Адмирал Хенрик Бельке был освобожден от должности председателя совета адмиралтейства в том же году, и с этого момента Нильс Юэль становится настоящим командующим датским флотом. В 1678 году он получает место в королевском совете. Когда в 1683 году Бельке умер, Нильс Юэль официально стал председателем совета адмиралтейства. Его путь к этой должности был долгим и трудным.
По приказу короля Нильс Юэль продолжал развивать датский флот и его береговые базы. Крупная база флота была построена на островах Кристиансё возле Борнхольма, чтобы наблюдать за новой шведской базой в Карлскруне на южном побережье Швеции. Были улучшены условия жизни экипажей и подготовлены новые уставы. Увеличение флота требовало расширения системы базирования, и в конце 1680-х годов Нильс Юэль начал строительство новой базы флота в Нюхольме — районе недалеко от Копенгагена. Главная база датского флота и сегодня расположена там.
Кроме почестей, бой в бухте Кьёге сделал Нильса очень богатым человеком. Его доля в призовых деньгах от захвата шведских кораблей составила около 25000 риксталеров, что равнялось его 5-летнему жалованию как лейтенант-генерал-адмирала. Он приобрел несколько имений, самым известным из которых был замок Вальдемара на острове Тосинге возле южного берега острова Фюнен. В Копенгагене он купил один из лучших участков земли в районе Новой Площади. Там он построил особняк, работы в котором завершились в 1686 году. Это здание стало его зимней резиденцией. Нильс Юэль пользовался большой популярностью у горожан, среди которых было много его бывших матросов. Когда адмирал состарился, он начали звать его «добрый старый рыцарь».
Насколько известно, семейная жизнь Нильса Юэля сложилась счастливо. Один из его сыновей стал высокопоставленным правительственным чиновником и сохранил имение «замок Вальдемара». Дочь в 1687 году вышла замуж за одного из его товарищей адмирала Христиана Бельке.
Здоровье Нильса Юэля впервые пошатнулось в 1690 году. В это время он особенно много работал. Король приказал ему проверить соответствие офицеров флота своим должностям. Список офицеров с пометками старого адмирала является прекрасным свидетельством трезвого ума и доброго характера Нильса Юэля, который всегда проявлял заботу о своих подчиненных.
После 1693 года Нильс Юэль начал серьезно болеть, но продолжал свою ежедневную работу в адмиралтействе. Старый герой скончался 8 апреля 1697 года в 11.00. Похороны со всеми соответствующим почестями состоялись 17 июня. Он покоится в Хольменс-кирке, церкви датского флота в Копенгагене. Под барельефом на саркофаге высечена длинная поэма, девятая строфа которой считается одной из вершин датской поэзии. Она гласит:
Интродукция II
Линия кордебаталии
(1688–1830)