылался на свои архивные изыскания о плаваниях в XVII столетии казаков. Он указывал, что походы эти неизменно совершались с превеликими трудностями, лишениями, а зачастую и с гибелью людей. Миллер считал, что повторять эти попытки не только крайне рискованно, но и бесполезно, тем более, что, по замечаниям бывалых людей, "ледовитое море, пред прежними годами, много убыло, и подле берега стало мелко". Беринг не удовлетворился этим мнением и созвал совет офицеров, на котором решили обратиться в Петербург в Адмиралтейств-коллегию. В Петербурге взглянули на дело иначе. Неудачи, по мнению коллегии, происходили не вследствие обмеления моря и трудности плавания, но потому, что путешественники выходили в море слишком поздно и рано возвращались по большей части в те самые места, откуда выходили в плавание, не закрепляя за собой таким образом пройденного, а потому в каждую последующую навигацию начинали все дело сызнова. Ссылка Миллера на казаков также не удовлетворила коллегию. Наоборот, именно казаки, не знавшие навигации и совершавшие свои плавания на судах "погибельных, с парусами из оленьих кож, с снастями ремянными, с камнями вместо якорей", свидетельствовали, что при современных условиях мореплавания и управления людьми "искусными в навигации" - дальнейшие попытки продвижения вперед должны увенчаться успехом.