К началу войны Роберт Блейк был единственным морским генералом. Вероятно, парламент предполагал, что исход войны быстро решится в одном большом сражении. Но дела пошли иначе. К осени 1652 года флот слишком увеличился, чтобы один человек мог контролировать действия всех отдельных эскадр. За 4 дня до боя у Данджнесса парламент подтвердил полномочия Блейка и назначил морскими генералами Ричарда Дина (во второй раз) и Джорджа Монка.
Данджнесс стал серьезной неудачей для англичан, но парламент не потерял веры в Блейка. Его отставка не была принята, и ему были присланы выражения полного доверия. В течение следующих нескольких недель все 3 морских генерала занимались оснащением флота. В начале февраля 1652 года парламент поблагодарил их за возвращение флоту боеспособности в столь короткое время.
В этот период Блейк показал, что его административные способности не уступают военным. Многие реформы Блейк проводил лично, и последующие успехи показали, что он шел правильным путем. Особенно Блейка беспокоило положение простых моряков. В декабре 1652 года он информировал правительство о потребностях флота и упомянул «недостатки и ошибки, особенно неудовлетворенные потребности моряков». Через неделю он написал парламенту, чтобы тот
«использовал как можно быстрее все возможные средства для усиления флота. Его потери в матросах очень велики если не будет принято мер для скорейшей выплаты жалования и вербовки нового пополнения, мы вскоре окажемся в плачевном состоянии. Они требуют денег и отказываются сражаться».
Блейк отмечал, что голландским матросам платят больше, чем английским, которые «вынуждены стиснуть зубы и смирить гордость, которая в иных обстоятельствах могла бы принести много пользы государству».
Увеличение численности и улучшение качества британского флота сказались немедленно. К середине февраля 1653 года примерно 75 кораблей были подготовлены к выходу в море, чтобы встретить флот Тромпа, который должен был прибыть в Ла-Манш из Ла-Рошели, сопровождая большой конвой. Последовавшее сражение, известное как бой у Портленда, длилось 3 дня — с 28 февраля по 2 марта. Первый день, несмотря на отвагу, проявленную обоими противниками, закончился безрезультатно. Тромп приказал конвою следовать в Голландию, а сам с флотом прикрывал его отход. Второй день превратился в погоню в Ла-Манше. Англичане пытались прорвать строй голландского флота и добраться до торговых судов. Когда утром третьего дня Блейк снова атаковал Тромпа, у того осталось не больше 30 боеспособных кораблей из 70, имевшихся в начале боя, но даже у них не хватало боеприпасов. Поэтому, когда быстроходные английские фрегаты атаковали хвост голландского конвоя, Тромп мало что мог сделать. С наступлением темноты бой завершился, и Англия могла праздновать крупную победу.
Всего голландцы потеряли 11 кораблей, 30 торговых судов и 2000 человек. Англичане потеряли 1 корабль и 1000 человек. Пострадал и сам Блейк, раненный в бедро. Когда его доставили в Портленд, он находился в очень плохом состоянии, и командование флотом перешло к Монку. Поползли слухи, что состояние здоровья Блейка помешает ему снова выйти в море.
Когда Блейк немного оправился и смог перенести небольшое путешествие, его перевезли в Вестминстер. Он прибыл туда 20 апреля 1653 года, как раз в тот день, когда Оливер Кромвель распустил «охвостье» Долгого парламента. Приезд Блейка породил слухи, что он выступил против действий Кромвеля. Некоторые историки полагают, что так и было, но большинство современных биографов адмирала отмечают, что в действительности Блейк приветствовал установление нового режима, так как надеялся на усиление гражданской власти. Имеющиеся свидетельства, точнее их отсутствие, показывают, что, если Блейк и был недоволен разгоном «охвостья», он воздержался от выступлений по этому поводу, принял свершившееся как факт и предпочел служить новой власти. Хотя мы не имеем доказательств, что Блейк поддерживал ее, прекрасно известно, что он заявил: «Не дело моряка обсуждать государственные дела. Он должен помешать иностранцам надуть нас».
К концу весны голландцы привели в порядок свой флот и совершили короткую вылазку, чтобы провести домой несколько торговых судов и атаковать британское судоходство. Более 100 кораблей под командованием Ричарда Дина и Джорджа Монка расположились у Норт Форланда, чтобы встретить неприятеля. В течение мая Блейк, выздоровление которого затянулось, делал все возможное, что позволяло его состояние, чтобы как можно быстрее вывести в море весь британский флот, чтобы превосходство в силах принесло англичанам победу. Узнав, что голландцы вышли в море, он прибыл на борт своего нового флагмана «Эссекс», стоящего на Темзе.