Труды над жизнеописаниями подвижников духа отец Агапит начал в конце 1880-х годов. Сам он рассказывал, что пришел однажды к отцу Амвросию просить совета: взяться ли ему составлять жизнеописание старца Илариона Троекуровского, о чем просили его монахини, или нет? «Старец отец Амвросий на это с ласковою улыбкою ответил: “Возьмись, возьмись да и поучись, как надо будет писать жизнеописание-то”. А сам все улыбается и улыбается… Точно он предвидел, что приведет Господь мне писать его жизнеописание»357
. Эта книга была написана. Ее полное название «Жизнеописание в Бозе почившего Троекуровского затворника Илариона Мефодиевича Фокина, основателя Богородичного Иларионовского женского монастыря» (Москва, 1888). Спустя девять лет журнал «Душеполезное чтение» напечатал новый труд отца Агапита — «Очерк жизни настоятеля Оптиной пустыни архимандрита Исаакия», вышедший в 1899 году в Москве отдельным изданием. В 1900 году вышло жизнеописание старца Амвросия, составленное отцом Агапитом по воспоминаниям многих знавших старца людей и другим материалам. В том же году рясофорный инок Павел (будущий старец Варсонофий) получил благословение собирать материалы о жизни и трудах старца Макария; все собранное было передано отцу Агапиту, и он составил обширную книгу, которая по каким-то причинам оставалась в рукописи почти сто лет… Позднее отцу Агапиту было поручено дополнить собранными материалами и переработать составленное иеромонахом Климентом (Зедергольмом) «Жизнеописание Оптинского старца иеромонаха Леонида (в схиме Льва)», изданное еще в 1876 году. Книга, переработанная отцом Агапитом, вышла в свет в 1917 году (печаталась в типографии Шамординского монастыря).Все жизнеописания, составленные отцом Агапитом, имеют одну особенность: личность автора в них не выражается прямо в собственных словах, а хорошо чувствуется в подборе и порядке цитируемых материалов. В них нет ничего малозначительного — все на высоком духовном уровне и в то же время тепло. Нельзя также не отметить, что уровень писательского мастерства в книгах отца Агапита весьма высок.
В декабре 1907 года из-за болезни ног отец Агапит перешел на постоянное жительство в монастырскую больницу. Он еще продолжал служить в храмах обители, нести обязанности духовника — окормлял всех последних старцев Оптиной — отцов Варсонофия, Анатолия, Нектария, Никона. Старец Нектарий ходил к нему в больницу советоваться по каждому делу, а также исповедоваться. Отцу Агапиту в 1912 году предлагали старчество, — он, однако, уклонился от этого. Не однажды предлагалось ему архиерейство, — и этого удела он как-то сумел избежать. Он был схимник, но когда принял схиму — неизвестно.
Скончался схиархимандрит Агапит 23 февраля 1922 года, в то уже время, когда Оптина пустынь переживала тяжелые времена перед окончательным ее закрытием. На средней перекладине креста, установленного на его могиле за алтарем Введенского собора, написано: «Много трудился в книгоиздательстве Оптиной пустыни. Прилежал усердно безмолвию и молитве».
1890-е годы, в самом начале которых блаженным успением почил великий Оптинский старец Амвросий, как и предыдущее десятилетие, изобильны были восходящими к жизни бесконечной на небесах душами монахов — монастырских и скитских — оптинских. Там они молятся и о нас, ныне живущих, — многие из них, без сомнения, стяжали великое дерзновение просительной молитвы перед Престолом Господним. Конечно, есть среди них и нуждающиеся в нашей молитвенной помощи. Да, помолимся, помолимся о упокоении душ давно почивших братий, но в немощах своих вознесем и к ним свои прошения о помощи… Пойдем, читатель, снова на монашеское кладбище, сначала на монастырское, потом на скитское, — пойдем в воображении своем, читая скупые строки надписей на могильных памятниках — на страницах «Некрополя Оптиной пустыни». Еще раз ощутим, насколько назидательно это чтение.