Что касается самой операции против Мидуэя, то Ямамото поставил ее в зависимость от нескольких факторов. Ведение разведки с помощью гидросамолетов с подводных лодок было плохо подготовлено. В разведывательных завесах зияли широкие бреши. Хотя японский флот имел 8 авианосцев и в течение месяца в строй должен был войти девятый, Ямамото разделил свои силы. В результате в критической точке у Мидуэя находились всего 4 авианосца, которые должны были решить две различные задачи — нейтрализовать сам остров и уничтожить американский флот. В результате японцы получили лишь незначительное превосходство над американцами, которые имели 3 авианосца. Общий план операции разбросал корабли японского флота по всей западной части Тихого океана — от Алеутских островов до Мидуэя, причем отдельные соединения не могли прийти на помощь друг другу в случае необходимости. Большинство самолетов, которые должны были базироваться на Мидуэе после захвата острова и обеспечить поддержку с берега, когда американцы предпримут ответные действия, чтобы отбить остров, находилось на 2 авианосцах, направленных к Алеутским островам. План этой операции был, если говорить мягко, не слишком разумным. И всю ответственность за это несет Ямамото, операцию разрабатывал штаб Объединенного Флота под его руководством. Самым ярким свидетельством порочности плана Ямамото является тот факт, что Объединенный Флот, развернув 24 подводные лодки, 109 надводных кораблей и 422 самолета, сумел атаковать всего 1 американский корабль. При этом японцы потеряли 4 эскадренных авианосца и 1 тяжелый крейсер в обмен на этот самый несчастный авианосец.
Если рассмотреть стратегические и оперативные основы японского плана захвата Мидуэя, то выяснится, что сложный механизм, с помощью которого японцы намеревались захватить господство в центральной части Тихого океана и уничтожить американский флот, базируется на устаревшей и нереалистичной концепции «решающего сражения», созданной в межвоенный период. Эта схема делала упор на артиллерию и ночные торпедные атаки и восходила к временам Цусимского сражения. Японцы не сделали никаких попыток сбалансировать состав авианосных соединений. Авианосцы доказали свою способность уничтожать вражеские корабли, но японские адмиралы об этом словно забыли. Первые 6 месяцев войны Ямамото провел в Хасирадзиме, следя за операциями японских и американских авианосных соединений и изучая их. Однако ни он сам, ни его штаб не сумели или не пожелали увидеть противоречивость поставленных задач. Кроме того, они не сумели заметить и исправить один из принципиальных и серьезных пороков плана. Авангард имел минимальные возможности для ведения разведки, тогда как главные силы, находящиеся в нескольких сотнях миль позади, имели явный переизбыток разведывательных средств.
Органические пороки такого распределения сил совершенно очевидны. И все-таки штаб Ямамото разработал такой план, при котором авианосное соединение подвергалось огромному риску, атакуя береговые сооружения, так как плохая организация разведки не позволяла своевременно обнаружить вражеский флот, готовящий контратаку. В апреле возле Цейлона японцы обнаружили английские корабли в море уже после первого удара по портам острова. В мае в Коралловом море японский план рухнул, так как действующие независимо соединения не смогли сломить сопротивление базовой авиации, поддержанной американскими авианосцами. В обоих случаях, особенно в Коралловом море, японцам крупно повезло, они отделались легким испугом. Однако японское командование не вняло предупреждениям и не изменило порочную схему ведения разведки. Штаб оказался глух к доводам здравого смысла. В результате в мае 1942 года Объединенный Флот вышел в море с планом кампании, в котором тактические проблемы не рассматривались вообще, а надежность методов разведки была, по меньшей мере, сомнительной. Под руководством Ямамото была проведена штабная игра, целью которой было обеспечить японцам победу, а не помочь командирам решить различные тактические проблемы, которые могли возникнуть в ходе боя, как это обычно бывает во время штабных учений.