Сын Мехмеда II Баязид II (правил в 1481–1512 годах) имел незаслуженную репутацию слабого и нерешительного султана. Однако последние исследования доказывают, что этот взгляд ошибочен. Он не был завоевателем по характеру и знал об этом; во всех своих начинаниях он предпочитал и практиковал осторожный расчет. В переходе от старого османского государства к будущей многонациональной ближневосточной империи его правление дало передышку для консолидации. Хотя его благочестие граничило с воинствующим фанатизмом, он имел искренние духовные наклонности и ненавидел войну. Правда, он мог нанести сильный удар, если возникал вопрос о защите своего положения или уничтожения еретиков. Баязид II был всегда готов действовать исподтишка, прибегая к отравлениям и убийствам из-за угла. В целом он мало чем отличался от других правителей, его современников, на Востоке и на Западе. Сначала ему пришлось вести долгую гражданскую войну в защиту трона от претендента — своего младшего сводного брата Джема, который взялся за оружие, когда Баязид отказался разделить империю с ним. Не сумев собрать достаточного числа сторонников, Джем бежал в Египет, а затем, после неудачного набега на Малую Азию, на Родос. На его долю выпали весьма необычные приключения. Христианские державы Запада желали использовать его как инструмент давления на султана, поскольку у него были сторонники внутри Османской империи. Но рыцари Святого Иоанна, заключившие мир с Баязидом, не пожелали участвовать в его планах. Они отправили его во Францию и там держали в изоляции в разных местах. Периодически становилось известно о планах его похищения, и его постоянное присутствие на сцене стоило султану многих бессонных ночей. Через семь лет он был переведен в папскую тюрьму в Риме, где его захватил в 1495 году французский король Карл VIII. Месяцем позже он умер, предположительно отравленный по требованию Баязида папой Александром VI (бывшим кардиналом Родриго Борджиа). Помимо обычных набегов на христианские территории первое военное выступление Османской империи было направлено против Польши, экспансия которой к Черному морю вызвала озабоченность в Стамбуле. Османская армия отправилась в Молдавию летом 1484 года, и были захвачены важные гавани Килия и Аккерман (Белгород-Днестровский) в устьях Дуная и Днестра. В следующем году Баязид оказался втянутым в войну с другим врагом — мамлюками Египта и Сирии, которые утверждали, что являются верховной властью на мусульманском Ближнем Востоке, и считали османскую династию выскочками. Эта война, которая возникла вокруг проблем из-за буферных государств Киликии и Эльбистана, продолжалась с 1485 по 1491 год и не принесла выгоды османам, которые из-за поражения 1488 года лишились Аданы и Тарса. Военные столкновения в Европе продолжались, как обычно, за северными и западными границами. Австрийские провинции Карниола, Каринтия и Штирия часто страдали от разрушительных набегов османских
Баязид поддерживал искусство и литературу в лучших традициях царского покровительства. Османская поэзия на этом этапе находилась под влиянием трудов Джами (1414–1492), персидского поэта и ученого суфия из Герата, с которым Баязид вел активную переписку. Среди множества зданий, возведенных по его приказу, самым примечательным является мечеть в Стамбуле. Она построена в персидском стиле и богато, но со вкусом украшена.