Разоблачение вызвало грандиозный скандал. Имя Евно Азефа не сходило со страниц русских и иностранных газет. Читающую публику больше всего изумляло, что «центральным террором», как оказалось, руководил полицейский агент. В связи с этим строились самые чудовищные предположения. Высказывалось мнение, что многие, если не все, террористические акты были устроены с ведома и при подстрекательстве полиции. Утверждалось, что Азеф организовывал убийства по поручению высших сановников. Например, уфимский губернатор Богданович якобы был убит по просьбе министра внутренних дел Плеве, который был любовником супруги губернатора. В свою очередь Плеве устранили завистники, метившие на его место. Террористические акты 1906 – 1907 гг. якобы также были осуществлены по заказу верхов, стремившихся найти предлог для ужесточения карательных мер. Намекали, что за Азефом в последние годы стоял сам Столыпин.
Следует отметить, что дело Азефа поставило перед Столыпиным целый комплекс нравственных и моральных проблем. С одной стороны, это были личные вопросы. Разоблачение Азефа было сделано благодаря Алексею Лопухину, знакомому Столыпина с детства. Если верить некоторым свидетельствам, Лопухину он был обязан началом своей карьеры. «Алеша Лопухин» многократно фигурировал в письмах Столыпина жене, что говорило об их близкой дружбе. Правда, после ухода Лопухина с государственной службы их пути-дороги разошлись. Отставной директор Департамента полиции стал критиком полицейской системы и выпустил книгу «Настоящее и будущее русской полиции». Этого Столыпин не мог ни понять, ни одобрить.
Вместе с тем перед Столыпиным возникала столь же сложная нравственная дилемма, как и перед его другом юности. В свое время весть о гибели Плеве и великого князя Сергея Александровича стала потрясением для Столыпина. Еще большим шоком должно было стать известие, что за этими террористическими актами стоял полицейский агент. Узнав об этом, Лопухин выдал Азефа. Однако Столыпин иначе подошел к решению этой нравственной дилеммы. По его убеждению, ничто не могло оправдать нарушение должностной этики. Выдача агента была неприемлема, какими бы мотивами ни руководствовался Лопухин.
По всей видимости, Лопухин надеялся на понимание со стороны друга юности. Начальник Петербургского охранного отделения Герасимов вспоминал, как пытался уговорить Лопухина взять назад свои разоблачения. Поначалу Лопухин встретил его с распростертыми объятиями: «А, Александр Васильевич, добро пожаловать! С какими вестями? Не с поручением ли от Столыпина?» (Он все еще надеялся, что Столыпин сделает попытку сближения с ним)… В кабинете я сказал, что пришел к нему по делу Азефа. Голос Лопухина сразу зазвучал иными нотами: «Ах, вы хлопочете по поводу этого негодяя… Он был уже сам у меня. Нет, я ничего не могу и не хочу для него сделать». На все попытки разубедить его Лопухин отвечал: «Вся жизнь этого человека – сплошная ложь и предательство. Революционеров Азеф предавал нам, а нас – революционерам. Пора уже положить конец этой преступной двойной игре»
[250].После этого визита Лопухин написал письмо Столыпину, в котором прямо называл Азефа агентом Департамента полиции. Копия письма была передана эсерам и вскоре была опубликована за границей в газете «Таймс». Ответ Столыпина последовал незамедлительно. В январе 1909 г. по его настоянию Лопухин был арестован по обвинению в государственной измене и препровожден в тюрьму «Кресты». На докладе Столыпина об аресте бывшего директора Департамента полиции рукой царя была сделана надпись: «Надеюсь, будет каторга». На следствии Лопухин показал, что безуспешно пытался предупредить Столыпина о преступной деятельности Азефа, но министр назвал его революционером. Только после этого Лопухин якобы выдал агента Бурцеву. Никаких свидетельств, подтверждающих слова Лопухина, не имелось, и суд не принял их во внимание. Лопухин был приговорен к пяти годам каторги, впоследствии замененной ссылкой в Сибирь. Полиция снабдила Азефа фальшивыми паспортами, которые позволили ему скрыться от мести эсеров в Германии. Получилось, что человек, разоблачивший преступника и организатора террористических актов, был наказан каторжными работами, а разоблаченный им преступник и террорист был скрыт властями. С сожалением следует констатировать, что все это было сделано с санкции Столыпина.
Разоблачение Азефа и арест Лопухина вызвали большой резонанс. Фракции социал-демократов и кадетов III Государственной думы подготовили запрос о провокаторской роли Азефа. Согласно думскому регламенту, запрос следовало поставить на голосование. Правительство должно было дать ответ на запрос только после его одобрения большинством депутатов Думы, причем имело право взять месячный срок для подготовки ответа. Однако Столыпин решился выступить, даже не дожидаясь результатов голосования.