ЦК партии эсеров приговорил тамбовского губернского советника Луженовского, отличившегося в подавлении революционных выступлений во время революции 1905 года, к смерти ещё в октябре 1905 года. Спиридонова сама вызвалась осуществить эту акцию. Она выслеживала Луженовского на станциях и поездах несколько дней, пока не представился случай убить его. 16 января 1906 года на вокзале Борисоглебска она выпустила в него пять пуль. После убийства Луженовского она пыталась застрелиться, но не успела, подбежавший казак оглушил её ударом приклада. Спиридонова была зверски избита, врач, осматривавший её в тюрьме, засвидетельствовал многочисленные повреждения. Из тюрьмы Спиридонова опубликовала в газете «Русь» открытое письмо, в котором описала обстоятельства покушения на Луженовского и истязания, которым якобы подверглась.
12 марта 1906 года выездная сессия Московского военного окружного суда приговорила Спиридонову к смертной казни через повешение. Шестнадцать дней она провела в ожидании казни, как позже писала Спиридонова, такие моменты навсегда меняют человека.
28 марта узнала о замене смертной казни бессрочной каторгой. В июне 1906 года в специальном вагоне была отправлена на далёкую Нерчинскую каторгу. В 1907 году просила письмом эсеровскую эмиграцию организовать её побег, но попытки оказались неудачными.
После февральской революции Спиридонова была освобождена по распоряжению министра юстиции Керенского и 8 марта 1917 года прибыла в Читу, а уже оттуда в мае приехала в Москву, где стала играть одну из главных ролей среди левых эсеров.
Партия левых эсеров зародилась как оппозиционное политическое крыло эсеров в годы Первой мировой войны. После Февральской революции 1917 года левое крыло партии эсеров поставило цели:
— осудить войну как империалистическую и немедленно выйти из неё;
— прекратить сотрудничество партии эсеров с Временным правительством;
— немедленно решить земельный вопрос в соответствии с программой партии, передав земли крестьянам.
В октябре 1917 года левые эсеры вошли в созданный по предложению Троцкого Военно-революционный комитет Петроградского Совета и приняли участие в Октябрьском вооружённом восстании. Они поддержали партию большевиков на II Всероссийском съезде Советов 7–9 ноября 1917 года, голосовали за его решения и вошли в состав ВЦИК — Всероссийского центрального исполнительного комитета. Мария Спиридонова вошла в состав ВЦИК.
Сначала Спиридонова поддерживала позицию заключения Брестского мира. Она призвала левых эсеров разделить ответственность за Брестский мир с большевиками: «Мир подписан не нами и не большевиками: он был подписан нуждой, голодом, нежеланием народа воевать». В период апреля — июня 1918 года Спиридонова круто изменила свою политическую позицию. От сотрудничества с большевиками перешла в лагерь политических противников большевиков. В это же время резко изменилось отношение Спиридоновой к Брестскому миру. Вскоре за этим последовало восстание левых эсеров против большевиков.
Противоречия внутри правительственной коалиции большевиков и левых эсеров обостряются в марте 1918 года из-за Брестского мира. Левые эсеры игнорируют аргументы большевиков, что Россия не может более воевать ввиду окончательного развала действующей армии. Эсеры вышли из состава Совнаркома, но они продолжали работать в ВЧК, которая сыграла решающую роль в будущем мятеже. Левые эсеры оставались в коллегиях наркоматов, военном ведомстве, разных комитетах, комиссиях, советах разного уровня.
Новый всплеск напряжённости был связан с нарастанием активности большевиков на селе, которая не нравилась эсерам, традиционно считавшим себя крестьянской партией. Левые эсеры были против разворачивания системы продразвёрстки («продовольственной диктатуры»). В деревнях зажиточные крестьяне и середняки голосовали в основном за эсеров, в то время как деревенская беднота, — как правило, за большевиков. Стремясь выбить почву из-под ног своих политических конкурентов, большевики организовали в деревнях комбеды и сделали их основным центром силы вместо неподконтрольных им сельских советов.
5 июля 1918 года на V Съезде Советов в Москве левые эсеры активно выступили против большевистской политики, осуждая Брестский мир, продразвёрстку и комбеды. Мария Спиридонова характеризовала большевиков, как «предателей революции» и «продолжателей политики правительства Керенского».
На следующий день после открытия Съезда — 6 июля, двое левых эсеров, сотрудники ВЧК Яков Блюмкин и Николай Андреев, предъявив мандаты ВЧК, прошли в германское посольство в Москве. Около 14:50 их принял немецкий посол Мирбах, при беседе также присутствовали советник посольства Рицлер и переводчик лейтенант Мюллер.
Как утверждает сам Блюмкин в своих воспоминаниях, он получил соответствующий приказ от Спиридоновой 4 июля.