В годы Гражданской войны монастырь поддержал белую армию барона Врангеля. После установления Советской власти в Крыму земли монастыря были национализированы и переданы трудовой артели деревни Инкерман, куда вошли и монахи. С 1920 года все монастырские храмы становятся приходскими. Но денег у общины не хватало, чтобы поддерживать все храмы. В 1925 году Инкерманская община отказалась от пяти церквей, оставив себе пещерный храм во имя святого Климента и домовую Троицкую церковь, но и они просуществовали недолго. В 1926 году Севастопольским райисполкомом было принято решение о закрытии Георгиевского и Инкерманского монастырей. Храмы и церковное имущество перешли в ведение Севастопольского музейного объединения. В 1927 году сильное землетрясение повредило здания собора святого Николая и Благовещенской церкви. В том же году разобрали часовню на могиле воинов, погибших в Инкерманском сражении. В 1928 году закрыли храм иконы «Всех скорбящих Радость». В 1932 году уничтожили собор святого Николая.
Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря разместился штаб 25-й Чапаевской дивизии Приморской армии.
Возрождение Инкерманского Свято-Климентовского монастыря началось в 1991 году. Основные помещения монастыря – пещерные, высечены в западном обрыве Монастырской скалы, на плато которой сохранились руины средневековой крепости Каламита, основанной в VI в. В 1475 году она была захвачена турками и переименована в Инкерман. Отдельные пещерные церкви и отшельнические кельи Инкермана являются наиболее древними среди прочих христианских пещерных сооружений Крыма.
Cвятыни: частица мощей от честной главы священномученика Климента, переданная из Киева; рака со святыми мощами установлена в боковом нефе Свято-Климентовского храма.
Космы и Дамиана мужской монастырь
В Крыму, у подножья Чатырдага по дну ущелья течет ручей, образуемый многочисленными родниками. Главный из них – источник святых бессребреников и чудотворцев Космы и Дамиана. Возможно, что во время преследования христиан в этом ущелье был храм в честь святых Космы и Дамиана. В средневековье христиане Крыма часто возводили церкви в укромных местах вблизи источников. После выселения христиан из Крыма в Приазовье в 1778 году, когда на полуострове опустели более 80 населенных пунктов, храмы были брошены на произвол судьбы, многие разрушены. Есть сведения, что в мариупольской церкви Рождества Богородицы хранилась особо чтимая икона святых Космы и Дамиана, написанная на доске. В Крыму она находилась там, где в середине XIX в. была открыта Космодамиановская киновия.
Братья-близнецы Косма и Дамиан, жившие во второй половине III в. н. э., во время жестоких гонений на христианство, были врачами. За добрые дела и распространение Христовой веры они получили дар чудотворства и часто исцеляли больных людей и животных без лекарств, одной лишь молитвой, делая это всегда бесплатно, отчего и причислены православной церковью к лику святых. Косма и Дамиан были убиты своим учителем-врачом, завидовавшим их славе и искусству, и похоронены убийцей в горах, при источнике. Среди крымских татар существовало верование, что святые были убиты и похоронены немного выше целебного источника, возле двух одинаковых буковых деревьев, похожих друг на друга как братья-близнецы. После омовения в источнике крымские татары всегда поднимались на гору к этим двум деревьям, служившим, по их мнению, надгробным памятником святым.
Случаев чудесного исцеления при Космодамиановском источнике было немало. К нему привозили больных независимо от вероисповедания. В 20-х годах XIX в. на средства графини Софии Потоцкой у источника был построен сарай для богомольцев.
Указом Святейшего Синода от мая 1850 года было разрешено открытие Бахчисарайского скита с киновиями; в том числе и киновии у источника святых Космы и Дамиана. После окончания Крымской войны, в 1856 году из Бахчисарайского Успенского скита был направлен первый строитель киновии иеромонах Макарий, возведенный впоследствии в сан игумена. Началось сооружение малой деревянной церкви. Многие жители Симферополя помогали своими пожертвованиями. Через год церковь была уже готова к освящению. Впоследствии первая монастырская церковь была разобрана, а на ее месте в 1869 году на средства доброхотных жертвователей была построена новая, также во имя святых бессребреников. Среди икон Космодамиановской церкви была особая святыня – храмовая икона святых Космы и Дамиана с частицами их мощей. Сами мощи братьев-бессребреников хранятся в Риме, в церкви, освященной в их честь.
В 1874 году на средства добровольных жертвователей была построена вторая монастырская церковь во имя Преображения Господня, деревянная, теплая, с двухъярусным иконостасом.