Фон Гомпеш был должным образом избран Великим магистром в июле 1797 года. Он видел в русском царе союзника, способного восстановить состояние ордена через польско-русский приорство, а также надеялся на поддержку австрийского императора, в землях которого он родился, и французских рыцарей, потрясенных тем, что происходило во Франции, где ордену принадлежало много земель.31 Фон Гомпеш справедливо полагал, что настоящие заботы Наполеона лежали в другом месте; но Наполеон был убежден, что для достижения своих целей в восточном Средиземноморье ему необходимо контролировать Мальту. Когда в мае 1798 года огромный французский флот покинул Тулон и направился в Египет через Мальту, фон Гомпеш продолжал уповать на русских и австрийцев, как будто они действительно были в состоянии предложить ему какую-либо помощь. Дублет, служивший секретарем предыдущего Великого магистра, заметил, что "никогда еще Мальта не видела в своих водах такого многочисленного флота", а лидеры мальтийской общины размышляли об иронии судьбы, что именно западноевропейский, а не турецкий флот готов был отнять остров у Ордена.32 Как только французский флот достиг Мальты, фон Гомпеш осторожно настоял на том, чтобы корабли могли входить в гавань только по четыре за раз, и эмиссар Наполеона пожаловался: "Сколько времени, в самом деле, не потребуется 500-600 кораблям, чтобы достать таким образом воду и другие вещи, в которых они так нуждаются? Далее эмиссар жаловался, что в недавнем прошлом англичанам оказывались гораздо более выгодные услуги.33 Тем не менее, это был ответ, которого Бонапарт ждал. Теперь у него было достаточно поводов, чтобы выгрузить 15 000 человек и взять остров под свой контроль. Фон Хомпеш понял, что у него нет шансов выстоять против превосходящих сил. Он сдал остров, а 13 июня Наполеон изгнал рыцарей; он переплавил огромное количество серебряных пластин и присвоил их архивы, но не для того, чтобы читать документы, а потому что снаряды для боеприпасов обычно были упакованы в бумагу. Таким образом, рыцари были лишены своей идентичности и брошены на произвол судьбы христианскими державами, как это было после падения Акры и Родоса. И снова выживание ордена оказалось под большим вопросом.
Захват Мальты только укрепил решимость царя Павла вернуть русский флот в Средиземноморье. То, что он переоценил ее полезность как источника древесины и воды, не вызывает сомнений. Но он вполне рассчитывал перейти от Мальты к более значительным завоеваниям.34 Первым его шагом было убедить российский приорский совет ордена объявить фон Гомпеша низложенным и избрать царя новым Великим магистром в ноябре 1797 года.35 Он назначил несколько русских православных дворян рыцарями Мальты и каждый день носил свою магистерскую мантию, создавая впечатление, что он гордился своим (спорным) положением Великого магистра так же, как и положением российского императора. Он считал себя образцом рыцарства. "Сейчас, - заметил один австрийский министр, - царь озабочен только Мальтой".36