Известно, что Акбар порой сильно гневался на старшего сына, и надо признать, что поводы для гнева часто были вполне обоснованными, как, например, в том случае, когда Салим приказал казнить трех преступников с изощренной садистской жестокостью или когда он упорно отказывался командовать военными походами в отдаленные части империи, предпочитая оставаться поближе к столице, чтобы немедленно завладеть троном, едва отец умрет. Однако во враждебности Акбара бывало порой что-то преувеличенное и неуправляемое. Абу-ль-Фазл рассказывает обличительную историю о ссоре между этими двумя, которая произошла во время путешествия в Кашмир в 1589 году. Салиму было ведено доставить к отцу его гарем, но царевич решил, что дорога слишком опасна, и поэтому приехал один. Реакция Акбара была почти истерической. Он даже не захотел видеть царевича и строил лихорадочные планы самому, почти без сопровождающих, выехать верхом по невероятно опасной дороге навстречу своим женщинам. Даже Абу-ль-Фазл на этот раз не находит объяснения поведению своего господина и удивляется, чего ради тот настолько разгневался.
Результатом этой неприязни было то, что Акбар открыто предпочитал Салиму других своих сыновей, и Салим последние пять лет правления отца провел в попытках взбунтоваться против него. По сравнению с мятежами могольских царевичей в XVII веке то были только слабые вспышки, точнее, их следовало бы описать как бесцельные блуждания по стране с большим войском и отказ выполнять распоряжения отца употребить воинскую силу с большей пользой. Оба, отец и сын, остерегались непоправимых шагов, и даже когда Салим с тридцатитысячным войском вышел из Аллахабада и двинулся на Агру, Акбар сумел уговорить сына вернуться к повиновению, избежав открытой стычки. Однако положение выглядело настолько серьезным, что Акбар вызвал своего любимого Абу-ль-Фазла из Декана, дабы посоветоваться с ним. Известно, что Абу-ль-Фазл относился к Салиму враждебно, считая его распущенным и ненадежным, и царевич испугался, как бы отец не стал действовать по указке человека, чье и без того большое личное влияние усилилось в результате его военных успехов и получения ранга на пять тысяч. Салим задумал подослать к Абу-ль-Фазлу убийц, когда тот двинется по дороге на север к Дели, о чем царевич вполне хладнокровно сообщает в своей автобиографии; он пишет, как отправил послание Вир Сингху Део, радже Орчхи, мимо которой проходил путь Абу-ль-Фазла, и сообщил, что, если раджа остановит и убьет «этого распространителя всяческой смуты», он будет считать себя вечно ему обязанным. Маленький безоружный отряд шейха был окружен 12 августа 1602 года пятью сотнями всадников, готовых к действию. Абу-ль-Фазл был предупрежден о засаде и даже в последнюю минуту мог бы ускакать с места действия, но он играл свою новую роль до конца и с непререкаемой отвагой отказался изменить свой путь и с презрением отклонил предложение спастись бегством. Его голова была отослана Салиму в Аллахабад, и традиция дополняет и без того отвратительную историю подробностью о том, как царевич обесчестил себя, бросив голову шейха в выгребную яму.
Похоже, что решение Акбара покарать Салима за это бессердечное убийство было изменено под влиянием безошибочных признаков того, что его младший и самый любимый сын Данияль быстро следовал по пути Мурада. Его алкоголизм вскоре должен был оставить Акбара с единственным сыном, и восстановление дружественных отношений с Салимом было достигнуто, в соответствии с установившейся традицией Моголов, при помощи старших женщин гарема. Во время сражений между Хумаюном и Камраном из-за Кабула их тетка Ханзада дипломатически разъезжала от одного к другому с целью привести их к согласию; теперь же мать Акбара Хамида и его тетка Гульбадан настойчиво уговаривали его простить сына. Еще одна весьма почтенная женщина, Салима, которая приходилась Акбару и двоюродной сестрой, и женой и провела семь трудных лет в паломничестве в Мекку вместе с Гульбадан, вызвалась поехать в Аллахабад и уговорить Салима прибыть к отцу в Агру. Она преуспела в этом и привезла Салима в дом его бабушки Хамиды. Эта женщина преклонного возраста, вынужденная шестьдесят лет назад, совсем еще девочкой, стать супругой Хумаюна, была теперь энергичным и влиятельным средоточием жизни императорской семьи. Она неизменно устраивала в своем доме великолепные приемы по случаю каждого значительного события в семье — в частности, в честь браков сыновей Акбара или рождения внуков; торжество состоялось и в честь примирения между ее сыном и внуком, нынешним и будущим императорами. Акбар прибыл к ней в дом, и Хамида, ведя Салима за руку, бросила его к ногам отца. Акбар ласково поднял сына на ноги, без сомнения умягченный тем, что Салим подарил ему триста пятьдесят слонов, что свидетельствовало о частичном разоружении, и надел ему на голову собственный тюрбан. Такой жест всегда считался признаком особого благоволения, а в данных обстоятельствах мог быть воспринят как утверждение Салима наследником престола.