Одним из многочисленных сюрпризов, которые Павел преподнес своим современникам, стал его союз с османами. Это произошло после великой победы адмирала Нельсона над флотом Наполеона в заливе Абукир, недалеко от Александрии, летом 1798 года (битва на Ниле); после этого англичане смогли изгнать французские армии из Египта, хотя и не раньше, чем Наполеон лишил страну огромного количества древностей.37 Возвышенная Порта оставалась в целом довольна своим французским союзом с XVI века. Однако высадка французского десанта в Османском Египте не могла быть терпимой. Кроме того, на Балканах были смутьяны, которые, казалось, опасно симпатизировали Франции, в частности великий албанский военачальник Али-паша, повелитель Иоаннины. Теперь, очевидно, султану пришло время выступить против Франции, которая проявила себя в Леванте более амбициозной, чем могли допустить османы, и в то же время показала себя более уязвимой, чем можно было ожидать, наблюдая за флотами и армиями Наполеона. Важнейшей особенностью русско-турецкого альянса стало предварительное соглашение, подписанное всего через несколько недель после Абукира, которое позволило русскому флоту пройти через Босфор в Средиземное море.38 К счастью, турки и русские смогли договориться об общей цели: Ионических островах, которые Наполеон захватил незадолго до этого, когда зачищал остатки Венецианской империи после взятия Венеции в мае 1797 года. Турки подозревали, что Анкона будет использована в качестве базы для французского вторжения на Балканы, и рассматривали контроль над Корфу и соседними островами как необходимый шаг к блокаде Адриатики. Каждая из сторон сумела отбросить глубокое недоверие к своему новому союзнику. Так, русский флотоводец, хамоватый, говорящий на одном языке Ушаков, приберег свою ревность для Нельсона, поскольку не хотел, чтобы англичане завоевали всю славу, а Нельсон, со своей стороны, был полон решимости удержать этих маловероятных союзников в пределах восточного Средиземноморья, завоевав для Британии Мальту и Корфу. Я ненавижу русских", - писал он, описывая Ушакова как "чернокнижника".39 Турки обладали прекрасно построенным флотом из современных французских кораблей, но их моряки, многие из которых на самом деле были греками, не отличались хорошей дисциплиной, а русские верфи на Черном море были неспособны производить корабли, которым хватило бы выносливости для длительной войны вдали от дома.40 Тем не менее к началу марта 1799 года объединенные силы Турции и России установили контроль над Ионическими островами. Характерно, что царь вспомнил об ордене Святого Иоанна, когда награждал Ушакова, ставшего теперь мальтийским рыцарем. Отличительной особенностью было положение об управлении Ионическими островами. Семь островов должны были образовать аристократическую "Септинсульскую республику" под суверенитетом Турции, однако Россия должна была пользоваться особым влиянием в качестве державы-покровительницы.41
Отбросив сомнения в мореходных качествах русского флота и его командующего, Нельсон написал Ушакову письмо с предложением о совместной атаке на Мальту - перспектива, которая казалась более реальной теперь, когда русская армия продвигалась на юг от Турина. Нельсон опасался, что это превратится в русское вторжение, осуществленное при поддержке Великобритании. Он настаивал: "Хотя одна из держав может иметь на острове несколько больше людей, чем другая, они не должны иметь перевеса. В тот момент, когда срывается французский флаг, должны быть подняты цвета Ордена, и никакие другие".42 По словам одного историка, "перспективы России в Средиземноморье никогда не выглядели более многообещающими, чем в октябре 1799 года". Ушаков тоже знал об этом, и в декабре он был потрясен, получив императорский указ, в котором говорилось, что царь передумал: он должен немедленно покинуть Средиземное море и отступить со всем русским флотом в Черное море; русские позиции на Корфу должны быть переданы непосредственно туркам, в расчете на то, что это заставит султана одобрить переход русского флота из Эгейского в Черное море. Вывод войск произошел слишком быстро. Вмешательство России в дела Ионических островов грозило помешать Габсбургам контролировать Адриатику, а австрийцы только-только обживались в Венеции, которую Наполеон передал им как конфетку. Расчеты Павла не соответствовали реальности, и он с размаху предложил императору Священной Римской империи выбор между Венецией и Низкими странами, воображая, как он разделит послереволюционную Европу между неохотно идущими на контакт с Наполеоном союзниками.43