Саморин освободил португальских заложников и вернул часть товаров, взяв остальные, по-видимому, в счет пошлины. В свою очередь Васко да Гама освободил индийских воинов, но оставил у себя на борту пять других заложников. Посланцам саморина было заявлено, что заложники будут сопровождать индийские товары, закупленные Васко да Гамой. Эти товары, по словам португальцев, следовало бы передать королю Мануэлу вместе с сопроводительным письмом саморина. Так как письма не было, Васко да Гама оказался вынужден взять с собой пятерых индийцев, чтобы они лично поднесли Мануэлу товары, приобретенные в их стране.[83]
Флотилия покинула Каликут 30 августа 1498 г., направившись вдоль побережья на север. Было решено перед переходом к берегам Африки отремонтировать корабли на островах Анджидив, в 40 милях к югу от Гоа. Васко да Гама посчитал, что непосредственно на побережье Индии ему не дадут сделать это спокойно. Но на примыкавших к материку небольших островах он мог чувствовать себя в относительной безопасности. Там было легче обороняться, а от соседей-гоанцев можно было получить продовольствие и т. д.
Через три недели после выхода из Каликута Васко да Гама прибыл к Анджидив и занялся ремонтом, вытаскивая на сушу поочередно «Св. Рафаила» и «Берриу». Были установлены мирные отношения с индийцами из близлежащих селений, с их помощью были дополнены запасы топлива, съестных припасов и воды. В то же время капитан-мор, будучи настороже, не раз выпроваживал с островов тех, кого подозревал как лазутчиков. Однажды, когда к нему привели неизвестного, назвавшегося венецианцем, Васко да Гама велел его пороть. Под плетью тот признался, что был польским евреем, состоял на службе у гоанцев и был послан на разведку. Признания были приняты на веру, еврей остался с португальцами и в дальнейшем был доставлен в Европу. В Лиссабоне его крестили, но он там не прижился. Возможно, узнав, что инквизиция косо смотрит на новообращенных христиан, еврей из Гоа предпочел вернуться в Индию с экспедицией П.А. Кабрала, посланной по пути, который открыл капитан-мор.
К флотилии Васко да Гамы, стоявшей у Анджидив, дважды приближались индийские корабли. Можно было предположить, что они намерены воспользоваться тем, что португальцы были отвлечены ремонтными работами. В одном случае, по мнению Белью, корабли были пиратскими (Корреа писал, что это были гоанцы). В другом случае, как сообщили Васко да Гаме местные жители, речь шла об эскадре Каликута. Оба раза капитан-мор не был застигнут врасплох. Корабли из Каликута были отогнаны огнем бомбард. Один из них, лавируя, потерял рулевое весло и был брошен командой. Капитан этого корабля потом предлагал португальцам вернуть его за выкуп; но было поздно, так как Васко да Гама сжег свой трофей. Что касается пиратов, то они подобрались к стоянке португальцев ночью и, не решившись нападать в темноте, улеглись спать. Подход их судов был замечен. На рассвете, прежде чем они опомнились, на их палубы полетели горшки с подожженным порохом. Многих пиратов перебили; часть оставшихся в живых Васко да Гама загнал в трюмы своих кораблей, где их заставили выкачивать насосами воду. Из этих пленных уцелели немногие. На обратном пути в Европу португальские моряки испытывали всевозможные лишения, и Васко Да Гаме было не до пленных, откачивавших воду, которая сочилась через прогнившие днища.
В начале октября 1498 г., закончив ремонт, Васко да Гама не стал откладывать отплытие к берегам Африки. Был избран маршрут, приблизительно совпадавший с тем, по которому корабли пришли к Индии, т. е. был взят курс на юго-запад, к экватору. Но ветер, который раньше, на пути в Индию, был попутным, теперь стал встречным. Не исключено, что на решение о безотлагательном отплытии на юго-запад, без лоцмана, повлияла угроза столкнуться с турецкими морскими силами, которые могли подойти с севера, со стороны Аравийского моря, по призыву каликутских арабов. Васко да Гама мог предположить, что режим ветров в Индийском океане к югу от Гоа аналогичен тому, что он наблюдал в Атлантике в тех же широтах, где в это время года северные ветры дуют до экватора. В действительности аналогии не было, и за 10° с.ш. (за южной оконечностью Индии) капитан-мора ждали встречные воздушные потоки.
На полпути между Индией и Африкой из-за неблагоприятных ветров и штилей экспедиция простояла почти два месяца. До этого за все время путешествия Васко да Гама потерял 30 человек; столько же было потеряно теперь. Из текста Велью трудно понять, как вели себя моряки, пухшие от цинги, но Каштаньеда писал, что капитан-мору вновь, как у мыса Доброй Надежды, пришлось заковать в кандалы недовольных. Кормчие советовали вернуться в Индию. Васко да Гама уже собирался так поступить, когда поднялся ветер с востока. С горсткой людей, еще державшихся на ногах — по семь—восемь человек на каждом корабле, — Васко да Гама вышел в январе 1499 г. к побережью Сомали, близ Могадишо.[84]