Неприязнь к России и крайнее раздражение деятельностью ее властей, обнаруженные В.Ф. Братищевым в Пекине, возникали не из-за его переговоров по Амуру, а скорее по причине обострения проблемы беженцев, когда маньчжурские армии двинулись на народ Джунгарии, чтобы окончательно сломить его сопротивление. После поражений 1730-х годов сплоченность и мощь джунгар пошли на убыль. Блистательного хунтайджи Галдан-Цэрэна в 1745 году сменил его сын Цэван-Дорджи, или Аджа Намджилу-хан. Пять лет спустя, когда группа высокопоставленных предводителей джунгар подняла мятеж, началась череда междоусобных схваток за власть. Они схватили Намджилу-хана и лишили его зрения, а на его место хунтайджи поставили старшего, но незаконного сына Галдана по имени Лама-Дорджи. Сопротивление ему оказал один только внук знаменитого завоевателя Тибета Цэрэн-Дондуба славный Дабачи (Давацы). В 1751 году Лама-Дорджи разгромил войско Дабачи, но тот со своими немногочисленными сторонниками скрылся на западе. Среди этих сторонников числится некий Амурсана (А-му-эр-сань-а), возглавлявший монгольское племя хойтов (хуэй-тэ), населявших район Тарбагатая. Собрав тысячу воинов, Дабачи с Амурсаной отправились в район реки Ил, и в начале следующего года убили Лама-Дорджи. Дабачи досталось звание хунтайджи, и он щедро наградил Амурсану за помощь. На протяжении двух лет, однако, Амурсана и еще несколько вождей джунгар, истощенных непрерывной враждой и страданиями от преследований, как они считали, Дабачи, переселились в Монголию, где сдались на милость маньчжурам. Амурсана привел с собой больше 25 тысяч хойтов. С этого момента начинается сложная летопись похождений Амурсаны.
Признавая слабость продолжавших сопротивление джунгар, Цяньлун решил предпринять попытку положить конец затянувшемуся соперничеству с равным по силе противником. Армия в составе двух колонн в 1755 году выступила под командованием банди, причем Амурсана с армией северного маршрута (Улиастай) шел в авангарде. Подчинить население района Или маньчжурам труда не составило, Дабачи они схватили (его доставили в Пекин и присвоили звание цинь-вана). Джунгарский бассейн теперь находился в руках маньчжуров впервые с начала правления династии Цин, и последняя из великих империй кочевников стала достоянием истории.
Однако маньчжуры упустили из виду главную черту характера Амурсаны — его непостоянство и склонность к предательству. Опьяненному собственными успехами, ему претил вариант примирения, предложенный маньчжурами, по условиям которого его обещали признать в качестве хана хойтов (а ведь он явно замахнулся на ханство над всеми джунгарами). Такое предложение он отверг, и для согласования позиций ему приказали прибыть в Пекин. Он же предпочел удариться в бега. В сентябре 1755 года этот изворотливый и ненадежный союзник ускользнул от своего эскорта, состоявшего из маньчжурских всадников, чтобы снова заняться подготовкой мятежа. Сначала ему сопутствовал невиданный успех, так как основную часть маньчжурских войск уже вывели с территории Джунгарии. Беспомощный банди наложил на себя руки. Столкнувшись с полномасштабным восстанием, пекинские власти реагировали на зависть скоро. Они послали еще одну армию, и она разгромила мятежные отряды Амурсаны. Сам он бежал к киргизским казахам. Маньчжурские полки опять ушли, и Амурсана поднял точно такое же восстание. Маньчжурские каратели снова вернулись и силами двух армий под командованием Чжаохоя и Цзянгунчапуя взяли Джунгарию в огромные клещи. К тому же выживших главарей мятежников настигла эпидемия оспы. Теперь Амурсана бежал в Сибирь и в 1757 году умер от оспы в Тобольске. Своей кончиной Амурсана ознаменовал завершение затянувшейся череды схваток, терзавших народы Средней Азии на протяжении без малого столетия. В следующем году маньчжурские вояки разграбили земли калмыков, и Джунгария исчезла из летописи текущей истории. Название народа джунгары использовать запретили, а вместо него в обиход вошли термины «алеуты» или «ойраты».