В последние годы жизни ее малоприятное положение еще более осложнилось. Овдовев, она потеряла привилегии своего положения, а ее имения частично подверглись конфискациям и грабежам местных панов. По ряду причин новый монарх Сигизмунд не отпускал ее домой к родственникам, и это вынудило Елену предпринять побег. Попытка оказалась неудачной, у нее изъяли большую часть ее казны. Это стало одним из поводов к новой русско-литовской войне (1500–1503 гг.), в ходе которой, помимо прочего, Василий III вступился за интересы своей сестры. Возможно, именно начало нового вооруженного конфликта привело к насильственной гибели неудобной политической фигуры вдовы Александра. Правда, некоторые историки подвергают сомнению версии об отравлении Елены Александровны, но ее смерть в 1513 г., очевидно, была на руку Сигизмунду, сообщавшему вскоре после трагедии в частном письме, что уход из жизни дочери Ивана III стал решением ряда государственных проблем.
Брак между Александром и Еленой, рассчитанный на сближение отношений между странами, не сгладил противоречий между Русью и Литвой, обострившихся вновь в самом начале XVI в., когда началась новая волна выезда православной элиты к великому князю. Среди них выделялся князь Семен Иванович Бельский, просивший Ивана III принять его на службу вместе с вотчиной – Бельским княжеством (ныне город Белый Тверской области). Родовое владение князь потерял, находясь в Литве, и с помощью московского государя планировал восстановить справедливость. За Бельским к Ивану Васильевичу выехали князья Василий Иванович Шемячич (сын дяди Ивана III Дмитрия Шемяки) с Новгород-Северским княжеством и Семен Иванович, владевший, помимо Стародубского княжества, Гомелем, Черниговом, Карачевом, Хотимлем.
Переход князей на сторону Ивана III обещал солидные территориальные приращения для России, и, хотя великий князь и не имел права принимать выезжавших князей вместе с их землями, ведь это противоречило условиям договора 1494 г., прагматизм в очередной раз взял верх над уважением к праву. Началась русско-литовская война 1500–1503 гг. Иван Васильевич уведомил о ее начале литовскую сторону и направил полки на помощь князьям-перебежчикам – первый отряд на Северскую область, второй на Торопец и Белую, а третий на Дорогобуж и Смоленск. В тылу на случай подхода литовских подкреплений предусмотрительно оставался резерв.
Действовать нужно было незамедлительно, иначе князей могли разгромить поодиночке. На ответственное северское направление отправили Якова Захарьевича Кошкина, вместе с которым шли служившие Москве татары. Войско вскоре захватило Брянск, а объединившись с Василием Шемячичем и Семеном Стародубским, взяли и Путивль. В результате военных действий оказалась захвачена значительная территория с такими городами, как Мценск, Серпейск, Стародуб, Гомель, Любич, Новгород-Северский, Рыльск и др.
Взяв Дорогобуж, целью русских воевод стал Смоленск, на подступах к которому они находились. Иван Васильевич, как и его предки – московские князья, давно мечтал вернуть Смоленск в лоно Русского государства, поэтому к ответственному походу готовились тщательно. Дождавшись новгородцев, псковичей и войска из Твери, государь позаботился о том, чтобы армию возглавил лучший военачальник. Выбор пал на опытного князя Щеню, что задело боярина Кошкина, считавшего бесчестьем служить под началом князя. Государь же не собирался ставить под удар судьбу кампании ради удовлетворения амбиций вельможи и твердо указал на его место: «Тебе стеречь не князя Даниила; стеречь тебе меня и моего дела… ино не сором тебе быть в сторожевом полку».
14 июля 1500 г. на берегах реки Ведроши под Дорогобужем сошлись русская и литовская рати. Войско великого князя литовского возглавлял известный полководец гетман князь Константин Иванович Острожский, торопившийся атаковать передовой русский полк до подхода основных сил. План не удался, поскольку русские воины, преследуемые гетманом, успели добраться до основных сил под командованием князя Щени. Князь Острожский не осмелился немедленно атаковать многочисленную армию, и два дня оба войска стояли друг против друга, разделенные небольшим притоком Ведроши – рекой Тросной. Исход битвы решила атака засадного полка, обратившая литовцев в бегство, которое затруднялось тем, что мост через Тросну был разрушен по приказу Щени. Множество литовских воинов попало в этот день в плен, живым взяли и самого гетмана Острожского. Иван III, узнав о победе, отправил одного из бояр «спросить воевод о здоровье», за признанные неоспоримые заслуги первым высокой чести удостоился Щеня. Следующим успехом русской армии стало взятие Торопца – города на северо-западе относительно основного театра военных действий.