Помощник полицмейстера не упомянул о том факте, что студентов разогнали конные казаки с нагайками. В числе тридцати пяти задержанных оказался и Виктор Хлебников. По воспоминаниям Екатерины Николаевны, отец пошел и стал уговаривать Витю уйти, но тот остался. Когда начали арестовывать, многие убегали чуть ли не из-под копыт конной полиции. Но Виктор опять остался. Как он объяснил потом: «Надо же было кому-нибудь и отвечать». Через год Хлебников вспоминал: «Нас не била плеть, но плеть свистала над нашей спиной. Четвертого <ноября> прошлого года мы мирно беседовали в этот час у самовара, пятого мы пели, мы стояли спокойно у дверей нашей Alma Mater, а шестого уже мы сидим в Пересыльной тюрьме. Вот то мое прошлое, которым я горд. Гулко падали ноги казацких коней на мерзлую землю, когда мерно скакал на нас отряд казаков. Ближе, ближе… кони растут, становятся огромными… Я упал на локти, меня втащили на помост, под высокие колонны. Не так ли? „Это вы? — окликнули меня. — Идите сюда, голубчик“. С суками в руках, в тулупах, стояли вокруг нас дворники, бесстрастные и неподвижные, образовывая вокруг нас кольцо неодухотворенного человеческого мяса, с душою в потемках, не озаренной сознанием. А после две огромные неповоротливые руки, взяв под мышки, почти повели, а иногда несли, в старый каменный ящик с черной доской над входом, рядом с которым высилась пожарная каланча».
В тюрьме Хлебников провел месяц. Оттуда он пишет родителям бодрое письмо: «Дорогая мама и дорогой папа! Я не писал оттого, что думал, что кто-нибудь придет на свиданье. Теперь осталось уже немного — дней пять, — а может, и того еще меньше, и время идет быстро. Мы все здоровы, на днях был выпущен один чахоточный — студент Кибардин, ему устроили шумные проводы, я недавно занялся рисованием на стене и срисовал из „Жизни“ портрет Герцена и еще две головы, но так как это оказалось нарушением тюремных правил, я их стер. У меня есть одна новость, которую я после расскажу. Я занимался на днях физикой и прошел больше 100 страниц, сегодня читаю Минто. Один из нас, математик 1-го курса, написал Васильеву письмо, спрашивал, как быть с репетициями. Васильев отвечал, что последние репетиции будут 18 декабря, так что к ним всегда можно будет подготовиться. Из анализа я прошел больше половины. Здесь есть несколько с хорошим слухом и голосом, и перед вечерним распределением по камерам мы их слушаем, а иногда поем хором».
Несмотря на такое боевое настроение, пребывание в тюрьме потрясло Хлебникова. С ним, как вспоминают его родные, произошла неузнаваемая перемена. Вся его жизнерадостность исчезла, он с отвращением ходил на лекции или совсем их не посещал и вскоре после этого подал прошение об увольнении.
Впрочем, с университетом он не порывает. В конце лета 1904 года он вновь подает прошение о приеме его в Казанский университет, но уже на естественное отделение. Владимир Алексеевич иногда брал с собой сыновей на заседания Общества естествоиспытателей Казанского университета, где часто выступал с докладами, и поэтому профессора естественного отделения хорошо знали Виктора задолго до его поступления в университет. Виктор записался на курсы общей зоологии и зоологии позвоночных, анатомии человека, систематики растений, гистологии.
В то же время Хлебников все настойчивее стремится к самостоятельной жизни. В августе 1904 года он совершает первый «вылет» из дома: на несколько дней уезжает в Москву. Родители были категорически против такой пусть даже кратковременной поездки, и с годами взаимное непонимание между Виктором и отцом росло. В Москве Хлебников осматривал Третьяковскую галерею, Румянцевский и Исторический музеи. «В Третьяковской галерее, — пишет он домой, — мне больше всего понравились картины Верещагина, некоторые же вещи меня разочаровали. В Румянцевском музее очень хороша статуя Кановы „Победа“ и бюсты Пушкина, Гоголя». В следующем письме он рассуждает о русском стиле в архитектуре: «Сегодня я опять ходил и второй раз осмотрел Московский исторический музей и дом Игумнова. Дом Игумнова построен в стиле боярского терема и очень художественен с пузатыми колонками, изразцовыми плитками, чешуйчатой крышей. Я спросил извозчика, где этот дом, он ответил и добавил: „очень хороший дом“. Так как простые люди обычно не ценят архитектуры, то, очевидно, этот стиль наиболее близок и понятен русскому человеку, иначе извозчик не выделил его. А раз так, значит, только этот стиль может быть национальным русским стилем. Я бы заставил в семинариях преподавать архитектуру, потому что здешнее духовенство совершенно не умеет хранить памятники старины».
Так подробно докладывает Хлебников родителям о своих впечатлениях, а между тем он не упомянул об одной очень важной детали. Может быть, ради этого он и предпринял поездку в Москву. Дело в том, что к тому времени Хлебников уже начал пробовать себя в литературе, и свою первую вещь он решается послать на отзыв Горькому.
Он пишет ему: