На вооружении кораблей были в общей сложности семь десятков бомбард разного типа, десяток фальконетов (бивших свинцовыми ядрами), полсотни аркебуз, латы на сотню солдат, луки и стрелы, ракеты, зажигательные снаряды. Каждый капитан был снабжен пергаментными картами, парой компасов с запасными иглами, астролябией, несколькими квадрантами, песочными часами. Помимо всевозможных припасов были взяты товары для обмена в заморских странах: носильное платье, металлические изделия, женские украшения, колокольчики (их в Юго-Восточной Азии считали стимулом в любовных наслаждениях), ртуть для лечения сифилиса.
Корабли снаряжались под контролем Каса де контратасьон. Были установлены штаты: 235 человек, хотя фактически в экспедицию ушли не менее 280. Магеллан и его спутники получали из казны жалование. Капитан-генералу причиталось ежегодно 50 тыс. мараведи и ежемесячно — по 8 тыс. в течение плавания. Главным интендантом флотилии стал один из капитанов, X. де Картахена; после отказа Фалеру от участия в экспедиции Картахена стал «конхунта персона», т. е. лицом, руководящим флотилией совместно с Магелланом. Матросы получали невысокую плату (по 1200 мараведи в месяц), маэстрес — в 2,5 раза больше. Недостаток жалования в какой-то мере возмещало разрешение привезти из плавания беспошлинно колониальные товары; их вес устанавливался для матросов в несколько десятков фунтов, для капитанов — в тысячи фунтов.
Позднее, перед отъездом, капитан-генерал получил стандартные инструкции по судоходству, дополненные своего рода моральным кодексом моряков. Инструкции включали правила сигнализации, загрузки кораблей, смены вахт и т. п. Вряд ли они обсуждались моряками с таким же интересом, как нормы поведения, которых надлежало придерживаться. Капитанам вменялось в обязанность следить за всем, и на суше, и на море. В дальних странах на стоянках следовало обратить внимание на поддержание добрых отношений с туземными властями, на то, чтобы моряки не оскорбляли женщин, и тем более не чинили над ними насилия. На море надо было обращаться с моряками с мягкостью («аморосаменте»), не допускать притеснений, в частности со стороны врачей, склонных вымогать взятки за лечение. Матросам возбранялось сквернословить и, конечно, играть в азартные игры, «из-за которых все чаще случаются неприятности, происходят скандалы, наносятся оскорбления». В своих письмах они могли жаловаться на что угодно, и капитанам нельзя было этому мешать. К врагам христианства снисхождения не допускалось. Встретив на море мусульман, следовало отнять у них все, что можно, а на суше — продать их всех в рабство.[109]
Набор офицеров и матросов в экспедицию затягивался, найти опытных людей было нелегко. Объяснялось это невысоким жалованием, нежеланием многих моряков отправляться в неведомые края, за пределы Вест-Индии, туда, где была угроза столкновений и с коренным населением, и с португальцами, обосновавшимися на подступах к Молуккам. Часть маэстрес была зачислена в штат лишь после того, как король предложил Каса де контратасьон оказать на них давление, напомнить, что их карьера зависела от государства.
Давали о себе знать антипортугальские настроения, особенно среди офицеров. В упомянутом донесении Алвариша говорилось, что у Магеллана возникли острые разногласия с Картахеной и К. Де Аро. Магеллан не желал медлить с комплектованием экспедиции, но он был связан по рукам и ногам низкими ставками жалования, не устраивавшими испанских моряков. Картахене и Аро, в свою очередь, хотелось набрать побольше испанцев, людей, на которых именно они могли бы положиться. К тому же подчинение иностранцу, Магеллану, было для Картахены препятствием в собственной карьере. Среди офицеров шли разговоры о том, что капитан-генерал, в отличие от руководителей других экспедиций, им не доверяет, скрывает точный маршрут, по которому пойдут корабли. Открой Магеллан этот маршрут, он сыграл бы на руку таким людям, как Алвариш, умевшим добывать информацию (в своем донесении Алвариш писал, что имел двух осведомителей, в доме Аро и в самой экспедиции). Намного вырос бы риск встретить на пути к Молуккам португальские эскадры, готовые помериться силами с испанцами.
Противостояние испанских офицеров Магеллану принимало характер вражды, которую Картахена, по-видимому, не очень скрывал. На совещании с капитан-генералом он и Аро набрались, мягко говоря, смелости заявить португальцу Магеллану, что не станут платить португальским морякам жалование, поскольку их «так много». Всего, по сведениям Алвариша, к тому времени было набрано 15 португальцев, не считая слуг. Был послан запрос королю, который ответил, что хватит и пяти португальцев.