Строительство монастыря продолжалось. В 1891 году над источником вместо первой деревянной часовни была построена каменная до оконных рам, под железной крышей. В часовне имелись образа Христа Спасителя, Божьей Матери и святых бессребреников Космы и Дамиана. В центре часовни, возвышаясь над полом, располагался небольшой каменный резервуар, в который был заключен источник. Наполняя резервуар, вода стекала в большой деревянный бассейн, находившийся в закрытом помещении и служивший купальней для богомольцев. Купальня разделялась на две половины – мужскую и женскую. В часовне, из самого источника, брали воду для питья.
Космодамиановский монастырь был мужским с 1856 по 1899 год. Преемники отца Макария мало заботились о благоустройстве обители. В монастыре не только не возводились новые постройки, но и не ремонтировались существующие. В июле 1899 года епархиальным начальством был получен указ Святейшего Синода о преобразовании монастыря в женский. Из Топловского Параскевиевского женского монастыря была переведена в Космодамиановский благочинная матушка Варсонофия, назначенная игуменией. Двадцать пять насельниц во главе с ней переселились в бедную обитель у подножия Чатырдага. Монахов же разместили по другим монастырям Таврической епархии, преимущественно в Херсонесский, Балаклавский Георгиевский и Кизилташский.
Космодамиановская церковь и другие постройки были капитально отремонтированы. Для укрепления террасы, на которой стояла большая церковь, была возведена каменная подпорная стена. Были выстроены несколько новых келий, просфорня, хлебопекарня, мастерская, прачечная, амбар с закромами, сенник на 1000 пудов, две гостиницы на двадцать номеров для приезжих. В 1913 году в честь 300-летия царствования дома Романовых была отреставрирована часовня над источником. Увеличился личный состав монашествующих сестер. Всюду соблюдалась безукоризненная чистота, бедным богомольцам пища отпускалась бесплатно. Монахини сами шили церковные облачения, одежду и обувь для сестер. Некоторые учились ткать ковры, вышивать и плести кружева.
Космодамиановский монастырь был очень беден, существуя только на пожертвования богомольцев, на небольшие доходы от подворья монастыря в Симферополе и от хутора «Порывай» в селе Григорьевке Перекопского уезда, в 100 верстах от монастыря. Состоял он из 200 десятин земли. Там же находилась приписная к монастырю каменная церковь во имя Трех Вселенских Святителей. На хуторе были возведены необходимые постройки для живущих и работающих там сестер, приобретено сельскохозяйственное оборудование, устроен артезианский колодец. В 1907 году в Симферополе открылось Космодамиановское подворье, находившееся на полпути от хутора.
В 1923 году монастырь был закрыт. В нем была устроена колония инвалидов имени Калинина, существовавшая до 1924 года, после чего инвалидов перевели в бывший Кизилташский монастырь. Из монахинь же была организована артель. Однако в то же время Косьмодамиановский монастырь со всеми постройками был передан Крымскому заповеднику. Преображенская церковь была использована для устройства клуба Крымзаповедника, в Космодамиановском храме открылся естественно-исторический музей, а в часовне с купальней предполагалось устроить инкубаторий для вывода мальков форели. Во время Великой Отечественной войны были уничтожены царский охотничий домик и все постройки бывшего Космодамиановского монастыря, кроме часовни над источником.
Только в апреле 1994 года Симферопольской и Крымской епархии возвращены территория и постройки монастыря.
Козловский Свято-Троицкий мужской монастырь
В 1627 году на высоком берегу реки Лесной Воронеж по именному указанию царя Михаила Федоровича Романова старцем Иосифом был основан мужской Троицкий монастырь. Обитель старца находилась посреди дубовой рощи на берегу реки, ее противоположный берег называли «ногайской стороной». Монастырю были отведены лесные и сенные угодья. В 1636 году монахи получили благословение на сооружение храма во имя Святой Троицы с приделом в честь Успения Пресвятой Богородицы. Первая церковь была деревянной и небольшой.
Под личной опекой царя находилась Козловская обитель в 1641 году, поскольку находилась на Белгородской засечной черте. Монастырь, расположенный с южной стороны города Козлова, был вынужден принимать на себя тяжесть татарских и калмыцких набегов. Для лучшего обустройства, по грамоте царя Михаила Федоровича, монастырь получил рыбные ловли и бобровые гоны на Лесном Воронеже и место для постройки мельницы, позже – участок земли вдоль берега для просушивания неводов и для причала.