Ямамото прибыл в Хасирадзиму, где базировался флот, в качестве одного из самых способных командиров, что признавали даже его противники. Кроме того, он был тесно связан с морской авиацией. Именно эти 2 фактора определили его славу, как одного из величайших адмиралов ХХ века. В действительности до 1939 года Ямамото не командовал ни одним из японских флотов. С октября 1933 по май 1934 года он занимал должность командира дивизии авианосцев, но это было слишком недолго, чтобы полностью осознать революционные изменения в характере морской войны, и уж совершенно недостаточно, чтобы продемонстрировать свою компетентность и способности. Вообще вся карьера и репутация Ямамото для западного историка — сплошная загадка. И не только потому, что с 1929 по 1939 год он почти не выходил в море, где мог продемонстрировать свои тактические таланты, но и потому, что он не оказал заметного влияния на формирование доктрины флота ни до, ни после 1939 года. Его репутация как одного из создателей японской морской авиации при ближайшем рассмотрении оказывается дутой. По своим талантам Ямамото значительно уступал вице-адмиралу Сигеёси Иноуэ. Хотя правдой является то, что японская морская авиация совершила значительный рывок именно в то время, когда Ямамото занимал различные посты в морском министерстве, — его личный вклад в дело промышленного развития трудно обнаружить. Иногда утверждают, что во время службы в департаменте аэронавтики Ямамото принимал участие в создании истребителя Мицубиси «Зеро», который в 1941 году был лучшим в мире авианосным истребителем. Но если он и поддерживал «Зеро», это же делали и многие другие люди. Нет никаких достоверных доказательств того, что Ямамото приложил здесь какие-то особенные усилия.
Вопрос о стратегических и оперативных талантах Ямамото лучше рассмотреть не на примере его самой известной операции — атаки Пирл-Харбора, а в битве при Мидуэе. Эта операция была единственным случаем, когда сам адмирал руководил действиями флота в бою. Тщательное исследование доктрины Объединенного Флота, его организации, методов подготовки операции и проведения кампании показывает, что в 1942 году японцы исповедовали те же взгляды, что и 10 лет назад. Сухой и беспристрастный анализ битвы не позволяет нам отнести Ямамото к великим флотоводцам.
Атака Мидуэя, как и Пирл-Харбора, была предпринята по настоянию Ямамото. Он сумел сломить сопротивление нерешительного и сомневающегося Морского Генерального Штаба, и сам выбрал время. Штаб предпочитал развернуть наступление на юго-западе Тихого океана, стратегической целью которого была изоляция Австралии от Соединенных Штатов. Ямамото желал снова начать действия в центральной части океана. Путем захвата Мидуэя, находящегося всего в тысяче миль от Гонолулу, он намеревался вынудить американские авианосцы вступить в бой, чтобы уничтожить их. Это позволило бы японцам окончательно решить задачу, поставленную еще в декабре 1941 года, а также создать аванпост, который, кроме всего прочего, мог помешать повторению американского воздушного налета на Японские острова (в апреле 1942 года группа самолетов полковника Дулитла, взлетевшая с авианосцев, бомбила Токио). В конце концов, стороны пришли к компромиссу, который оказался роковым. В мае было решено высадить десант в Порт-Морсби, австралийской базе на востоке Новой Гвинеи, и лишь после этого в июне — на Мидуэе. Необходимость готовить корабли Объединенного Флота к этой операции помешала японцам выделить крупные силы для захвата Порт-Морсби. Именно это определило исход боя в Коралловом море 7–8 мая 1942 года. Японские силы вторжения были вынуждены повернуть назад, потеряв 1 легкий авианосец. Авиагруппы 5-й дивизии авианосцев понесли тяжелые потери, и потому она не смогла принять участие в атаке Мидуэя.