Мария Ясыня пробыла в своем монастыре в качестве инокини совсем недолго. 19 марта она скончалась и была похоронена в монастырском соборе рядом с младшей сестрой, женой князя Ярослава Владимировича, и дочерью Еленой, которые умерли раньше.
Всеволоду Юрьевичу не пришлось долго оплакивать горячо любимую супругу. События в Южной Руси отвлекли его от горестных переживаний. Там во время одного из походов против поляков погиб главный смутьян – Роман Мстиславич. На его престол в Галиче попытался взойти малолетний сын от второго брака Даниил. Но это вызвало возмущение у остальных князей, особенно у скинувшего монашеский клобук Рюрика Ростиславича и черниговских Ольговичей. Они собрали большое войско и напали на Галицко-Волынское княжество. Вдова Романа Мстиславича княгиня Анна была вынуждена обратиться за помощью к венгерским и польским родственникам мужа. В итоге борьба за Галич и Владимир-Волынский превратилась в многолетнее кровавое междоусобие. Всеволод Юрьевич по возможности старался в него не вмешиваться, хотя и не забывал, что правивший до этого в Галиче племянник Владимир считался его вассалом.
Находясь уже в слишком зрелом возрасте по меркам того времени, Всеволод Юрьевич постоянно думал о будущем своих сыновей. Его беспокоило положение юного Ярослава в Переяславле-Южном, находящемся у границ с опасной Степью. Половцы не раз разоряли земли вокруг города. Чтобы упрочить положение княжича, в конце 1205 г. великий князь женил его на дочери хана Юрия Кончаковича. Родственники жены должны были помочь Ярославу в охране границ Переяславского княжества.
Когда жители Галича узнали об укреплении положения Ярослава Всеволодовича после удачной женитьбы, то решили именно его пригласить к себе на княжение. Честолюбивый отпрыск Всеволода тут же направился к ним, но въехать в город не успел. На три дня его опередил Владимир Игоревич из клана Ольговичей.
Вернувшись в Переяславль-Южный, Ярослав узнал, что Киев захватил черниговский князь Всеволод Святославич Черемной. Летом 1206 г. новый киевский правитель приказал ему уехать из Переяславского княжества к отцу в Суздаль. Княжичу пришлось подчиниться, поскольку его дружина была намного меньше, чем у Ольговичей.
Всеволод, несомненно, очень опечалился из-за того, что его сын лишился самостоятельного княжения в Южной Руси, но организовывать поход против черниговских князей он не стал. У сыновей еще не было военного опыта, а сам он был уже довольно стар и сломлен из-за потери горячо любимой супруги. В утешение он выделил Ярославу вместо Переяславля-Южного Переславль-Залесский, расположенный на торговых путях из Владимиро-Суздальского Ополья к Волге.
Вскоре Всеволод Юрьевич убедился в правильности своего решения. На юге междоусобица продолжилась. Рюрик Ростиславич не захотел смириться с утратой Киева и выгнал Всеволода Черемного из столицы. Затем он прогнал и его сына из Переяславля-Южного. Но Ольговичи не успокоились и вскоре сами осадили Киев. В разгоревшуюся междоусобицу оказались вовлеченными и смоленские князья, близкие родственники Рюрика.
В 1207 г. по всей Южной Руси то тут, то там начали вспыхивать сражения. Чтобы окончательно победить, черниговские князья включили в состав своего войска половцев, и те стали нещадно грабить и разорять русские земли.
С этим великий князь Владимирский уже не мог смириться. Он заявил своим близким: «Ольговичи думают, что Южная Русь только им отчина. Они заблуждаются. Это и моя отчина тоже. Пора им это доказать».
Летом 1207 г. Всеволод Юрьевич начал собирать большое войско для похода на Чернигов. В его состав должны были влиться руководимые Константином дружины из Новгорода, Пскова, Ладоги и Торжка, полки из Рязани Романа Глебовича и его братьев и отряды Давыда Муромского. Сам великий князь взял с собой сыновей Юрия, Ярослава и Владимира. Общий сбор был назначен в Москве на 19 августа.
Однако уже в пути Всеволод Юрьевич узнал, что часть рязанских князей собирается ему изменить и перейти на сторону черниговских Ольговичей. Перед великим князем возникла необходимость обличить изменников до основных сражений. Вместе с сыновьями он решил это сделать в лагере на берегу Оки.
Главными обличителями Романа и Святослава Глебовичей стали их племянники Глеб и Олег Владимировичи. Пришлось рязанским князьям сознаться в измене. Рассерженный Всеволод Юрьевич приказал своим дружинникам их арестовать и отправить во владимирскую тюрьму. Сам с войском отправился к Пронску. Жители города не захотели сдаваться великому князю Владимирскому и приготовились к длительной осаде.
Только через три недели Всеволоду Юрьевичу удалось взять сопротивляющийся Пронск. Далее его путь лежал к Рязани. Но навстречу владимирскому войску вышел местный епископ Арсений и стал умолять великого князя не разорять рязанскую столицу. Всеволод внял мольбам пастыря, заключил с рязанцами мир и вернулся к Коломне. 21 ноября он уже въезжал в родной Владимир, радостно приветствуемый горожанами.