Трагическая судьба Марии Стюарт достойна отдельной повести, однако ее роль в развитии французского государства незначительна. Мария родилась в Шотландии 8 декабря 1542 г. и являлась единственной наследницей престола, так как два ее брата умерли незадолго до ее появления на свет. Через несколько недель после своего рождения Мария стала королевой Шотландской, а в шестилетнем возрасте была увезена во Францию, где была обвенчана с наследником престола принцем Франсиском. Однако годы, проведенные во Франции, не принесли Марии семейного счастья, а королевская мантия недолго была предметом ее туалета. На протяжении всей дальнейшей жизни бывшая французская королева была центром заговоров, скандалов и дворцовых интриг.
Ситуацию усугубляла еще и крайне слабая внешняя политика Карла IX и его матери. В период их совместного правления не было отмечено ни одного крупного военного конфликта, поэтому представители дворянства, лишенные возможности воевать за рубежом, постоянно стремились выйти из подчинения и, не встречая достойного сопротивления, строили заговоры. Позднее ряды недовольного дворянства пополнили и простые ремесленники, недовольные резким увеличением налогов. По стране прокатилась волна народных восстаний.
Представители династии Гизов (ревностные сторонники католической церкви) предпочитали выгодную позицию защитников своей веры и пользовались поддержкой папы.
Гугеноты и представители других религиозных направлений составляли другой многочисленный лагерь, в который входили не менее влиятельные люди (такие как, например, Матье де Монморанси, Луи де Конде и Гаспар де Колиньи).
В 1562 г. среди жителей Парижа, разделившихся на два лагеря, начались кровавые столкновения, которые через год охватили всю страну. Периоды ожесточенной борьбы изредка прерывались кратковременными мирными переговорами, в процессе которых стороны пытались достичь взаимопонимания (в ходе попыток было принято решение все-таки предоставить гугенотам право находиться на определенных территориях, однако к договору прилагался документ, содержащий список ограничений, которые фактически делали реализацию данного право невозможным). В процессе подготовки третьего официального соглашения возник спор, приведший к одному из самых кровавых событий в истории Европы.
Суть конфликта состояла в религиозных противоречиях: одним из обязательных условий мирного договора был брак сестры короля Маргариты с молодым потомком наваррских королей, который, по сути, являлся лидером гугенотов. Недовольный король незамедлительно отдал приказ об аресте жениха, что привело к страшной трагедии. Накануне праздничного дня в честь святого Варфоломея сторонники короля организовали массовое уничтожение гугенотов. По многочисленным свидетельствам современников, дошедшим до нас в виде дневников и писем, в ту ночь Париж буквально утопал в крови невинных жертв, которых убивали в собственных домах, избивали и вешали прямо на улицах города. Генриху Наваррскому чудом удалось скрыться, однако в Варфоломеевскую ночь была убита не одна тысяча его сподвижников.
Смерть Карла IX через год после трагедии в Париже только усугубила и без того кровавый конфликт. Законным наследником бездетного короля, без сомнения, являлся его младший брат, однако непопулярный королевский родственник значительно уступал по лидерским качествам своему родственнику Генриху Наваррскому. Вступлению герцога на престол воспротивились предводители католиков (выступая на стороне большей части населения страны), которые никак не могли допустить воцарения главного предводителя гугенотов и выдвинули своего кандидата – Генриха Гиза.
Французские дворяне и простые граждане очень эмоционально воспринимали религиозные разногласия своих правителей, в процессе которых они все более убеждались в полной беспомощности потомков Франсиска I. Тем временем Французская империя находилась на грани распада, и даже отчаянные попытки королевы-матери восстановить авторитет королевской семьи не принесли успеха. Екатерина Медичи умерла в тот же год, что и Генрих III, оставив свою страну политической и экономической пропасти.