Корабельный священник на больших кораблях, кроме всего прочего, являлся «учителем» для мичманов, что было очень неблагодарной задачей. Хотя Фаррагату к этому времени уже почти исполнилось 18, и он все еще был мичманом, следует помнить, что он плавал с 10 лет и был довольно удачливым молодым офицером. Несомненно, он начал опасаться, что отсутствие настоящего образования может помешать ему в службе, и поэтому с благодарностью принимал помощь Фолсома. Учитель вскоре обнаружил, что получил самую большую награду — способного ученика. Он пробудил интерес молодого моряка к литературе и математике, побывал с ним на древних развалинах недалеко от Туниса и продолжал поощрять тягу к учебе в переписке, которая длилась еще много лет после того, как служба разнесла их в разные стороны. Именно благодаря знаниям, полученным у Фолсома, и профессиональным навыкам, привитым Дэвидом Портером, Фаррагат в молодости сумел добиться заметных успехов.
После войны 1812 года американский флот вступил в период застоя и упадка. Если не считать исследовательских экспедиций, его главной задачей стал показ флага в различных частях земного шара. Война с Мексикой вызвала небольшой переполох, но Мексика не имела флота, и война проходила почти исключительно на суше. Амбициозные и энергичные офицеры тяжело переживали время вынужденного безделья. Многие уходили на половинное жалование — фактически состояли в резерве, — так как для них просто не имелось должностей. «Комитет по отставкам» рекомендовал уволить многих товарищей Фаррагата. Его старший брат Уильям, страдавший от ревматизма, стал одним из них. Сам Глазго перенес несколько приступов желтой лихорадки и едва не умер от холеры, получил тяжелый солнечный удар, после которого у него на несколько лет ослабло зрение, однако на здоровье не жаловался. Он имел прекрасные служебные аттестации, поэтому старшие офицеры потребовали оставить его в строю. Хотя Фаррагат тоже провел несколько лет на половинном жаловании, причиной этому было не отсутствие подходящей должности. Мы еще поговорим об этом.
Перед Гражданской войной производство в чинах двигалось очень медленно. Фаррагат прослужил 14 лет мичманом, 16 — лейтенантом, еще 14 — капитаном 2 ранга, прежде чем в 1855 году получил звание капитана 1 ранга. Однако за это время он успел побывать командиром кораблей всех рангов. Сам Фаррагат утверждает, что ни один из его кораблей не потерпел навигационной аварии.
В самом начале службы Фаррагат заинтересовался артиллерией и стал известен как специалист по вооружению. Однако его главной специальностью стала служба в качестве строевого офицера, и здесь его репутация постоянно шла вверх. Он не только умело управлял кораблем, легко выполняя любые маневры под парусами в любую погоду, но столь же хорошо управлялся и с паровыми кораблями. Хотя в то время еще находились скептики, утверждавшие, что пар никогда не заменит парус. От своих ирландских предков он унаследовал упрямство в достижении цели. Если он определял способ действий, сбить его с намеченного пути было очень сложно. С другой стороны, испанская кровь заставляла его действовать стремительно, иногда под влиянием случайных обстоятельств даже слишком быстро. Лучше бы он потратил определенное время, чтобы спокойно рассмотреть всю проблему в целом. Однако буквально все историки сходятся в одном: чем бы ни занялся Фаррагат, его действия можно было предсказать. То же самое относится и к личной жизни.
Самым ярким примером стал его первый брак. Он женился на Сюзан Мерчент в сентябре 1824 года в Норфолке, ее родном городе. Менее чем через 2 года она заболела. Тогдашние доктора поставили диагноз: невралгия. Эта болезнь спустя некоторое время свела ее в могилу. Карьера молодого Фаррагата серьезно затормозилась, так как он был вынужден перейти на половинное содержание, чтобы ухаживать за женой. Он показывал ее различным специалистам, пробовал самые различные курсы лечения и вообще пренебрегал служебными обязанностями ради жены. Она скончалась в декабре 1840 года, пережив, по его словам, 16 лет ужасных мучений. Забота, которую он проявлял по отношению к жене, заставила одну из местных жительниц сказать: «Когда капитан Фаррагат умрет, ему следует поставить монумент до самого неба. Пусть каждая жена в нашем городе принесет камень для этого монумента».
Через 3 года Фаррагат женился во второй раз, на другой уроженке Норфолка Вирджинии Лойял. На следующий год у них родился сын Лойял. Этот брак был очень счастливым. По свидетельствам современников, Фаррагат был заботливым отцом, и Лойял отвечал ему искренней любовью. В годы Гражданской войны Лойял какое-то время плавал вместе с отцом, как много лет назад сам Фаррагат плавал с Портером. Рассказы Лойяла во многом помогают историкам лучше понять Фаррагата.