В ходе следующих двух операций Хэлси — атаки острова Маркус (4 марта) и знаменитого налета на Токио (18 апреля) армейских бомбардировщиков В-25, взлетевших с авианосца «Хорнет», — Спрюэнсу пришлось играть роль простого зрителя. Он понимал, что рейд Дулитла, несмотря на огромное значение для подъема морального духа американцев, был напрасной тратой сил. Он более чем на месяц связал 2 из 4 авианосцев Тихоокеанского флота. Дальнейшее развитие событий доказало правильность мнения Спрюэнса. В середине апреля из данных радиоразведки стало ясно, что японцы готовят десантную операцию против Порт-Морсби, важной базы союзников на востоке Новой Гвинеи. Высадка должна была состояться в начале мая. Чтобы отразить эту угрозу, Нимиц направил в Коралловое море Оперативное Соединение 17 (ОС 17) контр-адмирала Фрэнка Джека Флетчера. Оно состояло из авианосцев «Йорктаун» и «Лексингтон». 30 апреля Оперативное Соединение 16 (ОС 16) вице-адмирала Хэлси, состоящее из авианосцев «Энтерпрайз» и «Хорнет» и крейсеров Спрюэнса, отправилось на юг Тихого океана, чтобы соединиться с эскадрой Флетчера. Там Хэлси должен был принять командование объединенными силами. Нимиц для отражения угрозы вражеского наступления задействовал все свои авианосцы.
С 4 по 8 мая произошел бой в Коралловом море. Флетчер потерял «Лексингтон» и 2 других корабля, потопив легкий авианосец «Сёхо» и повредив тяжелый авианосец «Сёкаку». Более важным было то, что десантное соединение японцев повернуло назад. Однако авианосец «Йорктаун» был поврежден, и оставалось неясным, как быстро его сумеют отремонтировать на верфях Пирл-Харбора. Это было первое авианосное сражение Второй Мировой войны. Хэлси и Спрюэнс были горько разочарованы, так как могли только наблюдать за этими событиями издалека, находясь на расстоянии 1000 миль от места боя. После боя американские и японские корабли покинули Коралловое море. 15 мая по приказу Нимица Хэлси намеренно дал японцам обнаружить свое соединение. Это вынудило противника отменить высадку на острова Науру и Оушн. На следующий день Хэлси получил приказ возвращаться в Пирл-Харбор. 26 мая завершилось это неудачное плавание Оперативного Соединения 16. Но надвигались более серьезные события.
Поставив свой флагманский корабль в док, Спрюэнс прибыл на борт «Энтерпрайза». Он полагал, что это обычное приглашение его старого друга Хэлси. Но тут он с изумлением узнал, что адмирала нет на борту авианосца. Хэлси заболел тяжелой формой дерматита, усугубленной сильнейшим нервным напряжением, и крайне неохотно подчинился требованиям доктора и лег в госпиталь. Зная о готовящейся операции в районе Мидуэя, он без колебаний рекомендовал Спрюэнса на пост командира Оперативного Соединения 16. В данном случае Спрюэнс был самой подходящей кандидатурой. Он прослужил вместе с Хэлси 8 месяцев, знал соединение и возможности командиров кораблей. Нимиц оставил на «Энтерпрайзе» приказ Спрюэнсу: прибыть в штаб флота.
Расстроенный неспособностью Хэлси командовать в ходе авианосной битвы, которая должна была решить исход войны, Нимиц пересмотрел свое мнение. Что он знает о Рэе Спрюэнсе? Хотя Нимиц никогда не служил вместе со Спрюэнсом, он знал характер адмирала и его репутацию. Нимиц был начальником отдела личного состава, когда Спрюэнс получил адмиральское звание. Он уже доказал свою веру в Спрюэнса, выбрав его своим следующим начальником штаба.
Офицеры считали Спрюэнса очень умным командиром. Он также показал себя хладнокровным и рассудительным человеком как на мостике корабля, так и в стенах военно-морского колледжа. Логичный, спокойный и осмотрительный, Спрюэнс мог действовать решительно, если уже четко сформулировал свое мнение, однако он никогда не позволял эмоциям захлестнуть рассудок. Он не падал духом при неудачах и никогда не повышал голос. Сдержанный и скромный, Спрюэнс не занимался самовосхвалением, предпочитая, чтобы за него говорили его дела. Он доказал свою способность работать вместе со штабными офицерами, выслушивать чужие советы и давать задания. Спрюэнс отличался крепким здоровьем, так как совершал долгие пешие прогулки в любую погоду. Несмотря на крайне серьезное выражение лица, он обладал своеобразным чувством юмора, хотя и немного суховатым.