В 1221 г. крестоносцы, которые под началом Жана Бриеннского четырьмя годами раньше переправились в Египет, принуждены были сдать Дамиетгу. Они не получили обещанной помощи из Европы, и в этом разочарованный папа обвинил Фридриха. Он даже пригрозил ему отлучением от Церкви. Фридрих дал новую клятву выступить в поход, с жаром занялся подготовкой к походу и женился на дочери и наследнице иерусалимского короля Жана Бриеннского, Иоланте. Но, кроме того, что император принял титул короля Иерусалимского, отобрав его у тестя, ничего не изменилось: он по-прежнему занимался итальянскими делами.
Гонорий возмутился и обвинил Фридриха в неблагодарности, от чего тот отмахнулся. В 1225 г. Гонорий, в очередной раз изгнанный из Рима, дал в Сан-Джермано вблизи Монте-Кассино последнюю отсрочку Фридриху до августа 1227 г.
Тон и поведение императора стали беспокоить не только папу, но и городские коммуны, которые почувствовали опасность, грозящую их свободам. В ответ на попытку Фридриха подчинить Северную Италию своей неограниченной власти в марте 1226 г. во главе с Миланом была восстановлена Ломбардская лига, включавшая Болонью, Брешию, Мантую, Бергамо, Турин, Виченцу, Падую и Тревизо, сроком на 25 лет (так называемая Вторая Ломбардская лига), в которую вскоре вступили и другие итальянские коммуны. Но папа старался разрешить возникающие противоречия миром, поскольку никак не мог отказаться от надежды отвоевать Гроб Господень. Он прилагал массу усилий, чтобы помирить императора и Жана Бриеннского. Только в их единении он видел залог освобождения Святой земли.
Гонорий не относится к числу выдающихся пап, и, пожалуй, только отблеск харизматичной личности императора Фридриха высвечивает его из общего ряда.