И в знак этого по восстановлении государственности в России здесь принимает иноческий постриг сестра одного из руководителей освободительного движения – Козьмы Минина, впоследствии прославившаяся в народе как старица София.
Во время французского нашествия монастырь был вновь сожжен, но с помощью благочестивых мирян полностью восстановлен. Большую роль в восстановлении монастыря сыграл святитель Филарет Московский.
В 1696 году на средства Андрея Римского-Корсакова, вельможи Петра I, был построен надвратный храм Спаса Нерукотворного Образа. В 1766 году был построен храм во имя иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» над могилами основательниц монастыря игумении Иулиании и монахини Евпраксии.
В 1804–1807 годы на месте древних храмов был возведен Рождественский собор с приделами Зачатия праведной Анны, великомученика Феодора Стратилата, святителя Алексия, митрополита Московского и Казанской иконы Божией Матери. В обители была бо гадельня для престарелых инокинь, руко дельная мастерская. В середине XIX в. для богадельни было выстроено каменное зда ние с храмом Сошествия Святого Духа.
Для прохождения иноческого подвига в Обитель удаляются многие представительницы знатных семей. Здесь была устроена богадельня для престарелых монахинь и приют для девочек-сирот. Особо почиталась в монастыре икона Божией Матери «Милостивая», прославившаяся в народе обилием чудес.
Монастырь был закрыт в 1927 году. Некоторые иконы были перенесены в храм пророка Илии Обыденного. В Зачатьевском монастыре 16 марта 1925 года отслужил свою последнюю литургию святитель Тихон, Патриарх Московский и всея Руси, умерший девятью днями позже.
В 1930-е годы Рождественский собор, колокольня и храм во имя иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» были разрушены до основания, Духосошественская церковь была полностью перестроена, монастырские стены были частично разрушены. Надвратная церковь, выстроенная в стиле московского барокко, была объявлена архитектурным памятником и отреставрирована в 1960-е годы.
В 1991 году сестринством во имя «Милостивой» иконы Божией Матери были начаты труды по возрождению монастыря. По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия и решением Священного Синода от 5 мая 1995 года возобновлена древнейшая женская обитель. 25 ноября 1999 года совершается торжественное перенесение чудотворного образа «Милостивой» иконы Божией Матери в Зачатьевский монастырь.
Два года спустя произошло еще одно долгожданное событие: 16 мая 2001 года состоялось прославление в лике святых основательниц Зачатьевского Ставропигиального женского монастыря игумении Иулиании и монахини Евпраксии – верных помощниц Небесной Игумении в деле управления древней обителью.
Святыни, находящиеся в монастыре. Икона Божией Матери «Милостивая»; крест-распятие с частицами Крови Христовой, Животворящего Древа Креста и Гроба Господня, икона великомученика Георгия Победоносца, великомученика Пантелеимона с частицей мощей; икона Зачатия святой праведной Анны, мощевик с частицами святых мощей новомучеников и исповедников Российских. Особо почитается место погребения основательниц монастыря игумении Иулиании и монахини Евпраксии.
Возрождаются благочестивые традиции монашеской жизни. Восстановлены два храма: Спаса Нерукотворного и Зачатия святой праведной Анны, подходит к концу реставрация храма Сошествия Святаго Духа, открыта богадельня для престарелых монахинь, работает пошивочная мастерская, создается библиотека.
Покровский ставропигиальный женский монастырь
Царский Покровский монастырь был основан в пяти верстах от города царем Михаилом Федоровичем. В 1635 году он пожаловал на его на строительство обители 17 четвертей земли, владение которой было закреплено грамотой. Тогда монастырь назывался «Покрова на убогих домах». Однако шли годы, и только через двадцать лет по указу царя Алексея Михайловича монастырь был построен на его средства, снабжен церковной утварью и всем необходимым. По указу царя Алексея Михайловича Романова монастырь был построен «на комнатную его сумму и снабжен церковными утварями и др. потребностями».
По сохранившемуся до наших дней преданию побуждением для основания этого монастыря послужили следующие обстоятельства. Прежде всего, это память о преставлении отца царя Михаила Федоровича патриарха Филарета, скончавшегося в праздник Покрова. Кроме того, строительством нового монастыря как бы восстанавливался древний Покровский монастырь, бывший в Москве еще при Иване III и полностью уничтоженный пожаром.