Менее успешной оказалась попытка продвинуться к югу, на Декан, — кампания, которую Акбар так и не завершил за последние двенадцать лет правления; продолженная его наследниками, она стала все более возрастающим и в конечном итоге непосильным бременем для государства Моголов. Хиндустан, как называли обширные равнины на севере Индии, имел естественные связи с империей. От устья Инда до устья Ганга раскинулись огромные просторы, не пересекаемые никакими географическими барьерами и доступные для беспрепятственного и скорого прохода большой армии. Совсем иное дело плато Декан с его природными границами: море на западе и на востоке, изогнутая великанская арка Гиндукуша и Гималаев на севере, да и само плато — местность пересеченная. К 1595 году вся эта область находилась под контролем у Акбара. Для современного экономиста с его взглядом на внутреннее развитие империя могла считать себя завершенной. Однако Акбар смотрел на дело завоевания как на свое личное занятие, а имея в виду характер могольской экономики, считал, что завоевание должно быть реальным. Не менее реальными были и трудности овладения Деканом.
С 1593 года могольская армия вела операции в Декане под началом царевича Мурада. К этому времени все три сына Акбара стали взрослыми (Салиму было двадцать четыре года, Мураду двадцать три, а Даниялю двадцать один) и уже несколько лет как привыкали к ответственности, военной и административной. Но почти полное бездействие армии в Декане проистекало из пьянства Мурада, фамильного порока, с которым Акбар справился в себе, но который довел его троих сыновей до алкоголизма. К 1599 году состояние Мурада сделалось таким, что Акбар был вынужден направить к нему Абу-ль-Фазла, поручив ему отстранить Мурада от командования. Абу-ль-Фазл добрался до лагеря царевича в начале мая, а 12 мая Мурад скончался в состоянии delirium tremens, то есть белой горячки. Абу-ль-Фазл по мере сил восстановил дисциплину в деморализованной армии и выступил на Ахмеднагар.
Внезапное превращение Абу-ль-Фазла в облеченного высокими полномочиями военачальника требует некоторых пояснений. В нескольких местах «Акбар-наме» Абу-ль-Фазл выражает обиду и недовольство по поводу того, что он в особо опасных случаях просился добровольцем на военную службу, но ему было отказано; когда он едва не умирает от какой-то болезни, то жалуется, что его желание покинуть сей лицемерный мир вызвано исключительно отказом дать ему сделать это, проявив себя в сражении. На современный взгляд подобные заявления могут показаться неискренними, но Абу-ль-Фазл, видимо, говорит правду, поскольку отлично знает, что в могольском обществе желание продвинуться ведет на поле битвы, а назначения на самые высокие посты, по сути дела, получают проявившие свои боевые способности воины. Подобно «подавателю кувшинов» Хумаюна Джаухару, Абу-ль-Фазл в качестве личного приближенного Акбара получал несколько не слишком значительных административных поручений. В 1581 году ему было доверено собрать мнения армейских офицеров по поводу предполагавшегося похода в Кабулистан; в 1585 году он был возведен в ранг тысячи зат; в 1586 году убедительно выступал на военном совете; в 1589-м был надзирающим за поварами во время поездки в Кашмир; в 1592-м возведен в ранг двух тысяч, а в 1598-м Акбар пожаловал ему боевого слона, когда Абу-ль-Фазл во главе трех тысяч солдат был направлен к Мураду сообщить, чтобы тот возвращался в Агру, поскольку его брат Данияль вскоре прибудет и примет от него командование. Смерть Мурада в первые же дни после приезда Абу-ль-Фазла временно оставила армию без главнокомандующего, и Абу-ль-Фазл с готовностью занял это место. Он взялся за командование со своим обычным рвением, отдав точные распоряжения насчет безопасного возвращения гарема Мурада в Агру, предложил людям, далеко превышающим его по социальному положению, подчиняться ему в лагере и был немало удивлен, когда они и не подумали это сделать; потом он с такой скоростью двинулся маршем на осаду Ахмеднагара, что Данияль нашел необходимым написать ему следующее: «Ваша распорядительность поразила всех и каждого. Вы намереваетесь взять Ахмеднагар до нашего прибытия, но вы должны отказаться от этого намерения». Тем не менее всего лишь годом позже Абу-ль-Фазл в самом деле взял крепость, правда, другую — Малигарх, со своим подразделением войск, и даже сам взбирался на осадную лестницу, и к нему начали прибывать послы, как к представителю Акбара, дабы выразить покорность со стороны соседних царевичей. В 1601 году он наконец отличился в жаркой битве, победив со своими тремя тысячами солдат пятитысячный отряд врага и прозрачно намекая в соей книге, что это произошло благодаря его личной отваге: «Победоносные воины едва не потерпели поражение, но явился пишущий эти строки, и враг был рассеян». Это было вдохновительно, в особенности для пишущего, но вместе с тем и весьма опасно. Второй по могуществу человек в империи, старший сын Акбара Салим, взирал на успехи Абу-ль-Фазла с черной завистью.