Вторая битва при Сапиенце в действительности состояла из четырех сражений – 12, 20, 22 и 25 августа. В каждом из них венецианцы отважно бросались в бой (несмотря на значительный численный перевес османского флота – 260 кораблей против 170), а в первом и последнем некоторые их капитаны проявили настоящий героизм, в особенности Андреа Лоредано, командующий с Корфу, который присоединился к флоту по собственной инициативе, Винченцо Полани, в одиночку прорвавшийся сквозь турецкий строй и более двух часов сеявший панику в рядах противника, и Альвизе Марчелло. О последнем Малипьеро писал, что если бы его примеру последовали все, то, «как бог свят, весь турецкий флот оказался бы в наших руках». Но раз за разом – «от недостатка любви ко Христу и нашему отечеству, от недостатка храбрости, дисциплины и чести» – венецианцы упускали шанс на победу. В конце концов остатки венецианского флота, пришедшего в полное смятение, обратились в бегство, так и не сумев защитить от турок Лепанто, который вскоре был осажден с суши и с моря и вынужден сдаться.
В какой мере за этот позор республики был в ответе ее генерал-капитан, сказать трудно, однако после падения Лепанто требовался козел отпущения, и соотечественники тотчас стали требовать его крови. Венеция огласилась криками:
Антонио Гримани высадился на Моло вечером 2 ноября. Там его уже ожидал человек в алой мантии – третий его сын, Доменико, кардинал римской церкви. Он предложил отцу опереться на его руку по дороге в тюрьму и поддерживал оковы, чтобы избавить старика от тяжелой ноши. Даже в камере тот не остался в одиночестве: кардинал и еще двое сыновей Антонио провели с ним всю ночь. Наутро он предстал перед Большим советом. Судебное заседание было долгим и изнурительным, но речь, которую Антонио произнес в свою защиту, как сообщают, растрогала всех и, возможно, спасла его от эшафота. Отставного генерал-капитана приговорили к ссылке на остров Херсос (современный Црес) у побережья Далмации.
Турки, воодушевленные победой, продолжали наступление. Когда судьба Антонио Гримани еще лежала на чаше весов, турецкие разбойничьи отряды вновь разорили Фриули и дошли до самой Виченцы, сея хаос по всей Восточной Ломбардии и наводя ужас на местных жителей. Еще не кончился год, а Венеция уже направила в Константинополь очередного посла – договариваться о мире. Баязид II выдвинул жесткие условия (потребовав практически все владения Венеции на Пелопоннесе), и республика отвергла их с негодованием, но на следующий год султан лично повел войска на осаду Модоны. После героического сопротивления крепость все-таки пала: увидев, что надежды не осталось, гарнизон сам поджег город, и завоевателю досталось лишь пепелище. Та же участь вскоре постигла и другую пелопоннесскую колонию, Корону.
Венеция, в свою очередь, захватила Кефалонию и Итаку, но удалось это лишь с помощью испанцев и служило слабым утешением: ведь были потеряны два важнейших порта, вот уже два с половиной столетия служившие главными базами республики на Пелопоннесе. Вся дальнейшая активность, развернутая Венецией, Испанией и родосскими рыцарями-госпитальерами в Эгейском море и близ островов Додеканес, не принесла никаких заметных успехов. В конце концов был заключен не самый выгодный мирный договор, ратифицированный в Венеции в мае 1503 г. Турки не вернули ничего из захваченных территорий; отныне они контролировали все побережье Пелопоннеса. Банкир Джироламо Приули имел все основания сетовать в дневнике: «Утратив торговые пути и свою заморскую империю, венецианцы потеряют былую честь и славу и будут уничтожены окончательно – пусть не сразу, но всего за каких-нибудь несколько лет».