В целом полномочия словацких автономных органов власти были сужены по «второму пражскому соглашению» от 11 апреля 1946 года. Отныне назначения на все важные государственные посты в Словакии подлежали предварительному одобрению центрального правительства. Это была реакция коммунистов и Бенеша на возвращение в политику клерикальных словацких сепаратистов.
На пленуме ЦК КПЧ 30 мая 1946 года Готвальд призвал словацких коммунистов активно бороться против демпартии. В то же время и КПЧ, и группа Бенеша были готовы на дальнейшее урезание словацкой автономии, если ее будут использовать в своих целях прибравшие к рукам демпартию сепаратисты. Готвальд и Бенеш решили ограничить власть демпартии в Словакии с помощью четырех шагов:
– дальнейшее ограничение автономии Словакии;
– жесткое наказание для Тисо – главы словацкого независимого клерикально-фашистского государства в 1939-1945 гг.;
– борьба против людацких элементов в демократической партии;
– конкретные меры по ограничению влияния католической церкви.
Все эти инициативы были одобрены 12 июня 1946 года чешским Национальным фронтом, а два дня спустя – и Национальным фронтом чехов и словаков.
Уже 27-28 июня было заключено «третье пражское соглашение», по которому законодательные полномочия СНС ставились под контроль центрального правительства, а словацкие уполномоченные подчинялись соответствующим министрам в Праге. Готвальд прямо сказал, что как премьер-министр не потерпит в Братиславе другого политического режима, чем в Праге. Фактически Словакия вернулась к тому же статусу, что и до 1938 года. Демократическая партия активно использовала урезание автономии для нападок на коммунистов, но последних поддерживали все чешские партии. К тому же компартия зяавила, что без принятия условий «третьего пражского соглашения» демократы вообще не войдут в Корпус уполномоченных.
По требованию коммунистов министерство внутренних дел образовало специальную комиссию по расследованию избирательной кампании демпартии в Словакии, и эта комиссия выявила 79 случаев нарушения демократами соглашения Национального фронта о правилах ведения предвыборной борьбы. Согласно отчету МВД, перед падением словацкого фашистского государства руководство партии Глинки подготовило «вторую очередь» политических функционеров, не сильно запятнанных участием в репрессиях и поэтому приемлемых для общественного мнения Запада. Именно эти функционеры и пришли после апреля 1946 года к руководству демпартией. В докладе МВД приводились конкретные примеры античешских и антисемитских лозунгов ДП.
Для борьбы против ожившего в Словакии сепаратизма МВД предлагало очистить демпартию от сепаратистов, отправить на пенсию всех словацких католических епископов, перебросить в Словакию дополнительные воинские части, арестовать всех бывших депутатов парламента словацкого государства и провести проверку всех словацких офицеров на предмет их верности единому чехословацкому государству. В докладе МВД содержались обвинения в адрес ряда избранных от демпартии депутатов – Пиетора, Кемпного, Сташека и других.
Доклад МВД о сепаратизме в Словакии встревожил все чешские партии. Лидер КПЧ Готвальд заметил, что республику освобождали не для того, чтобы опять возникло словацкое сепаратистское государство.
Из 300 мандатов в Конституционном Национальном собрании КПЧ (с учетом КПС) получила 114, ЧСНП – 55, ЧНП – 46, ЧСДП – 37, Демократическая партия Словакии – 43. Пять мест получили две новые словацкие партии – Партия труда и Партия свободы. Таким образом, две рабочие партии – КПЧ и ЧСДП, – декларировавшие курс на построение социализма, имели более половины мандатов. В чешских землях коммунисты и социал-демократы собрали вместе 58 % голосов.
Успех КПЧ на выборах стал шоком для их партнеров по Национальному фронту, особенно для ЧНСП, которая сама рассчитывала на победу, опираясь на авторитет президента Бенеша. Результаты выборов отражали не только рост авторитета КПЧ, но и общемировую тенденцию роста популярности левых сил благодаря решающей роли, которую сыграл СССР в разгроме нацизма. Например, один из лидеров ЧНСП так оценил итоги голосования: «…мир идет влево, и коммунистическая партия побеждает как самая левая из всех самых левых движений и направлений». Позднее, уже в эмиграции один из самых ярых противников КПЧ министр юстиции Дртина (ЧНСП) писал: «Считаю необходимым подчеркнуть, что в 1946 году в Чехословакии еще были свободные выборы…»