До присоединения Крыма к России Георгиевский монастырь подчинялся Константинопольскому патриархату и был мало известен. Но после 1783 года он стал более посещаем, им заинтересовались офицеры Черноморского флота, среди которых было немало греков, а также приезжавшие в Крым военные и гражданские чиновники. В 1794 году обитель подчинили Святейшему Синоду и стали официально именовать Балаклавским Георгиевским монастырем. В 1806 году его сделали базовым для флотских иеромонахов. В тот же день утвердили штат монастыря: настоятель, четыре монаха и тринадцать иеромонахов для флота. Растущий Черноморский флот все больше и больше нуждался в священниках. В 1813 году их число удвоили, а Георгиевский монастырь стали называть флотским. Священники обители и иеромонахи служили в госпитальной церкви в Севастополе, Балаклаве, Карани, Кады-Кое. Корабли Черноморской эскадры, отправляясь в крейсерство и проходя мимо монастыря, салютовали пушечными выстрелами, а монахи провожали их с образами и хоругвями, колокольным звоном и молились о благополучном плавании. Время от времени иеромонахи покидали обитель, чтобы на судах и в далеких гарнизонах доносить до служивых Слово Божие, помогая переносить им тяготы и лишения военных лет.
Несли службу иеромонахи и на Кавказе: во флотских экипажах, на военных судах, в крепостях Сухум-кале и Геленджик, фортах Лазарева, Раевского, Вельяминова, в укреплениях Гагры, Святого Духа, Бомборы, Пицунды, Наваринского, в гарнизонах Шапсухо, Новороссийское и других. Служба на Кавказе для иеромонахов была далеко не безопасна.
Несмотря на тесные связи с Черноморским флотом монастырь не был богатым: маленькая тесная церковь во имя святого Георгия, полуразрушенные кельи, грозящий рухнуть в любую минуту контрфорс, подпиравший склон горы, на террасе которой находились постройки обители. Средств на возведение нового храма монастырь не имел. Тогда монахи обратились за помощью к пастве. Три тысячи рублей пожертвовал адмирал Ф.Ф. Ушаков, по сто рублей севастопольский купец Казн и великий князь Николай Павлович – будущий император Николай І. При подготовке места для храма и расчистке склона горы рабочие наткнулись на засыпанную пещеру – остатки древней пещерной церкви. Только в 1814 году храм святого Георгия принял верующих.
Помимо храма были построены в монастыре братские кельи, фонтан и трапезная. В 1838 году на месте обветшавшей трапезной была построена новая. В июне 1869 года ее обновили. Под зданием проходил источник, оформленный в виде арки (в этом виде трапезная сохранилась до наших дней; ныне ее отремонтировали, приспособив под кельи монахов).
В середине XIX в. был сооружен новый храм. Церковь святого Георгия стала тесна и в большие праздники уже не вмещала богомольцев. Освятили храм Воздвижения Честного Креста в 1850 году. В октябре 1846 года облагородили источник святого Георгия (в том же виде сохранился и доныне). Стена источника выложена серо-зеленым гранитом. Из этого же материала сделан бассейн, в который стекает монастырская водица. Над источником вмонтировано мраморное изображение покровителя монастыря – Георгия Победоносца на коне, поражающего копьем змия.
Монастырь имел свой хутор (в одной версте восточнее обители), лесную дачу и подворья – в Екатеринодаре и Севастополе.
Еще в 1850 году монастырь возвели в первый класс. Для посетителей устроили гостиницу, а для офицеров Черноморского флота – флигеля. Лишь Крымская война и осада Севастополя, во время которой обитель оказалась плененной французами и англичанами, прервала мирную жизнь монахов. В монастырских постройках разместился ряд штабных офицеров союзников. По некоторым данным, обитель приглянулась и Флоренс Найтингейл (первой медсестре), прибывшей из Англии в Балаклаву в начале 1855 года. Через три месяца после заключения Парижского мирного договора, в июне 1856 года, английские суда с войсками вышли из Балаклавской бухты.
В 1890 году отпраздновали 1000-летие обители. На скале Святого Явления, где, согласно легенде, спасшиеся греки обнаружили икону Георгия Победоносца, водрузили каменный крест с изображением святого, поражающего дракона, датами «891—1891» и памятной надписью. В скале вырубили ступени. Стали восстанавливать пещерную церковь во имя Рождества Христова.
В дни празднования у монахов появилась мысль устроить в обители обширный соборный храм в память 1000-летия монастыря и в честь чудесного избавления цесаревича Николая Александровича от опасности в Японии. Но деньги собирали несколько лет, и только в октябре 1898 года Николай II вместе с императрицей Александрой Федоровной заложили первые камни соборного храма. В том же году у Святых ворот соорудили небольшую часовню во имя святого великомученика Георгия.