Для поощрения офицеров Карл, по просьбе Магеллана, обещал им после возвращения домой дворянские титулы. Магеллан и Фалеру назначались капитан-генералами с последующим присвоением званий адмиралов. В июле 1518 г. на королевском совете Карл посвятил их в командоры ордена Сантъягу (по-испански Сантьяго). Орден имел двух магистров, испанского и португальского, а потому производство в рыцари и командоры одного и того же ордена могло состояться в обеих странах Пиренейского полуострова.
Экспедицию несколько раз откладывали из-за затянувшегося ремонта кораблей, недобора моряков и т. п. Фактически всему была одна причина: нехватка денег. В общей сложности было потрачено 8,75 млн мараведи, т. е. около 22 тыс. дукатов (в дукате обычно выло 3,49 г золота высокой пробы). Карл дал трижды по 5 и более тысяч, используя, прежде всего, вест-индские доходы. Через 25 лет знаменитые аугсбургские банкиры и коммерсанты Фуггеры попытались взыскать с испанской казны 5,5 тыс. дукатов, переданных, по их утверждению, Карлу на экспедицию Магеллана. Испанский суд отверг иск, основываясь на протесте представителей Совета по делам Индии, в том числе Фонсеки, который все еще был жив. Совет, по-видимому, имел основания для протеста, а Фуггеры просто желали вернуть деньги, ссуженные Карлу и его двору без определенного назначения.[106] Одно дело было тратиться на Магеллана, который приобрел для Испании новые владения, другое — покрывать расходы Карла, добивавшегося германской имперской короны, подкупая курфюрстов на деньги Фуггеров.
Экспедиция Магеллана в какой-то мере финансировалась из частных источников, но вряд ли это были деньги Фуггеров. Финансовую помощь Карлу оказал антверпенский дом де Аро. Созданный выходцами из Испании, этот дом имел филиал в Лиссабоне, где неплохо заработал на пряностях. Однако торговля с Индией, куда Аро слали свои корабли, обернулась убытками, когда португальские пираты потопили семь их кораблей из 16. Лиссабон отвечал по контрактам за гибель кораблей, но Аро тщетно взывали то к португальской юстиции, то к совести Мануэла. В 1518 г. Кристо-баль де Аро, представитель дома в Лиссабоне, был приглашен для консультаций к испанскому двору. Там ему дали понять, что вряд ли стоит искать недоступную правду у Мануэла, когда Испания отправляет на Молукки Магеллана. Будущие доходы от молуккских пряностей могли с лихвой окупить потопленные корабли, стоило Аро войти в дело и помочь финансированию Магеллана.
В середине 1518 г. слухи о том, что Аро помогают экспедиции на Молукки, достигли Лиссабона. К этому времени Мануэл понял, куда его завел конфликт со своим бывшим придворным из-за полдуката месячной мурадии. Гнев короля обрушился на Аро, имевших имущество в Лиссабоне. Скорее всего Мануэлу, конфисковавшему это имущество, досталось немногое в сравнении со средствами, вложенными торговым домом в Испании. Аро сделали ставку на поиски путей к Молуккам в западном направлении и стали финансировать, помимо Магеллана, еще одну испанскую экспедицию: через Панамский перешеек в Тихий океан.
По сведениям историков XVI в., Мануэл обсудил на королевском совете линию поведения в отношении Магеллана. Члены совета сошлись на том, что экспедиции следовало чинить препятствия. Но как? Было отвергнуто предложение переманить капитан-генерала в Лиссабон, пообещав ему пенсию. Это было опасно, так как подрывался престиж Португалии и возникал повод для других участников войн в Индии добиваться привилегий. Не получило поддержки предложение убить Магеллана, способное бросить тень на Португалию. К тому же Испания могла отправить экспедицию на Молукки и без Магеллана. Оставалось прибегнуть к интригам, чтобы очернить мореплавателя и, может быть, заставить его самого отказаться от своего проекта.
Сохранилось письмо, адресованное Мануэлу португальским послом в Испании, о мерах, которые он принимал, чтобы помешать экспедиции на Молукки. Посол постоянно находился при дворе Карла, поскольку готовилась свадьба Мануэла (после смерти двух первых жен) на сестре испанского короля. В беседе с Карлом, как доносил посол в сентябре 1518 г., он сказал, что в Кастилии хватает своих людей для заморских путешествий, а потому незачем брать на службу вассалов другого короля, своего друга. Карл рекомендовал послу побеседовать с кардиналом Утрехтским; эта беседа состоялась, но ничего не дала. Послу было сказано, что, во-первых, Магеллан намерен отправиться за пределы португальской зоны влияния, и, во-вторых, на испанскую службу переходили всего двое бывших вассалов Мануэла (Магеллан и Фалеру), тогда как сама Португалия набирала на свой флот немало кастильцев.