В 1952 году в Михайловке разрешили открыть молитвенный дом. В нем разрешалось выполнять только требы: крестить, венчать, отпевать покойников, собираться читать молитвы, исповедовать.
Одна верующая мордовка освободила и подарила преподобному Севастиану свой дом с большим двором. Еще одна верующая семья освободила неподалеку от дома мордовки свой большой дом для нужд батюшки, тоже с большим двором, а сами они переехали в меньший дом, который купили себе рядом.
В доме сняли перегородки между комнатами, матушка Агния стала писать большие иконы для иконостаса. Теперь могло обращаться к преподобному Севастиану за требами уже гораздо большее число людей. Особенно много было ежедневно крестин. Многие дети уже подросли, всех их вели крестить. Немало было и других треб, а преподобный Севастиан один, помогали ему только монахини. А главное — службы церковные не разрешались, и после утомительного дня, после молитв в своей келье каждую ночь в три часа шел преподобный Севастиан по темным улицам (фонарей было мало) не в молитвенный дом, а в другой — служить литургию.
По праздникам сначала служил всенощную с елеопомазанием, с часу ночи, а после нее сразу литургию. Окна все были плотно завешены, чтобы свет не пробивался. Внутри же дома — светло, тепло, многолюдно. Светлый любящий батюшка давал кому-нибудь булочку, яблочко или пачку печенья, хотел чем-то утешить, обласкать, помочь. Кончалась служба до рассвета, и шли люди по темным улицам домой, только не группами, а по одному, по два. Так было три года и все было благополучно.
Наконец разрешили открыть в Михайловке церковь. Молитвенный дом перестроили, на крыше поставили голубой купол.
В 1955 году наступил день освящения храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Священников преподобный Севастиан подбирал сам. Сначала приглядывается к кому-нибудь из прихожан, потом позовет к себе и говорит: «А вам надо быть священником». Так было с Александром Павловичем Кривоносовым, ученым-агрономом, занимавшим хороший пост по агрономному хозяйству при облисполкоме. Сам же преподобный Севастиан благословил его за несколько времени до того взять на себя эту работу. Он испугался, не хотелось ему менять очень любимой профессии агронома (он окончил Московскую Тимирязевскую академию). Пришел он домой, долго думал, не спал и плакал. Но ослушаться не посмел. Пришел к отцу Севастиану и сказал: «Благословите, батюшка, я согласен». — «Ну, вот и хорошо, пока подучивайтесь, а потом поедете в Алма-Ату принимать посвящение».
Так было и с Серафимом Николаевичем Труфановым, экономистом по специальности, тоже одиноким, как и Александр Павлович. Он принял сан давно, по желанию своего отца, священника, но не служил, а работал экономистом. Они оба долго служили с отцом Севастианом.
Потом батюшка послал в Алма-Ату для рукоположения бывшего церковного старосту. Отец Павел стал третьим священником, а батюшка был назначен настоятелем храма и был четвертым. Диаконом тоже был ставленник батюшки — отец Николай Самарцев.
Прослужил отец Севастиан настоятелем храма одиннадцать лет, с 1955-го по 1966 год, до дня своей смерти. В 1957 году он был возведен в сан архимандрита, был награжден патриархом Алексием грамотой — «За усердное служение святой Церкви». А в конце 1965 года, ко дню именин, был награжден митрой и посохом. Перед смертью, за три дня, отец Севастиан был пострижен в схиму.
Церковные службы были для него не только долгом, но неотъемлемым условием его внутренней жизни. Он не пропускал ни одной службы, не допускал ни одного пропуска или сокращения, или ускорения. Преодолевая тяжелые болезни, он часто сам служил литургию и выполнял требы. Особенно любил он, по унаследованному монастырскому обычаю, заупокойные службы и ежедневно сам усердно служил панихиды, совершал отпевания до конца жизни. Говорил, что больше любит поминать и отпевать женщин потому, что на женщинах гораздо меньше грехов. Ему были видны все грехи усопшего.
«Золотая середина нужна во всем и умеренность. А в отношении служения Богу и своего спасения постоянство нужно, — говорил он, — оно — главное, а не спешка, не чрезмерность». И опять повторял: «Тише едешь — дальше будешь». Как-то отцу Севастиану сказали об одной женщине, что она стала очень много молиться. Он сказал: «Зачем, не надо, может замолиться». «Господь не попускает страданий сверх наших сил, потому что надо все терпеть, — говорил он, — а вот гордость страшнее всего. Она — бесовское свойство».
Особенно он благоговел перед праздниками (и любил иконы к этим праздникам) Пресвятой Троицы и Вознесения, как завершением искупительного дела.
Много положил труда отец Севастиан на воспитание паствы. Говорили, что добрая половина Михайловки как бы негласный монастырь в миру.