6-8 сентября 1905 года в Токио прошли антихристианские погромы, православная миссия чудом не пострадала. Несмотря на угрозы, епископ остался в Японии, продолжал совершать богослужения, поддерживал православных японцев, заботился о русских военнопленных. Переживал военные неудачи России; свои печали и горечь поверял дневнику.
«Бьют нас японцы, ненавидят нас все народы, Господь Бог, по-видимому, гнев Свой изливает на нас. Да и как иначе? За что бы нас любить и жаловать? Дворянство наше веками развращалось крепостным правом и сделалось развратным до мозга костей. Простой народ веками угнетался тем же крепостным состоянием и сделался невежествен и груб до последней степени; на всех степенях служения – поголовное самое бессовестное казнокрадство везде, где только можно украсть. Верхний класс – коллекция обезьян – подражателей и обожателей то Франции, то Англии, то Германии; духовенство, гнетомое бедностью, еле содержит катехизис, – до развития ли ему христианских идеалов и освещения ими себя и других?..» (18 июня 1904 года).
И шел успокаиваться от горьких мыслей в парк Уэно, что неподалеку от миссии. Там имел одну излюбленную тропинку, прогуливался по ней, позволяя себе выкурить сигарету. Тогда курение среди духовенства считалось позволительным.
В мирное время из-под ног волнами разлетались голуби-сизари, аборигенные обитатели парка. Милостыньку выпрашивали, подкармливал их. Теперь же, в военные дни, голубей и не видать. Одни вороны, «карасу» по-японски, с ветвей голоса подают. Духота. В просветах между стволами безразлично поблескивает пруд, украшенный цветущими лотосами. Краснеет над ним кумирня буддийская. Плавают японские карпы, священная по местным понятиям рыба.
Глядит на них епископ, а сам о других рыбах думает, мысленных. Да, гнетомо православное духовенство бедностью, но разве были его богаче первые ученики Христовы, апостолы? Нет, не в бедности и не в богатстве тут дело. Пора, как он писал еще четверть века до того, пора церкви «выйти из страдательного положения». Необходимо миссионерство, широкое миссионерство в самой России и за границами ее. Только тогда «православный невод будет втаскивать немало рыбы…»
Только возродив миссионерский пыл первых апостолов, извлечет церковь эту мрежу, сеть эту, с блестящими на солнце рыбинами. Тяжко будет приучаться им пользоваться воздухом вместо привычной мутной воды и обучаться слову взамен привычной немоты своей.
Так писал он и думал четверть века назад. Ничего почти не сдвинулось, одни социалисты и протестанты оживились, а церковь в том же «страдательном положении». А тут еще эта бессмысленная война, рассорившая Россию с полмиром. «Бьют нас японцы, ненавидят нас все народы, Господь Бог, по-видимому, гнев Свой изливает на нас…»
Тяжелые вести шли с фронта. В начале июня русская армия отступила в бою при Вафангоу. А тут еще 16 июня на Москву обрушился смерч невиданной прежде силы.
«…Пожелтело небо, – писал Владимир Гиляровский, – налетели бронзовые тучи, мелкий дождь сменился крупным градом, тучи стали черными, они задевали колокольни. Наступивший мрак сменился сразу зловеще желтым цветом… Над Сокольниками спустилась черная туча – она росла снизу, а сверху над ней опускалась такая же другая. Вдруг все закрутилось… среди зигзагов молний вспыхивали желтые огни, и багрово-желтый огненный столб крутился посередине. Через минуту этот ужас оглушающе промчался, руша все на своем пути. Неслись крыши, доски, звонили колокола; срывало кресты и купола, вырывало с корнем деревья».
Многим это было принято как мрачное предостережение.
«И при всем том, – продолжал дневниковую запись епископ Николай, – мы – самого высокого мнения о себе: мы только истинные христиане, у нас только настоящее просвещение, а там – мрак и гнилость; а сильны мы так, что шапками всех забросаем… Нет, недаром нынешние бедствия обрушиваются на Россию, – сама она привлекла их на себя. Только сотвори, Господи Боже, чтобы это было наказующим жезлом Любви Твоей! Не дай, Господи, вконец расстроиться моему бедному Отечеству! Пощади и сохрани его!»