Существует некоторая неясность, где и когда родился план одновременного наступления из Мексиканского залива, чтобы начать захват Миссисипи с юга и соединиться с силами юнионистов, идущими вниз по течению. Большинство историков сходятся на том, что это было предложением морского министра Уэллеса, однако позднее на авторство стал претендовать его амбициозный заместитель Густавус В. Фокс, отставной морской офицер. Это же заявлял капитан 2 ранга Дэвид Диксон Портер, второй сын знаменитого командира «Эссекса» Дэвида Портера, но его претензии совершенно необоснованны и выглядят пустым хвастовством. Самым важным пунктом стало решение создать отдельную эскадру специально для захвата Нового Орлеана, причем в кратчайшие сроки, так как требовалось заблокировать реку и перекрыть доступ в нее с моря.
Теперь надо было выбрать командира, который сумел бы наилучшим способом решить эту задачу. Позднее Уэллес напишет, что он с самого начала имел в виду Фаррагата, хотя не отвечал на его просьбы принять на службу. Уэллес утверждал, что на его выбор повлиял тот факт, что Фаррагат немедленно и без колебаний покинул мятежный штат. Последовали несколько совещаний, так как выбор командира эскадры для захвата Нового Орлеана имел большое значение. Однако все говорило в пользу Фаррагата, и в конце 1861 года его кандидатура была утверждена.
До этого момента бюрократическая машина вертелась очень медленно. Теперь дело переходило в руки исполнителей. Фаррагат показал другую сторону своей натуры, менее известную, чем импульсивность. Он оказался человеком, способным медленно и кропотливо готовить операцию. Такое сочетание встречается довольно редко, штабисты, как правило, не умеют командовать в бою. В начале 1862 года он отправился в Мексиканский залив. Несмотря на ядовитую критику со стороны своего подчиненного Дэвида Диксона Портера, который писал прямо заместителю морского министра Фоксу, за несколько недель Фаррагат перевел свои корабли через илистые мели в устье Миссисипи, чтобы приступить непосредственно к штурму Нового Орлеана.
Основу системы обороны города составляли два форта — Джексон и Св. Филипп, которые были расположены на обоих берегах реки, примерно на одной трети расстояния от дельты до города. По приказу морского министра Уэллеса (вероятно, написанному Фоксом) предписывалось «подавить» форты мортирным огнем с канонерок Портера перед тем, как пройти мимо них. Фаррагат прождал результата целую неделю. Так как Портер не сумел разрушить форты, Фаррагат приказал своим кораблям сниматься с якоря и прорываться мимо укреплений. Это они и сделали 24 апреля 1862 года, пройдя под ужасным обстрелом. Фаррагат пишет, что «подобного огня мир еще не знал». Все корабли были повреждены, причем некоторые довольно тяжело. Эскадра понесла потери в личном составе, хотя они оказались не столь серьезными, как предсказывали пессимисты. Флот начал подниматься вверх по реке, сметя маленькую речную флотилию конфедератов и обменявшись несколькими залпами с батареями, которые южане спешно построили в нескольких милях ниже города. Наконец, когда все корабли Фаррагата подошли к Новому Орлеану, делегация старших офицеров юнионистов сошла на берег, чтобы потребовать сдачи города. Город сдался, несмотря на шумные протесты возмущенных толп.
Несколько лет назад, во время Мексиканской войны, Фаррагат составил тщательно продуманный план захвата форта Сан-Хуан де Уллоа в городе Вера-Крус. Делать этого не пришлось. Предположения Фаррагата, что и форты имеют уязвимые места, шло вразрез с общепринятой теорией. Считалось, что деревянные корабли не могут противостоять каменным фортам, вооруженным большим числом дальнобойных орудий. Уэллес в своем панегирике Фаррагату, написанном позднее, вспомнит, что он присутствовал на совещании, когда Фаррагат представил свой план, и этот план произвел на него благоприятное впечатление. Поэтому с самого начала он считал Фаррагата флотоводцем, который не боится сражаться с фортами. Именно это, утверждает Уэллес, и стало тем фактором, который подтолкнул министра выбрать именно Фаррагата для решения тяжелой задачи — прорваться мимо фортов Джексон и Св. Филипп и захватить Новый Орлеан.