Первое из этих сражений произошло 26 августа 1652 года возле Плимута, когда де Рейтер отразил попытку англичан перехватить направляющийся на запад конвой, шедший под его эскортом. В 1652 году он командовал арьергардом голландского флота во всех трех крупных сражениях этого года: Трехдневном бое (28 февраля — 2 марта), бое на банке Габбард (12–13 июня) и бое у Шевенингена (8 — 10 августа), где нашел свою смерть Тромп. Бой у Шевенингена стал последним крупным морским сражением войны, которая в апреле 1654 года завершилась подписанием Вестминстерского мира.
11 ноября 1653 года де Рейтер получил звание вице-адмирала Амстердамского адмиралтейства. На сей раз он решил остаться на службе после заключения мира и в последующее десятилетие он участвовал в экспедициях в Балтийское море, Северную Атлантику и Средиземное море, чтобы защищать голландские интересы в войнах со Швецией, Португалией и берберийскими государствами. В 1660 году он получил датское дворянство в награду за свое участие в захвате союзниками у шведов в прошлом году острова Фёнен.
Как мы видим из географии действий де Рейтера, морская торговля Голландии быстро оправилась от удара, полученного в Первой англо-голландской войне. Амстердам оставался финансовой столицей Европы, и корабли под трехцветным голландским флагом все еще играли главную роль на мировых торговых путях. Разумеется, это не могло ускользнуть от внимания Англии. В 1660 году республику сменила монархия, была реставрирована династия Стюартов. Однако Карл II, как выяснилось, не меньше Кромвеля желал покончить с голландским торговым превосходством. В 1663 и 1664 годах были отправлены экспедиции, которые, без формального объявления войны, должны были атаковать голландские колониальные владения. Вскоре военные действия перекинулись и на европейские воды, и в январе 1665 года Нидерланды объявили Англии войну.
Первое крупное сражение Второй англо-голландской войны произошло 13 июня, когда голландский главнокомандующий ван Вассенаар ван Опдам атаковал английский флот герцога Йоркского. Бой завершился катастрофой для голландцев. После 12 часов сражения они были вынуждены бежать, потеряв 17 кораблей и 4000 человек, тогда как англичане потеряли только 1 корабль и 800 человек. Среди убитых оказался главнокомандующий — его флагманский корабль погиб почти со всем экипажем при взрыве порохового погреба. Был убит и второй по старшинству командир — лейтенант-адмирал Эгберт Мюссен Кортенар. Известие об этом поражении, самом серьезном поражении голландцев на море, погрузило всю страну в траур.
Де Рейтер в начале войны отсутствовал. Он совершал долгое плавание по Средиземному морю, у берегов западной Африки и Америки. Он вернулся домой северным путем — вокруг Шотландии — вскоре после боя у Лоустофта и 6 августа стал на якорь в северном порту Делфзейл. Голландцы обрадовались его возвращению, и в стране снова забрезжила заря надежды. Тысячи людей пришли в порт приветствовать де Рейтера, воздавая ему величайшие почести, когда-либо оказанные адмиралу. Его необычайная популярность усилилась еще и потому, что в отсутствии штатгальтера, в час опасности Голландии просто нужен был человек, вокруг которого можно было сплотиться. Раньше эту роль играли представители Оранской династии. Иохан де Витт для этого не подходил, а вот де Рейтер — вполне.
Так как решительно никто не сомневался в том, что де Рейтер является самым способным из адмиралов, 11 августа 1665 года он был назначен лейтенант-адмиралом провинции Голландия и главнокомандующим флотом Нидерландов. Последующие события показали, что это был мудрый выбор. В завершающие месяцы кампании 1665 года он провел домой большой конвой Ост-Индской компании, закупоренный в Бергене англичанами. Потом де Рейтер занял позицию возле устья Темзы, обеспечив благополучный переход других голландских торговых судов. В следующем году де Рейтер провел 2 самых жестоких сражения эпохи парусного флота. В Четырехдневном бою (11–14 июня 1666 года) он разбил британский флот под командованием Джорджа Монка (теперь герцога Албемарла) и принца Руперта, захватив или уничтожив 17 кораблей ценой потери 6 своих. Англичане потеряли также 8000 человек, голландцы — 2000. Англичане быстро снарядили новый флот. Монк и Руперт снова встретились с де Рейтером 4–5 августа, в день Св. Джеймса. Оба противника имели примерно по 90 кораблей и 20 брандеров. В основном из-за ошибочных действий голландского арьергарда, которым командовал сын Маартена Тромпа Корнелис, де Рейтер потерпел поражение. Тромп покинул строй, чтобы вести свой
собственныйбой. Де Рейтер проявил исключительное мастерство и сумел свести потери всего лишь к 2 кораблям, но не смог предотвратить другое несчастье. 8 августа англичане в ходе смелого рейда уничтожили 150 голландских торговых судов, стоявших на якорях у Текселя. Де Рейтер вернулся в море еще до конца месяца, надеясь добиться успеха, который уравновесил бы неудачи, но стечение обстоятельств не позволило флотам противников встретиться в этом году до наступления зимы.