Корсарские суда, несмотря на свои малые размеры и слабую артиллерию, наносили значительный вред неприятелю. Нападая на суда, идущие в Константинополь, корсары значительно затрудняли доставку в столицу съестных припасов и заставляли население чувствовать тяжесть войны. Они разоряли прибрежные селения, и один раз Ламбро Качони взял даже маленькую крепость Кастель-Россо.
Турки вынуждены были для борьбы с корсарами выделить эскадру из 3 линейных кораблей, 8 фрегатов и 6 малых судов. Захватывая и истребляя купеческие суда, корсары при удобном случае решались вступать в бой даже с военными турецкими судами — так, например, эскадра Гильгельмо, состоявшая из 9 судов, между островами Зео и Сира вступила в сражение с неприятельским отрядом (из 3 линейных кораблей, 2 полугалер и 5 кирлангичей) и принудила турок к отступлению. Вообще корсарские суда часто «тревожили» неприятеля, действуя на его торговых коммуникациях в Архипелаге.
Разоряя прибрежные селения, они заставляли турецкое правительство для охраны своих берегов держать значительные отряды сухопутных войск и военных судов, чем отвлекали их от Дуная и Черного моря.
В 1789 г командиром Черноморского флота и портов был назначен контр-адмирал М.И. Войнович, а командующим Севастопольской эскадрой — Ф.Ф. Ушаков, произведенный в апреле в контр-адмиралы.
Адмирал Ф.Ф. Ушаков
Ранней весной 1789 г. из Севастополя к берегам Румелии вышел крейсерский отряд из 18 легких судов с десантом. Действуя вблизи Аккермана и в районе устьев Дуная, отряд захватил и сжег 4 турецких грузовых и 2 мелких военных судна. 21 апреля отряд высадил десант в Кюстендже (Констанца), который в течение четырех часов сжег несколько домов, складов с зерном, 15 мельниц. Захватив две пушки, десант вернулся на суда.
Турецкий флот в составе 17 линейных кораблей, 10 фрегатов и 13 малых судов 12 июля подошел к Очакову и встал на якорь между Гаджибеем и о. Березанью у входа в Днепровский лиман, чтобы не допустить выхода из Херсона вновь построенных кораблей.
Появление Севастопольской эскадры в конце сентября в районе Тендры и Гаджибея заставило турок удалиться в море и дало возможность М.И. Войновичу перейти из лимана в Севастополь с эскадрой из четырех вновь построенных кораблей, двух фрегатов, одного бомбардирского и нескольких мелких судов. Этой же осенью из Таганрога приведены в Севастополь два новых корабля, и контр-адмирал М.И. Войнович докладывал Г.А. Потемкину:
8 октября эскадра в составе 9 линейных кораблей и нескольких крейсерских судов вышла в море к румелийским берегам на поиск турецкого флота. После трехнедельного крейсерства перед устьями Дуная, не встретив противника, флот 4 ноября вернулся в Севастополь.
В 1789 году Черноморский флот не имел крупных столкновений с противником, активно действовали лишь каперские отряды в Черном и Средиземном морях.
В продолжение всей кампании для содействия сухопутным войскам на Дунае находился отряд Лиманской флотилии под начальством капитана 2-го ранга Ф.А. Ахматова.
Важным для флота событием стало основание в июле 1789 г. города Николаев, при слиянии рек Буга и Ингула. В этом месте, более удобном, чем Херсон, была устроена новая корабельная верфь. Первое судно, заложенное на Николаевской верфи, был 46-пушечный фрегат, названный также «Святой Николай».
14 сентября 1789 г. русские войска взяли штурмом турецкую крепость Гаджибей, расположенную в 60 верстах к западу от Очакова на берегу обширной бухты. Здесь развернулось строительство порта и города Одессы.
Крейсерское судно «Могилети». В 1790 г. входило в состав эскадры Ф.Ф. Ушакова
Нерешительные и излишне осторожные действия графа М.И. Войновича заставили Г.А. Потемкина снять его с должности и отправить в Каспийскую флотилию. 14 марта 1790 г. в командование флотом вступил контр-адмирал Ф.Ф. Ушаков.
Затянувшаяся война с Турцией, несмотря на блистательные победы и занятие нескольких важных крепостей, не приводила к желаемому миру.
Турция в 1790 г. намеревалась продолжать войну, рассчитывая на поддержку Англии и Пруссии. Она надеялась при ослаблении России достигнуть почетного для себя мира.
На Дунае турки, ясно сознававшие, что при наступательных действиях потерпят поражение, сочли за лучшее держать оборону, усилив гарнизоны крепостей, особенно Измаила. Решительный же удар они предполагали направить на южные районы России, двинув от Анапы на Кубань 40-тысячный корпус и выслав многочисленный флот с сильным десантом для овладения Крымом и уничтожения Севастополя и флота.
Перед русским флотом стояла задача защиты Черноморского побережья и содействия сухопутным войскам.