Надо было проявить осторожность, чтобы без новых потерь пройти вдоль африканских берегов. У капитан-мора на борту было полно больных, нуждавшихся в свежих продуктах, и все же он не стал останавливаться у незнакомого ему Могадишо. Через несколько дней в районе Пате, когда к экспедиции подошел какой-то корабль в сопровождении лодок, его отогнали артиллерийским огнем. 7 января, завидев единственное дружественное поселение, Малинди, Васко да Гама вошел в порт и бросил якоря. На корабли немедленно доставили фрукты, свежую баранину и птицу, но было уже поздно, и многих больных спасти не удалось.
Ввиду уменьшения команды было решено распределить всех моряков по двум кораблям, а третий, «Св. Рафаил», уничтожить. Его сожгли в середине февраля, после ухода из Малинди, в районе Килвы. Васко да Гама снял с него носовое украшение; оно в XIX в. еще хранилось в лиссабонской церкви Богородицы Вифлеемской. Оставшийся путь вдоль Восточной Африки был пройден без приключений с помощью двух кормчих, которых дал правитель Малинди. Несколько раз останавливались, запасались водой и продовольствием подальше от арабских поселений. 20 марта 1499 г. прошли мыс Доброй Надежды.
О последних месяцах путешествия, уже в Атлантическом океане, мало что известно. Текст Велью обрывается на том, что при попутном ветре капитан-мор вышел к Верхней Гвинее. 25 апреля он был в районе отмелей у о-вов Бижагош (будущая португальская Гвинея). Таким образом, экспедиция за месяц прошла в меридианальном направлении столько же, сколько на пути в Индию за три месяца. У Бижагош в бурю корабли потеряли друг друга из виду. Коэлью на «Берриу» в начале июля достиг Лиссабона, а Васко да Гама на «Св. Гаврииле», который вновь нуждался в починке, направился в о-вам Зеленого Мыса. Он не стал продолжать путь на «Св. Гаврииле», опасаясь, по-видимому, что такое путешествие будет не по силам его брату Паулу, который тяжело занемог.
Полагаться на то, что «Св. Гавриил» быстро дойдет до Португалии, было трудно. У гвинейского побережья пришлось бороться со встречными ветрами, идти, меняя галсы. При маневрах усиливалась течь в трюме, и команда тратила много сил, работая на помпе. Капитан-мор должен был испытывать трудности с продовольствием, так как от мыса Доброй Надежды до Бижагош не было сделано ни одной стоянки. И, конечно, Васко да Гама надеялся, что, задержавшись на островах Северной Атлантики, он получит свежие продукты, необходимые Паулу. Поэтому «Св. Гавриил» был передан под командование Ж. да Са — офицера, который за год до этого в каликутском храме сказал, что готов молиться Богу в присутствии индийских дьяволов. В августе да Са пришел в Лиссабон. Сам Васко да Гама высадился на о-вах Зеленого Мыса, где нанял каравеллу, которая доставила его и больного брата на Азорские о-ва. Паулу умер и был похоронен там же, на о. Терсейра. Васко да Гама в августе или середине сентября 1499 г. вернулся в Португалию.
Из экспедиции, длившейся два года и два месяца, прибыли два полуразбитых корабля. Они доставили на родину 55 членов экипажа, т. е. менее половины тех, кто ушел в далекое плавание. Матери и вдовы погибших получили пособия, из которых, наверное, немало было потрачено на заупокойные службы в бедных приходах, а по всей Португалии по повелению короля Мануэла были устроены торжественные шествия в честь благополучного возвращения капитан-мора. Привезенные из Индии пленники были крещены и взяты в услужение королем и Васко да Гамой. Двух арабских кормчих из Малинди, которых капитан-мор обещал вскоре отправить в обратный путь, возили по стране. По словам Корреа, им показали «все Достопримечательности Португалии, особенно короля, королеву с ее дамами в праздничные дни и на вечернем приеме, обед у короля, бой быков, церкви и роскошные дворцы, монастырь Баталья».[85]